Soluciones de flujo de trabajo de secuenciación de ARN Twist

Descripción general de la preparación de bibliotecas de secuenciación de ARN

La preparación de bibliotecas de ARN Twist ofrece un flujo de trabajo que se ha optimizado para obtener una muestra y completar una biblioteca en tan solo 5 horas (izquierda). Las bibliotecas de transcriptoma completo se pueden secuenciar directamente para un análisis completo. También se pueden utilizar como entrada en el flujo de trabajo de enriquecimiento del objetivo de ARN Twist con nuestros paneles de enriquecimiento del objetivo para el exoma de ARN, fusión de ARN o paneles de enriquecimiento del ARN diseñados por el cliente que se centran en la cobertura de la secuenciación de última generación (NGS) en las regiones de codificación, lo que permite el análisis de la expresión genética, la detección de fusiones y la identificación de variantes de codificación a partir de un solo ensayo (derecha).

Flujo de trabajo de preparación de bibliotecas de secuenciación de ARN

Se puede introducir un ARN total que va desde 1 ng hasta 1 ug en el flujo de trabajo con o sin el ARN ribosómico opcional y el módulo de agotamiento de globina para eliminar las especias de ARN no deseadas. El ARN se fragmenta y, a continuación, se transcribe a la inversa en ADNc seguido por la síntesis de una segunda cadena en un solo paso y la adición de colas de nucleótidos A que ahorra tiempo y pasos del procedimiento. Por último, las bibliotecas se crean ligando UMI o adaptadores universales (UDI) de alta calidad Twist y se realiza la amplificación.

Exoma de ARN

El exoma de ARN Twist, junto con la preparación de bibliotecas de ARN Twist y el enriquecimiento del objetivo Twist, proporciona una herramienta fiable para generar datos de secuenciación del transcriptoma a partir de ARN extraído de diversas fuentes, como muestras FFPE. El exoma de ARN aumenta la señal al tiempo que requiere menos lecturas de secuenciación para el mismo número de genes detectados. Esto permite la detección de objetivos de baja expresión que son fundamentales para obtener una imagen precisa del estado de transcripción de la muestra biológica. Además, el enfoque de diseño que tiene en cuenta los exones del exoma de ARN deja abierta la posibilidad de detectar isoformas y uniones que, de otro modo, podrían perderse con los enfoques de diseño típicos. Esta solución completa de secuenciación puede producir lecturas de secuenciación altamente complejas y uniformes para el análisis de secuenciación de ARN de las secuencias de codificación de proteínas del transcriptoma humano.

Más objetivos, menos lecturas

El exoma de ARN Twist detecta más objetivos con menos lecturas en un rango de entradas de ARN con ARN de referencia humano universal y FFPE. Todas las bibliotecas se han preparado con la preparación de bibliotecas de ARN Twist.

Fusión de ARN

Las fusiones de genes suelen actuar como mutaciones impulsoras oncogénicas en una amplia variedad de tipos de cáncer. Su detección rápida y precisa puede servir de base para las acciones clínicas y orientar las decisiones de tratamiento. El kit del panel de fusión de ARN Twist Alliance CeGaT es un panel de enriquecimiento basado en ARN que mejora el enfoque dirigido y sensible para la investigación de fusiones de genes en comparación con los métodos convencionales.

Este panel incluye 160 genes de fusión asociados con aproximadamente 30 tipos de cáncer. La fusión de genes ha sido seleccionada por CeGaT, una empresa líder en diagnóstico genético y la secuenciación con sede en Europa. El diseño no es solo para la detección de fusiones de genes conocidas, sino que también se utiliza para identificar nuevas fusiones de genes.

El panel está optimizado y validado para su uso con el kit de preparación de bibliotecas de ARN Twist para un flujo de trabajo completo de extremo a extremo de rendimiento excepcional. La alta eficiencia de captura con el enriquecimiento basado en ARN aumenta la sensibilidad de la detección. Este panel es ideal para el cribado de muestras oncológicas con el fin de informar sobre las opciones de tratamiento o descubrir nuevas fusiones para la clasificación de tumores.*

Diseño del panel

• 160 genes asociados a la fusión con 66 genes en el diseño de valores críticos
• 7394 sondas
• Cubre una variedad de diferentes tipos de cáncer

* Nota: Panel de fusión de ARN Twist Alliance CeGaT, 3 MB, cuenta con la certificación ISO-13485.