优化新一代测序 (NGS) 的效率通常涉及在测序前对目标基因组区域进行靶向富集。在 Twist Bioscience 靶向富集工作流程中,设计了生物素化合成 DNA 探针与外显子或其他定制基因组区域杂交。与基因组 DNA 样本杂交后,对探针进行纯化,以产生针对靶向区域富集的样本。
Twist 通用封闭剂通过阻断接头序列之间的非特异性杂交,增强靶捕获的特异性。在杂交过程中阻断非特异性相互作用简化了实验设计和实施,降低了测序成本,并优化了靶向测序工作的结果。
优化新一代测序 (NGS) 的效率通常涉及在测序前对目标基因组区域进行靶向富集。在 Twist Bioscience 靶向富集工作流程中,设计了生物素化合成 DNA 探针与外显子或其他定制基因组区域杂交。与基因组 DNA 样本杂交后,对探针进行纯化,以产生针对靶向区域富集的样本。
Twist 通用封闭剂通过阻断接头序列之间的非特异性杂交,增强靶捕获的特异性。在杂交过程中阻断非特异性相互作用简化了实验设计和实施,降低了测序成本,并优化了靶向测序工作的结果。
阻断脱靶结合,以提高靶向捕获率
Twist 通用封闭剂含有通用接头序列的专有混合物 1。这些序列结合基因组文库片段,阻断 TruSeq 兼容接头之间的交叉杂交,并提高靶向捕获率。Twist 通用封闭剂可以提高任何使用与 TruSeq 兼容接头的靶向富集工作流程的性能。
Twist 通用封闭剂的稳定设计可最大程度提高灵活性,从而提高靶向富集工作流程的效率。它们与所有的 Twist 靶向富集组合兼容,能够提高靶向读长的捕获,不受标签序列类型的影响,跨单重和多重靶向富集工作流程,并且无论组合大小如何。Twist 通用封闭剂可以让您灵活地选择最适合您实验的接头标签设计,并且靶向富集的性能不受影响。
性能不受标签设计的影响。Twist 通用封闭剂在各种单端标签和双端标签 TruSeq 兼容接头上的靶向性能。从单个基因组来源产生单个文库(NA12878;Coriell)和 TruSeq 兼容的接头,其标签长度范围为 6 至 14 bp(不包括唯一分子标识符 [UMI] 长度)。在不存在或存在 Twist 通用封闭剂的情况下,按照生产商关于 16 小时杂交反应的建议,使用外显子组靶向富集组合 (33.1 Mb; Twist Bioscience) 进行杂交捕获,每个文库使用 500 ng gDNA。所有样本中均存在 Cot DNA。使用 NextSeq 500/550 High Output v2 试剂盒进行测序,生成 2x76 双端读长。将数据下采样至靶标大小的 150 倍,并使用 Picard Metrics 进行分析,映射质量为 20。中靶碱基百分比包括中靶和靶点附近的碱基,由公式 1 - PCT_OFF_BAIT 定义。误差线表示一个标准偏差或观测值范围;N ≥ 2。
性能不受组合大小的影响。Twist 通用封闭剂在各种组合大小中的靶向性能。单个文库由单个基因组来源 (NA12878; Coriell) 和 8 bp 双端标签 TruSeq 兼容接头生成。根据生产商的 16 小时杂交反应建议,在存在或不存在 Twist 通用封闭剂的情况下,使用各种大小的靶向富集组合(0.04 Mb 至 33.1 Mb;Twist Bioscience)和每个文库 500 ng 的 gDNA 进行杂交捕获。所有样本中均存在 Cot DNA。使用 NextSeq 500/550 High Output v2 试剂盒进行测序,生成 2x76 双端读长。将数据下采样至靶标大小的 150 倍,并使用 Picard Metrics 进行分析,映射质量为 20。中靶碱基百分比包括中靶和靶点附近的碱基,由公式 1 - PCT_OFF_BAIT 定义。误差线表示观测值范围;N=2。
阻断脱靶结合,以提高靶向捕获率
Twist 通用封闭剂含有通用接头序列的专有混合物 1。这些序列结合基因组文库片段,阻断 TruSeq 兼容接头之间的交叉杂交,并提高靶向捕获率。Twist 通用封闭剂可以提高任何使用与 TruSeq 兼容接头的靶向富集工作流程的性能。
Twist 通用封闭剂的稳定设计可最大程度提高灵活性,从而提高靶向富集工作流程的效率。它们与所有的 Twist 靶向富集组合兼容,能够提高靶向读长的捕获,不受标签序列类型的影响,跨单重和多重靶向富集工作流程,并且无论组合大小如何。Twist 通用封闭剂可以让您灵活地选择最适合您实验的接头标签设计,并且靶向富集的性能不受影响。
性能不受标签设计的影响。Twist 通用封闭剂在各种单端标签和双端标签 TruSeq 兼容接头上的靶向性能。从单个基因组来源产生单个文库(NA12878;Coriell)和 TruSeq 兼容的接头,其标签长度范围为 6 至 14 bp(不包括唯一分子标识符 [UMI] 长度)。在不存在或存在 Twist 通用封闭剂的情况下,按照生产商关于 16 小时杂交反应的建议,使用外显子组靶向富集组合 (33.1 Mb; Twist Bioscience) 进行杂交捕获,每个文库使用 500 ng gDNA。所有样本中均存在 Cot DNA。使用 NextSeq 500/550 High Output v2 试剂盒进行测序,生成 2x76 双端读长。将数据下采样至靶标大小的 150 倍,并使用 Picard Metrics 进行分析,映射质量为 20。中靶碱基百分比包括中靶和靶点附近的碱基,由公式 1 - PCT_OFF_BAIT 定义。误差线表示一个标准偏差或观测值范围;N ≥ 2。
性能不受组合大小的影响。Twist 通用封闭剂在各种组合大小中的靶向性能。单个文库由单个基因组来源 (NA12878; Coriell) 和 8 bp 双端标签 TruSeq 兼容接头生成。根据生产商的 16 小时杂交反应建议,在存在或不存在 Twist 通用封闭剂的情况下,使用各种大小的靶向富集组合(0.04 Mb 至 33.1 Mb;Twist Bioscience)和每个文库 500 ng 的 gDNA 进行杂交捕获。所有样本中均存在 Cot DNA。使用 NextSeq 500/550 High Output v2 试剂盒进行测序,生成 2x76 双端读长。将数据下采样至靶标大小的 150 倍,并使用 Picard Metrics 进行分析,映射质量为 20。中靶碱基百分比包括中靶和靶点附近的碱基,由公式 1 - PCT_OFF_BAIT 定义。误差线表示观测值范围;N=2。
工作流程步骤
靶向富集储存
在 -5°C至 -30°C 下储存100856
Twist 通用封闭剂,2 次反应100578
Twist 通用封闭剂,12 次反应100767
Twist 通用封闭剂,96 次反应Twist 通用封闭剂仅供研究使用,并遵守Twist 供应条款和条件中规定的额外使用限制。
工作流程步骤
靶向富集储存
在 -5°C至 -30°C 下储存100856
Twist 通用封闭剂,2 次反应100578
Twist 通用封闭剂,12 次反应100767
Twist 通用封闭剂,96 次反应Twist 通用封闭剂仅供研究使用,并遵守Twist 供应条款和条件中规定的额外使用限制。