La maladie résiduelle minime (Minimal Residual Disease, MRD) est la présence d'un petit nombre de cellules cancéreuses malignes qui restent dans l'organisme après une intervention thérapeutique réussie. La MRD peut persister à de faibles niveaux chez des patients qui peuvent être en rémission ou ne présenter aucun symptôme phénotypique. Des niveaux détectables de MRD constituent un facteur de risque de récidive, car les cellules cancéreuses restantes dans le corps peuvent former des métastases et proliférer au fil du temps. Bien que les technologies de surveillance conventionnelles, telles que l'imagerie radiographique, soient des méthodes très sensibles, le nombre de cellules cancéreuses restantes peut être si faible qu'elles ne peuvent pas être détectées avant l'apparition de symptômes de récidive.
La surveillance de la MRD peut être réalisée par une biopsie liquide qui permet d'effectuer des tests diagnostiques sur le sang ou d'autres fluides corporels. Cette approche pourrait permettre de détecter les cellules cancéreuses résiduelles plus tôt que les méthodes de surveillance standard, ce qui permettrait une intervention thérapeutique plus précoce. Pour ce faire, l'ADN tumoral circulant (ADNtc) est utilisé comme biomarqueur pour les tests de MRD par biopsie liquide. Une approche courante consiste à générer un profil de variants de la tumeur primaire d'un patient par séquençage du génome entier ou de l'exome entier juste avant la thérapie. Un sous-ensemble de variants spécifiques au patient est ensuite sélectionné à partir de cette tumeur primaire et un petit panel d'enrichissement ciblé (panel MRD) est conçu contre ces variants d'intérêt. Après le traitement, des tests MRD répétés seront utilisés pour surveiller la récurrence de la maladie chez le patient à des intervalles de temps déterminés, de sorte que la réapparition des biomarqueurs d'ADNtc sélectionnés dans le sang puisse être évaluée.
Le panel 500 MRD Rapid de Twist Bioscience est une solution évolutive d'enrichissement ciblé pour le suivi de la maladie résiduelle minime qui s'appuie sur la plateforme de synthèse d'ADN sur silicium de Twist pour concevoir et fabriquer des panels de capture pour la médecine personnalisée. Les algorithmes de conception exclusifs de Twist et un procédé de fabrication rationalisé permettent l'automatisation de la conception, la synthèse et un délai d'exécution rapide de seulement 6 jours ouvrables à compter de la commande. Élargissez votre champ d'action pour caractériser pleinement la réponse à l'adjuvant au niveau génomique avec des panels MRD allant de 50 à 500 sondes par panel et compatibles avec la préparation de banques NGS existante de Twist et le flux de travail de capture hybride.
La maladie résiduelle minime (Minimal Residual Disease, MRD) est la présence d'un petit nombre de cellules cancéreuses malignes qui restent dans l'organisme après une intervention thérapeutique réussie. La MRD peut persister à de faibles niveaux chez des patients qui peuvent être en rémission ou ne présenter aucun symptôme phénotypique. Des niveaux détectables de MRD constituent un facteur de risque de récidive, car les cellules cancéreuses restantes dans le corps peuvent former des métastases et proliférer au fil du temps. Bien que les technologies de surveillance conventionnelles, telles que l'imagerie radiographique, soient des méthodes très sensibles, le nombre de cellules cancéreuses restantes peut être si faible qu'elles ne peuvent pas être détectées avant l'apparition de symptômes de récidive.
La surveillance de la MRD peut être réalisée par une biopsie liquide qui permet d'effectuer des tests diagnostiques sur le sang ou d'autres fluides corporels. Cette approche pourrait permettre de détecter les cellules cancéreuses résiduelles plus tôt que les méthodes de surveillance standard, ce qui permettrait une intervention thérapeutique plus précoce. Pour ce faire, l'ADN tumoral circulant (ADNtc) est utilisé comme biomarqueur pour les tests de MRD par biopsie liquide. Une approche courante consiste à générer un profil de variants de la tumeur primaire d'un patient par séquençage du génome entier ou de l'exome entier juste avant la thérapie. Un sous-ensemble de variants spécifiques au patient est ensuite sélectionné à partir de cette tumeur primaire et un petit panel d'enrichissement ciblé (panel MRD) est conçu contre ces variants d'intérêt. Après le traitement, des tests MRD répétés seront utilisés pour surveiller la récurrence de la maladie chez le patient à des intervalles de temps déterminés, de sorte que la réapparition des biomarqueurs d'ADNtc sélectionnés dans le sang puisse être évaluée.
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Twist MRD Rapid 500 Panels tirent le meilleur parti de vos données de séquençage en offrant une technologie de capture uniforme à la pointe du secteur et un processus de conception rationalisé. Réduisez les coûts globaux de séquençage grâce à 80 taux de performance exceptionnels en matière de capture hors cible et de capture de repliement. Surveillez tous les variants d'intérêt avec une couverture de chacune de vos cibles.
Twist a conçu cinq 200 panels de sondes MRD qui ciblent spécifiquement les variants somatiques trouvés dans les cancers du sein, du poumon, du col de l'utérus, du mélanome et du carcinome à cellules rénales. En outre, Twist s'est appuyée sur son kit éprouvé de préparation de banques mécaniques avec le système d'adaptateur Twist UMI et un protocole d'enrichissement ciblé récemment optimisé afin d'améliorer encore les performances du panel MRD.
