SARS-CoV-2 研究组合-Twist Bioscience

概述

世界各地的病毒研究团队和治疗领域都在快速应对冠状病毒疫情。这些研究团队需要稳定、可靠的基因组学工具对病毒样本进行分类和表征。Twist 提供仅供研究使用 (RUO) 的 NGS 靶向富集组合，可用于 SARS-CoV-2 病毒的检测和表征。该组合靶向大约 30 kb 的病毒基因组，有大约 1,000 个针对 SARS-CoV-2 基因组（GenBank：MN908947.3）的探针。

主要优势

检测灵敏度高

可以检测低至 10 个拷贝的病毒样本，富集倍数 > 100,000

序列信息更完整

富集 1 倍或以上后，覆盖 >99.9% 的基因组

能鉴定病毒突变

可用于环境监测和监控

评估病毒随时间的进化

追踪病毒株的来源和传播模式

检测不足时

引入 SARS-CoV-2 NGS 检测 - RUO ：一种仅用于研究的高灵敏度核酸杂交捕获分析法，用于 SARS-CoV-2 病毒的检测、表征和环境监测。该方法利用了 Twist Bioscience 的独特能力，通过 DNA 合成以及 Biotia 的综合数据分析软件和报告功能（COVID-DX (v1.0) ）快速开发病毒特异性检测组合。

每个样本中的检测灵敏度低至每毫升 800 个病毒拷贝
富集 1 倍或以上后，覆盖 >99.9% 的基因组
能鉴定新型病毒突变
RUO 软件分析报告提供用于流行病学监测的变异分型和系统发育分析

包含 Biotia 分析软件的 Twist

世界各地的病毒研究团队和治疗领域都在快速应对冠状病毒疫情。这些研究团队需要稳定、可靠的基因组学工具对病毒样本进行分类和表征。Twist 提供仅供研究使用 (RUO) 的 NGS 靶向富集组合，可用于 SARS-CoV-2 病毒的检测和表征。该组合靶向大约 30 kb 的病毒基因组，有大约 1,000 个针对 SARS-CoV-2 基因组（GenBank：MN908947.3）的探针。

主要优势

检测灵敏度高

可以检测低至 10 个拷贝的病毒样本，富集倍数 > 100,000

序列信息更完整

富集 1 倍或以上后，覆盖 >99.9% 的基因组

能鉴定病毒突变

可用于环境监测和监控

评估病毒随时间的进化

追踪病毒株的来源和传播模式

检测不足时

引入 SARS-CoV-2 NGS 检测 - RUO ：一种仅用于研究的高灵敏度核酸杂交捕获分析法，用于 SARS-CoV-2 病毒的检测、表征和环境监测。该方法利用了 Twist Bioscience 的独特能力，通过 DNA 合成以及 Biotia 的综合数据分析软件和报告功能（COVID-DX (v1.0) ）快速开发病毒特异性检测组合。

每个样本中的检测灵敏度低至每毫升 800 个病毒拷贝
富集 1 倍或以上后，覆盖 >99.9% 的基因组
能鉴定新型病毒突变
RUO 软件分析报告提供用于流行病学监测的变异分型和系统发育分析

包含 Biotia 分析软件的 Twist

病毒检测

用于病毒检测的新一代测序

新一代测序 (NGS) 可对各种样本类型（包括血液、鼻拭子和粪便等）中的感染进行高通量、特异性鉴定。然而在病毒感染中，由于目标病毒极低的浓度以及高宿主背景，直接测序非常困难。靶向捕获通过使用基于 DNA 的杂交探针从混合基因组样本中分离特定序列，能够提高 NGS 方案的灵敏度和特异性。

下载

应用说明：用于 SARS-CoV-2 检测和表征的 NGS 靶向捕获

Twist SARS-CoV-2 研究组合产品说明书

通过高效设计实现高灵敏度

Twist 高度灵敏且精确的靶点捕获可实现高效的病毒 RNA 检测。我们证明了靶向富集能够捕获和检测以不同病毒拷贝数掺入人类参考 RNA 的病毒基因组。在病毒含量较高（大约 100 万个拷贝）时，即使只使用 25,000 个测序片段*，也能覆盖完整的基因组。而在拷贝数较低时，也能覆盖大部分的病毒模板。即使使用 800 万个匹配的测序片段时，也没有从阴性对照比对到病毒模板的测序片段，证明我们在 10 个拷贝上的检测代表了真正的捕获，而非背景污染。更多详细信息，请参见应用指南。

