在以 0 为基准的坐标系中，序列中的第一个位置为 0，而非 1。例如，在以 0 为基准的系统中，染色体的第一个核苷酸位于 0 位，第二个核苷酸位于 1 位，依此类推。这与以 1 为基准的坐标系不同，后者的第一个核苷酸位于 1 位。许多生物信息学工具（包括 UCSC 基因组浏览器）都使用以 0 为基准的坐标来指定基因组位置。