概述
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概述

Twist 的 RNA 测序工作流程提供完整的 NGS 解决方案,可生成用于 RNA 测序的均一文库。Twist 提供靶向和全转录组工作流程,可缩短手动操作时间,并与我们当前的 NGS 试剂组合(包括靶向富集试剂盒)集成。每个工作流程都可生成高质量的文库,可用于针对起始量和类型各异的样本(包括转化研究样本)进行测序。

Twist 定制 RNA 组合的设计合成可覆盖各种组合大小和转录靶标区域,且能保持卓越一致的性能。Twist 借鉴深厚的设计经验,开发了外显子感知设计算法来靶向单个外显子,并且不会优先选择任何一个外显子之间的连接位点。我们已将这种设计方法应用于 Twist RNA 外显子组,使其成为转录组分析和融合检测的实用工具。

结合的

端到端的工作流程通过结合简化且高效的文库制备试剂盒、高质量的唯一双标签 (UDI)、唯一分子标识符、优化的靶向富集和专有的外显子感知组合设计算法,实现了这一点。

靶向 RNA 测序

  • 创建定制组合以仅对重要的 RNA 转录本进行测序 
  • 结合 Twist RNA 文库制备、Twist 杂交和 RNA 靶向富集组合
  • 即使对于来自 FFPE 样本的低质量、降解的 RNA,也能增强关键靶标的检测灵敏度

RNA 外显子组和靶向测序

  • 外显子感知探针,针对蛋白质编码区和独特剪接位点而设计
  • 每个样本的读取次数更少,能够检测更多的样本
  • 靶向 19708 个基因和 63215 种亚型 
  • 整个转录组富集超过 1.8 倍

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全转录组测序

  • 测量 mRNA、lncRNA 和其他 RNA 种类的表达水平
  • 利用从新鲜样本和 FFPE 样本中提取的总 RNA 制备文库
  • 将 Twist RNA 文库制备与 Twist rRNA & Globin 去除试剂盒结合使用
  • 在 5 小时内完成 RNA 文库制备

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RNA 融合检测

  • 使用 Twist Alliance CeGaT 融合组合富集已知和新型融合
  • 与 CeGaT 合作设计专业内容
  • 使用 Twist RNA 文库制备试剂盒优化完整的工作流程,以生成用于测序的文库
  • 利用 Twist 核心捕获富集技术,大幅提高效率

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了解如何针对起始量和类型各异的样本,简化 RNA 测序工作流程。

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RNA 文库制备

RNA-Seq 文库制备概述

Twist RNA 文库制备工作流程经过优化,可在短短 5 小时内完成从样本到文库的整个过程(左图)。整个转录组文库可直接测序,进行综合分析。它们还可作为 Twist RNA 靶向富集工作流程的输入,与我们的 RNA 外显子组、RNA 融合靶向富集组合或定制设计的 RNA 富集组合一起使用,这些组合将 NGS 的覆盖范围集中在编码区,从而实现基因表达分析、融合检测以及通过单次检测鉴定编码变体(右图)。

更少的试验时间

工作流程时间

RNA-Seq 文库制备工作流程

从输入 1 ng 至 1 ug 的总 RNA 开始,可将其引入工作流程,并可选择是否使用核糖体 RNA 和球蛋白消耗模块来去除不需要的 RNA 物种。将 RNA 分割后反转录为 cDNA,然后进行单步第二链合成和加 A-尾,从而节省时间和程序步骤。最后,通过连接 Twist 高质量 UMI 或通用接头 (UDI) 并进行扩增来构建文库。

文库制备工作流程

RNA 外显子组

RNA 外显子组

Twist RNA 外显子组、Twist RNA 文库制备和 Twist 靶向富集提供了可靠的工具,可利用从各种来源(包括 FFPE)中提取的 RNA 生成转录组测序数据。RNA 外显子组不仅增加了信号,而且检测相同数量的基因需要的测序读取更少。因此能够检测低表达靶标,这些靶标对于准确了解生物样本的转录状态至关重要。此外,RNA 外显子组的外显子感知设计方式具有检测亚型和连接位点的能力,而传统的设计方法可能会丢失这些功能。这种完整的测序解决方案可以产生高度复杂和均一的测序读数,用于人类转录组蛋白质编码序列的 RNA 测序分析。