*在使用 COVID-Dx 时，需要 100 万个测序片段才能进行分析。

从纯化的 RNA 到测序的简单工作流程

Twist SARS-CoV-2 研究组合提供了一个简单易用的实验方案，使用易于获取的组件即可完成从纯化的 RNA 样本到测序的过程。

用于病毒检测的新一代测序

新一代测序 (NGS) 可对各种样本类型（包括血液、鼻拭子和粪便等）中的感染进行高通量、特异性鉴定。然而在病毒感染中，由于目标病毒极低的浓度以及高宿主背景，直接测序非常困难。靶向捕获通过使用基于 DNA 的杂交探针从混合基因组样本中分离特定序列，能够提高 NGS 方案的灵敏度和特异性。

下载

应用说明：用于 SARS-CoV-2 检测和表征的 NGS 靶向捕获

Twist SARS-CoV-2 研究组合产品说明书

通过高效设计实现高灵敏度

Twist 高度灵敏且精确的靶点捕获可实现高效的病毒 RNA 检测。我们证明了靶向富集能够捕获和检测以不同病毒拷贝数掺入人类参考 RNA 的病毒基因组。在病毒含量较高（大约 100 万个拷贝）时，即使只使用 25,000 个测序片段*，也能覆盖完整的基因组。而在拷贝数较低时，也能覆盖大部分的病毒模板。即使使用 800 万个匹配的测序片段时，也没有从阴性对照比对到病毒模板的测序片段，证明我们在 10 个拷贝上的检测代表了真正的捕获，而非背景污染。更多详细信息，请参见应用指南。

*在使用 COVID-Dx 时，需要 100 万个测序片段才能进行分析。

从纯化的 RNA 到测序的简单工作流程

Twist SARS-CoV-2 研究组合提供了一个简单易用的实验方案，使用易于获取的组件即可完成从纯化的 RNA 样本到测序的过程。

数据分析

Biotia 分析

Twist SARS-CoV-2 研究组合结合额外的试剂和分析，能够创建一种从样本收集到三级分析的完整解决方案，从而能够进行 SARS-CoV-2 NGS 检测。

Biotia COVID-DX（1.0 版）软件可提供包含 SARS-CoV-2 病毒全序列的研究型报告，从而能够深入了解病毒在传播过程中发生的突变、遗传变异和进化。FASTQ 文件（测序输出结果）可在实验室生成并提交至 Biotia COVID-DX（1.0 版），这款云端软件可用于生成仅限研究使用的报告。购买的每个 SARS-CoV-2 NGS 检测试剂盒中包含了每个样本的 COVID-DX（1.0 版）生物信息学分析积分。

要获得 Biotia 分析积分，只需通过 Biotia 用户门户网站 www.biotia.io 进行注册，并输入您下达订单后通过电子邮件发送给您的唯一订单编号即可。这些积分可通过软件的报告生成组件来提供运行样本的访问权限。

已鉴定的遗传变异

通过将检测病毒株与 SARS-CoV-2 参考基因组 (NC_045512.2) 就基因位置/位点、改变和文献注释（如有）的信息进行比对来确定遗传变异。

检测到的 SARS-CoV-2	基因	位点 (bp)	改变	参考值
是	GORF1ab	241	T	未检出
是	ORF1ab	478	T	未检出
是	ORF1ab	3,037	T	未检出
是	ORF1ab	14408*	T	未检出
是	ORF1ab	18877	T	未检出
是	S	23403	G	未检出
是	3a	25563	T	未检出
是	3’UTR	29759	C	未检出

序列结果映射至整个基因组。

显示了从您的检测样本中回收的 SARS-CoV-2 基因组的百分比，以及与参考基因组相比鉴定出的基因突变。显示了来自世界各地的 SARS-CoV-2 病毒株的已知遗传变异比例（底部）。

系统发育分析和监测监控。

检测样本与分支 20A 关系最密切

在美国、比利时和法国的测序样本中，该分支的频率最高