Twist RNA Sequenzierungs-Workflow-Lösungen

RNA-Seq Library Preparation Overview

Twist RNA library preparation offers workflow which was optimized to take a sample through to completed library in as little as 5 hours (left). The whole transcriptome libraries can be sequenced directly for comprehensive analysis. They may also be used as input into Twist RNA target enrichment workflow with our Target Enrichment panels for RNA Exome, RNA Fusion, or custom designed RNA enrichment panels which focus NGS coverage on coding regions enabling gene expression analysis, fusion detection, and identification of coding variants from a single assay (right).

RNA-Seq Library Preparation Workflow

Starting with total RNA as input from 1 ng up to 1 ug of input can be introduced into the workflow with or without the optional ribosomal RNA and Globin depletion module to remove unwanted RNA species. The RNA is fragmented and then reverse transcribed into cDNA followed by a single-step 2nd strand synthesis and A-tailing that saves time and procedure steps. Finally, libraries are constructed by ligating Twist high quality UMIs or Universal Adaptors (UDIs) followed by amplification.

RNA-Exom

Das Twist RNA-Exom bietet zusammen mit Twist RNA Library Prep und Twist Target Enrichment ein zuverlässiges Werkzeug zur Generierung von Transkriptom-Sequenzierungsdaten aus RNA, die aus verschiedenen Quellen, einschließlich FFPE, extrahiert wurde. RNA Exom erhöht das Signal und erfordert gleichzeitig weniger Sequenzierungs-Reads für die gleiche Anzahl nachgewiesener Gene. Dies ermöglicht den Nachweis schwach exprimierender Ziele, die für ein genaues Bild des Transkriptionszustands der biologischen Probe entscheidend sind. Darüber hinaus lässt der Exon-bewusste Designansatz des RNA-Exoms die Möglichkeit offen, Isoformen und Verbindungen nachzuweisen, die sonst bei typischen Designansätzen verloren gehen könnten. Diese vollständige Sequenzierungslösung kann hochkomplexe und einheitliche Sequenzierungs-Reads für die RNA-Sequenzierungsanalyse der proteinkodierenden Sequenzen des menschlichen Transkriptoms erzeugen.

Mehr Targets, weniger Reads

Twist RNA-Exom erkennt mehr Ziele mit weniger Reads über eine Reihe von RNA-Inputs mit FFPE und universeller menschlicher Referenz-RNA. Alle Libraries wurden mithilfe von Twist RNA Library Prep vorbereitet.

RNA-Fusion

Genfusionen wirken häufig als onkogene Treibermutationen bei einer Vielzahl von Krebsarten. Ihre schnelle und genaue Erkennung kann klinische Maßnahmen beeinflussen und Behandlungsentscheidungen vorantreiben. Das Twist Alliance CeGaT RNA Fusion Panel Kit ist ein RNA-basiertes Anreicherungspanel und bietet eine verbesserte zielgerichtete und empfindliche Methode zur Untersuchung von Genfusionen als herkömmliche Methoden.

Dieses Panel umfasst 160 Fusionsgene, die mit etwa 30 Krebsarten assoziiert sind. Die Fusionsgene wurden von CeGaT, einem führenden Unternehmen für genetische Diagnostik und Sequenzierung mit Sitz in Europa, ausgewählt. Das Design dient nicht nur dem Nachweis bekannter Genfusionen, sondern wird auch zur Identifizierung neuer Genfusionen verwendet.

Das Panel ist für die Verwendung mit dem Twist RNA Library Prep Kit optimiert und validiert, um einen kompletten End-to-End-Workflow mit außergewöhnlicher Leistung zu gewährleisten. Eine hohe Capture-Effizienz mit der RNA-basierten Anreicherung erhöht die Nachweisempfindlichkeit. Dieses Panel ist ideal für das Screening onkologischer Proben geeignet, um Behandlungsoptionen zu inspirieren oder neue Fusionen für die Tumorklassifizierung nachzuweisen.*

Panel-Design

• 160 fusionsassoziierte Gene mit 66 Genen im Breakpoint-Design
• 7394 Sonden
• Deckt eine Vielzahl unterschiedlicher Krebsarten ab

* Hinweis: Das Twist Alliance CeGaT RNA Fusion Panel – 3 MB ist ISO-13485-zertifiziert.