专为人类转录组设计
专为人类转录组设计
靶向 35.8 Mb 碱基、19,708 个基因和 63,215 种亚型
使用来自 Gencode 和 RefSeq 的序列构建
全转录组富集超过 1.8 倍
专为 RNA 构建的靶向富集
专为 RNA 构建的靶向富集
外显子感知探针,针对蛋白质编码区、融合和亚型而设计
每个样本的读取次数更少,能够检测更多的样本
与 FFPE 和低 RNA 起始量样本兼容

更多靶标,更少读数

Twist RNA 外显子组在不同起始量的 FFPE 和通用人类参考 RNA 中以更少的读数检测更多靶标。所有文库均使用 Twist RNA 文库制备试剂盒制备。

曲线图

RNA 融合

RNA 融合

基因融合通常在多种癌症类型中充当致癌驱动突变。快速准确地检测这些融合可以为临床行动提供信息并推动治疗决策。Twist Alliance CeGaT RNA 融合组合试剂盒是一种基于 RNA 的富集组合,与传统方法相比,它提供了优化灵敏的靶向方法来研究基因融合。

该组合包括与大约 30 种癌症类型相关的 160 个融合基因。融合基因由欧洲的领先基因诊断和测序公司 CeGaT 选定。该设计不仅用于检测已知的基因融合,还用于识别新的基因融合。

该组合通过优化和验证,可与 Twist RNA 文库制备试剂盒配合使用,以实现完整的端到端工作流程的卓越性能。基于 RNA 的富集方法具有高捕获效率,可提高检测的灵敏度。该组合非常适合用于筛选肿瘤学样本,为确定治疗方案提供信息或发现用于肿瘤分类的新型融合*。

靶点
可靠地富集 RNA 基因融合
与 CeGaT 合作设计专业内容
使用 Twist RNA 文库制备试剂盒优化的工作流程
Twist 核心富集技术大幅提高捕获效率

组合设计

  • 在断点设计中与 66 个基因相关的 160 个融合基因
  • 7394 个探针
  • 涵盖多种不同的癌症类型

*注:Twist Alliance CeGaT RNA 融合组合 – 3 MB 已通过 ISO-13485 认证。

听听科学家们怎么说

“在 CeGaT,我们希望为我们的客户提供全面且平价的肿瘤诊断。Twist 靶向富集技术是一个强大的工作流程,帮助我们在高通量实验室工作流程中准确分析具有 80 多种治疗可操作性融合变异的患者样本。我们可以避免与基于扩增子的工作流程相关的等位基因丢失问题。从我们自己的验证结果来看,该组合使我们能够报告临床上可操作的结果并为治疗决策提供支持。**

Florian Battke 博士,CeGaT GmbH 开发部主管

**免责声明:所得结果特定于获得该结果的机构,可能无法反映在其他机构可实现的结果。

 

 

 

订购
RNA 文库制备产品 SKU

107060

Twist RNA 文库制备试剂盒、16 个样本

107061

Twist RNA 文库制备试剂盒、96 个样本

107147

Twist RNA 文库制备与去除,16 个样本

107148

Twist RNA 文库制备与去除,96 个样本
RNA 外显子组产品 SKU

107143

RNA 外显子组 2 次反应

107144

RNA 外显子组 12 次反应

107146

RNA 外显子组 96 次反应
RNA 融合产品 SKU

106067

Twist Alliance CeGaT RNA 融合组合 – 3 MB,2 次反应试剂盒

106101

Twist Alliance CeGaT RNA 融合组合 – 3 MB,12 次反应试剂盒

106100

Twist Alliance CeGaT RNA 融合组合 – 3 MB,96 次反应试剂盒
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