Twist RNA Sequenzierungs-Workflow-Lösungen

Übersicht über die RNA-Seq Libraryvorbereitung

Die Twist RNA-Libraryvorbereitung bietet einen Workflow, der so optimiert wurde, dass eine Probe in nur 5 Stunden zur fertigen Library führt (links). Die gesamten Transkriptom-Librarys können für eine umfassende Analyse direkt sequenziert werden. Sie können auch als Input für den Twist RNA Target Enrichment Workflow mit unseren Target Enrichment Panels für RNA Exom, RNA Fusion oder kundenspezifischen RNA Enrichment Panels verwendet werden, die die NGS-Abdeckung auf kodierende Regionen fokussieren und so Genexpressionsanalysen, Fusionsdetektion und die Identifizierung von kodierenden Varianten mit einem einzigen Assay ermöglichen (rechts).

RNA-Seq Libraryvorbereitungs-Workflow

Ausgehend von der Gesamt-RNA als Input von 1 ng bis zu 1 ug kann der Workflow mit oder ohne das optionale Modul zur Abreicherung von ribosomaler RNA und Globin zur Entfernung unerwünschter RNA-Spezies durchgeführt werden. Die RNA wird fragmentiert und dann revers in cDNA transkribiert, gefolgt von einer einstufigen 2-Strang-Synthese und A-Tailing, was Zeit und Verfahrensschritte spart. Schließlich werden die Librarys durch Ligierung von hochwertigen Twist UMIs oder Universaladaptern (UDIs) und anschließende Amplifikation erstellt.

RNA-Exom

Das Twist RNA-Exom bietet zusammen mit Twist RNA Library Prep und Twist Target Enrichment ein zuverlässiges Werkzeug zur Generierung von Transkriptom-Sequenzierungsdaten aus RNA, die aus verschiedenen Quellen, einschließlich FFPE, extrahiert wurde. RNA Exom erhöht das Signal und erfordert gleichzeitig weniger Sequenzierungs-Reads für die gleiche Anzahl nachgewiesener Gene. Dies ermöglicht den Nachweis schwach exprimierender Ziele, die für ein genaues Bild des Transkriptionszustands der biologischen Probe entscheidend sind. Darüber hinaus lässt der Exon-bewusste Designansatz des RNA-Exoms die Möglichkeit offen, Isoformen und Verbindungen nachzuweisen, die sonst bei typischen Designansätzen verloren gehen könnten. Diese vollständige Sequenzierungslösung kann hochkomplexe und einheitliche Sequenzierungs-Reads für die RNA-Sequenzierungsanalyse der proteinkodierenden Sequenzen des menschlichen Transkriptoms erzeugen.

Mehr Targets, weniger Reads

Twist RNA-Exom erkennt mehr Ziele mit weniger Reads über eine Reihe von RNA-Inputs mit FFPE und universeller menschlicher Referenz-RNA. Alle Libraries wurden mithilfe von Twist RNA Library Prep vorbereitet.

RNA-Fusion

Genfusionen wirken häufig als onkogene Treibermutationen bei einer Vielzahl von Krebsarten. Ihre schnelle und genaue Erkennung kann klinische Maßnahmen beeinflussen und Behandlungsentscheidungen vorantreiben. Das Twist Alliance CeGaT RNA Fusion Panel Kit ist ein RNA-basiertes Anreicherungspanel und bietet eine verbesserte zielgerichtete und empfindliche Methode zur Untersuchung von Genfusionen als herkömmliche Methoden.

Dieses Panel umfasst 160 Fusionsgene, die mit etwa 30 Krebsarten assoziiert sind. Die Fusionsgene wurden von CeGaT, einem führenden Unternehmen für genetische Diagnostik und Sequenzierung mit Sitz in Europa, ausgewählt. Das Design dient nicht nur dem Nachweis bekannter Genfusionen, sondern wird auch zur Identifizierung neuer Genfusionen verwendet.

Das Panel ist für die Verwendung mit dem Twist RNA Library Prep Kit optimiert und validiert, um einen kompletten End-to-End-Workflow mit außergewöhnlicher Leistung zu gewährleisten. Eine hohe Capture-Effizienz mit der RNA-basierten Anreicherung erhöht die Nachweisempfindlichkeit. Dieses Panel ist ideal für das Screening onkologischer Proben geeignet, um Behandlungsoptionen zu inspirieren oder neue Fusionen für die Tumorklassifizierung nachzuweisen.*

Panel-Design

• 160 fusionsassoziierte Gene mit 66 Genen im Breakpoint-Design
• 7394 Sonden
• Deckt eine Vielzahl unterschiedlicher Krebsarten ab

* Hinweis: Das Twist Alliance CeGaT RNA Fusion Panel – 3 MB ist ISO-13485-zertifiziert.