Für MGF bestehen keine Komplexitätsanforderungen. Einige Eigenschaften können jedoch zu suboptimalen Ergebnissen führen:

1. Eigenschaften, wie direkte Wiederholungen und konservierte Sequenzen, die alle Varianten gemeinsam haben, können zu einer gewissen Rekombination während der Amplifikation führen.
2. Lange Homopolymere (>20 bp) können während der Amplifikation zu einem gewissen Dropout führen.
3. Starke Hairpins können eine schlechte Amplifikation zur Folge haben, was zu einer Unterrepräsentation oder zum Ausscheiden dieser Varianten führen kann.