微小残留病(MRD)是指在成功进行治疗干预后,患者体内仍存在少量恶性癌细胞。在可能处于缓解期或未显现任何表型症状的患者中,MRD 可以持续保持在低水平。MRD 处于可检测到的水平是复发的危险因素,因为体内剩余的癌细胞会随着时间的推移而转移和增殖。虽然传统的监测技术(例如射线成像)是高度灵敏的方法,但残留的癌细胞数量可能非常少,以至于在出现复发症状之前无法检测到。
监测 MRD 可以通过液体活检来实现,从而可以对血液或其他体液进行诊断性检测。这种方法有可能比标准监测方法更早地检测到残留的癌细胞,从而允许更早地进行干预治疗。为此,循环肿瘤 DNA (ctDNA) 被用作液体活检 MRD 检测的生物标志物。一种常见的方法是在治疗前通过全基因组或全外显子组测序生成患者原发性肿瘤的变异图谱。然后,从该原发性肿瘤中选择患者特异性变异的子集,并针对这些目标变异设计一个小型的靶向富集组合(MRD 组合)。治疗之后,将会重复进行 MRD 检测来监测患者在设定的时间间隔内的疾病复发情况,以便评估血液中是否重新出现所选的 ctDNA 生物标志物。
Twist Bioscience MRD Rapid 500 组合是一种可扩展的靶向富集解决方案,用于监测微小残留病,它利用 Twist 的硅基 DNA 合成平台设计并制造用于个性化医疗的捕获组合。Twist 的专有设计算法和精简的生产流程可实现自动化设计、合成,以及从订购时起仅需 6 个工作日的快速交付时间。通过每个可涵盖 50 到 500 个探针的 MRD 组合,打造更广泛的网络,以便在基因组水平上全面表征佐剂反应,并与 Twist 现有的 NGS 文库制备和杂交捕获工作流程兼容。
微小残留病(MRD)是指在成功进行治疗干预后,患者体内仍存在少量恶性癌细胞。在可能处于缓解期或未显现任何表型症状的患者中,MRD 可以持续保持在低水平。MRD 处于可检测到的水平是复发的危险因素,因为体内剩余的癌细胞会随着时间的推移而转移和增殖。虽然传统的监测技术(例如射线成像)是高度灵敏的方法,但残留的癌细胞数量可能非常少,以至于在出现复发症状之前无法检测到。
监测 MRD 可以通过液体活检来实现,从而可以对血液或其他体液进行诊断性检测。这种方法有可能比标准监测方法更早地检测到残留的癌细胞,从而允许更早地进行干预治疗。为此,循环肿瘤 DNA (ctDNA) 被用作液体活检 MRD 检测的生物标志物。一种常见的方法是在治疗前通过全基因组或全外显子组测序生成患者原发性肿瘤的变异图谱。然后,从该原发性肿瘤中选择患者特异性变异的子集,并针对这些目标变异设计一个小型的靶向富集组合(MRD 组合)。治疗之后,将会重复进行 MRD 检测来监测患者在设定的时间间隔内的疾病复发情况,以便评估血液中是否重新出现所选的 ctDNA 生物标志物。
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Twist MRD Rapid 500 组合通过提供行业领先的统一捕获技术和简化的设计流程来充分利用您的测序数据。凭借出色的脱靶率和 80 倍的捕获性能节省总体测序成本。监测所有目标变异,覆盖您的每个靶标。
Twist 设计了五个 200 探针 MRD 组合,专门靶向乳腺癌、肺癌、CRC、黑色素瘤和肾细胞癌中发现的体细胞变异。除此之外,Twist 还利用其成熟的机械文库制备试剂盒、 Twist UMI 接头系统和新优化的靶向富集方案进一步提高 MRD 组合性能。
结果表明,升级后的系统显著提高了小型组合的性能,可以将每个组合的脱靶率降低至 10%–15%,并均一覆盖所有目标靶标。
捕获组合的性能,特别是探针较少的组合,取决于探针序列对基因组中目标区域的特异性。与位于整个基因组中的重复元件重叠的探针种类不仅可以与目标区域杂交,还可以与许多其他不需要的文库片段杂交,从而导致测序浪费。
Twist MRD Rapid 500 组合采用专有的过滤算法设计,如果预测探针会导致脱靶测序数据增加,则该算法将从组合中筛选探针。与重复元件重叠的探针可能会导致不可预测的脱靶事件。如下图所示,在没有重复过滤的情况下,脱靶率可能处于中等水平(组合 A 未过滤)或高水平(组合 B 未过滤)。然而,通过过滤掉有问题的探针,脱靶率会保持低水平(组合 A 过滤和组合 B 过滤)。
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Twist MRD Rapid 500 组合采用专有的过滤算法设计,如果预测探针会导致脱靶测序数据增加,则该算法将从组合中筛选探针。与重复元件重叠的探针可能会导致不可预测的脱靶事件。如下图所示,在没有重复过滤的情况下,脱靶率可能处于中等水平(组合 A 未过滤)或高水平(组合 B 未过滤)。然而,通过过滤掉有问题的探针,脱靶率会保持低水平(组合 A 过滤和组合 B 过滤)。
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Twist MRD Rapid 500 组合,12 次检测产品名称
MRD Rapid 500 组合,12 次检测最小探针数
50最大探针数
500支持的输入文件格式
靶标 BED 文件模板(请参阅“资源”)每个订单的最大组合数量
150质量控制
定量聚合酶链反应 (qPCR)交付方式
储存管支持的设计基因组组装
hg19,hg38交付时间
组合在 6 个工作日内发货105878
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