Dans les systèmes de coordonnées basés sur 0, la première position d’une séquence est comptée comme 0 et non comme 1. Par exemple, dans un système basé sur 0, le premier nucléotide d’un chromosome est en position 0, le deuxième en position 1 et ainsi de suite. Un tel système diffère des systèmes de coordonnées basés sur 1, où le premier nucléotide est en position 1. De nombreux outils bioinformatiques, notamment le navigateur de génome UCSC, spécifient les emplacements génomiques avec des coordonnées basées sur 0.