MGF 没有复杂性要求。不过，有些功能可能会导致效果不理想：

1. 所有变体共有的直接重复序列和保守序列等特征可能会在扩增过程中导致一些重组。
2. 长的同源多聚物（> 20 bp）可能会导致扩增过程中出现一些脱落。
3. 强发夹可能会导致扩增效果不佳，从而导致这些变体的代表性不足或丢失。