No existen requisitos de complejidad para los MGF. No obstante, algunas características pueden dar lugar a resultados que no sean óptimos:

1. Características como las repeticiones directas y las secuencias conservadas compartidas por todas las variantes pueden provocar cierta recombinación durante la amplificación.
2. Los homopolímeros largos (>20 pb) pueden provocar algunas pérdidas durante la amplificación.
3. Las horquillas fuertes pueden dar lugar a una amplificación deficiente, lo que puede conducir a una subrepresentación o pérdida de esas variantes.