Twist RNA シーケンシングワークフロー・ソリューション

RNA-Seq Library Preparation Overview

Twist RNA library preparation offers workflow which was optimized to take a sample through to completed library in as little as 5 hours (left). The whole transcriptome libraries can be sequenced directly for comprehensive analysis. They may also be used as input into Twist RNA target enrichment workflow with our Target Enrichment panels for RNA Exome, RNA Fusion, or custom designed RNA enrichment panels which focus NGS coverage on coding regions enabling gene expression analysis, fusion detection, and identification of coding variants from a single assay (right).

RNA-Seq Library Preparation Workflow

Starting with total RNA as input from 1 ng up to 1 ug of input can be introduced into the workflow with or without the optional ribosomal RNA and Globin depletion module to remove unwanted RNA species. The RNA is fragmented and then reverse transcribed into cDNA followed by a single-step 2nd strand synthesis and A-tailing that saves time and procedure steps. Finally, libraries are constructed by ligating Twist high quality UMIs or Universal Adaptors (UDIs) followed by amplification.

RNA Exome

Twist RNA Exome は Twist RNA Library Prep および Twist Target Enrichment と共に使用することができ、FFPE を含むさまざまなソースから抽出された RNA から、トランスクリプトーム解析データを生成できる信頼性の高いツールです。RNA Exome は、同じ数の遺伝子を検出するのに必要なシーケンシングリードの数を低減しつつ、シグナルを増加させます。これにより、生物学的サンプルの転写状態を正確に把握するために重要な低発現ターゲットの検出が可能になります。さらに、RNA Exome におけるエクソンを考慮した設計手法により、一般的な設計手法では見失われかねないアイソフォームやジャンクションを検出することが可能になります。この完全型シーケンシング・ソリューションによって、ヒトトランスクリプトームのタンパク質コード配列について RNA シーケンシングを行うために、非常に複雑かつ均一なシーケンシングリードを作製することができます。

より少ないリードで、より多くをターゲットに

Twist RNA Exome は、下図の通り、FFPE およびユニバーサル・ヒトリファレンス RNA を用いた場合の両方で、さまざまな RNA インプットに対して、より少ないリード数でより多くのターゲットを検出しています。すべてのライブラリは、Twist RNA Library Prep で調製されています。

RNA Fusion

融合遺伝子は多くの場合、さまざまながん種で、発がん性のドライバー変異として作用します。その迅速かつ正確な検出によって、臨床に情報がもたらされ、治療に関する決定を後押しします。Twist Alliance CeGaT RNA Fusion Panel Kit は RNA ベースのエンリッチメントパネルであり、融合遺伝子を調べるために、従来の方法よりも標的を絞った感度の高いアプローチを提供するものです。

本パネルには、約 30 種のがんに関連付けられた 160 の融合遺伝子が含まれています。この融合遺伝子は、遺伝子診断およびシーケンシング分野で欧州を代表する企業である CeGaT によって選定されたものです。この設計は、既知の融合遺伝子を検出するためだけでなく、新規の融合遺伝子を同定するためにも使用されるものです。

本パネルは、完全なエンドツーエンドのワークフローで卓越したパフォーマンスを実現するために、 Twist RNA Library Prep Kit と共に使用するよう最適化され、検証されたものです。RNA ベースのエンリッチメントによる高いキャプチャ効率によって、検出感度が向上しています。本パネルは、治療法を決定するための腫瘍検体のスクリーニングや、腫瘍を分類するための新規融合遺伝子の発見に理想的です。*

パネルの設計

• 160 個の融合遺伝子（66 個の遺伝子のブレークポイント）
• 7394 種類のプローブ
• さまざまながん種を網羅

*注：Twist Alliance CeGaT RNA Fusion Panel, 3 MB は、ISO-13485 認証取得済みです。