Les résultats montrent que le système perfectionné améliore considérablement les performances des petits panels, ce qui permet de réduire les taux hors cible dans chaque panel à un niveau aussi bas que 10 à 15 % avec une couverture uniforme de toutes les cibles d'intérêt.
La performance des panels de capture, en particulier des panels comportant peu de sondes, dépend de la spécificité des séquences de sondes par rapport aux régions cibles du génome. Les espèces de sondes chevauchant des éléments répétitifs situés dans l'ensemble du génome peuvent s'hybrider non seulement à des régions d'intérêt, mais aussi à de nombreux autres fragments non désirés de la banque, ce qui entraîne un gaspillage de séquençage.
Les panels Twist MRD Rapid 500 sont conçus à l'aide d'algorithmes de filtrage exclusifs qui éliminent les sondes d'un panel s'il est prévu qu'elles entraînent une augmentation des données de séquençage hors cible. Les sondes dont les éléments répétitifs se chevauchent peuvent provoquer des événements imprévisibles hors cible. Sans filtres répétitifs, comme le montre la figure ci-dessous, le taux d'écart par rapport à l'objectif peut être modéré (« PanelA sans filtre ») ou élevé (« PanelB sans filtre »). En revanche, en filtrant les sondes problématiques, les taux d'erreur sont systématiquement faibles (filtre du panel A et filtre du panel B).
Twist MRD Rapid 500 Panels tirent le meilleur parti de vos données de séquençage en offrant une technologie de capture uniforme à la pointe du secteur et un processus de conception rationalisé. Réduisez les coûts globaux de séquençage grâce à 80 taux de performance exceptionnels en matière de capture hors cible et de capture de repliement. Surveillez tous les variants d'intérêt avec une couverture de chacune de vos cibles.
Twist a conçu cinq 200 panels de sondes MRD qui ciblent spécifiquement les variants somatiques trouvés dans les cancers du sein, du poumon, du col de l'utérus, du mélanome et du carcinome à cellules rénales. En outre, Twist s'est appuyée sur son kit éprouvé de préparation de banques mécaniques avec le système d'adaptateur Twist UMI et un protocole d'enrichissement ciblé récemment optimisé afin d'améliorer encore les performances du panel MRD.
Les résultats montrent que le système perfectionné améliore considérablement les performances des petits panels, ce qui permet de réduire les taux hors cible dans chaque panel à un niveau aussi bas que 10 à 15 % avec une couverture uniforme de toutes les cibles d'intérêt.
La performance des panels de capture, en particulier des panels comportant peu de sondes, dépend de la spécificité des séquences de sondes par rapport aux régions cibles du génome. Les espèces de sondes chevauchant des éléments répétitifs situés dans l'ensemble du génome peuvent s'hybrider non seulement à des régions d'intérêt, mais aussi à de nombreux autres fragments non désirés de la banque, ce qui entraîne un gaspillage de séquençage.
Les panels Twist MRD Rapid 500 sont conçus à l'aide d'algorithmes de filtrage exclusifs qui éliminent les sondes d'un panel s'il est prévu qu'elles entraînent une augmentation des données de séquençage hors cible. Les sondes dont les éléments répétitifs se chevauchent peuvent provoquer des événements imprévisibles hors cible. Sans filtres répétitifs, comme le montre la figure ci-dessous, le taux d'écart par rapport à l'objectif peut être modéré (« PanelA sans filtre ») ou élevé (« PanelB sans filtre »). En revanche, en filtrant les sondes problématiques, les taux d'erreur sont systématiquement faibles (filtre du panel A et filtre du panel B).
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Twist MRD Rapid 500 panel, 12 testsNom du produit
MRD Rapid 500 Panel, 12 testsNombre minimum de sondes
50Nombre maximum de sondes
500Format de fichier d'entrée pris en charge
Modèle de fichier BED cible (voir Ressources)Nombre maximum de panels par commande
150Contrôle de la qualité
qPCRMéthode de livraison
Tubes MatrixAssemblages de génomes pris en charge
hg19, hg38Délai de traitement
Les panels sont expédiés en 6 jours ouvrables105878
Twist MRD Rapid 500 panel, 12 testsNom du produit
MRD Rapid 500 Panel, 12 testsNombre minimum de sondes
50Nombre maximum de sondes
500Format de fichier d'entrée pris en charge
Modèle de fichier BED cible (voir Ressources)Nombre maximum de panels par commande
150Contrôle de la qualité
qPCRMéthode de livraison
Tubes MatrixAssemblages de génomes pris en charge
hg19, hg38Délai de traitement
Les panels sont expédiés en 6 jours ouvrables
Guide/conseils
Guide de référence pour les commandes et les produits de conception Panel Twist MRD Rapid 500
Protocole
Protocole v2 d’enrichissement ciblé par hybridation standard Twist pour application MRD
Affiche
Détection à haute sensibilité de mutations somatiques spécifiques à très basse fréquence pour le suivi MRD
Guide/conseils
Guide de référence pour les commandes et les produits de conception Panel Twist MRD Rapid 500
Protocole
Protocole v2 d’enrichissement ciblé par hybridation standard Twist pour application MRD
Affiche
Détection à haute sensibilité de mutations somatiques spécifiques à très basse fréquence pour le suivi MRD