アライアンスパネル

Gene fusions often act as oncogenic driver mutations in various cancer types. その迅速かつ正確な検出によって、臨床に情報がもたらされ、治療に関する決定を後押しします。Twist Alliance CeGaT RNA Fusion Panel Kit は RNA ベースのエンリッチメントパネルであり、融合遺伝子を調べるために、従来の方法よりも標的を絞った感度の高いアプローチを提供するものです。

This panel includes 160 fusion genes associated with approximately 30 cancer types. CeGaT, a leading genetic diagnostic and sequencing company located in Europe, selected the fusion genes. The design not only detects known gene fusions but is also used to identify novel gene fusions.

The panel is optimized and validated for use with the Twist RNA Library Prep Kit for a complete end-to-end workflow with exceptional performance. RNA ベースのエンリッチメントによる高いキャプチャ効率によって、検出感度が向上しています。本パネルは、治療法を決定するための腫瘍検体のスクリーニングや、腫瘍を分類するための新規融合遺伝子の発見に理想的です。*

RNA 融合遺伝子を確実に濃縮

• Expert content design through collaboration
with CeGaT
• Optimized workflow with Twist RNA Library
Prep kit
• Twist コアエンリッチメントテクノロジーでキャプチャ効率を最大化

パネルの設計

• 160 fusion-associated genes with 66 genes in the breakpoint design
• 7,394 Probes
• さまざまながん種を網羅

製品 SKU: RNA Fusion

106067 Twist Alliance CeGaT RNA Fusion Panel – 3 MB, 2 Rxn Kit

106101 Twist Alliance CeGaT RNA Fusion Panel – 3 MB, 12 Rxn Kit

106100 Twist Alliance CeGaT RNA Fusion Panel – 3 MB, 96 Rxn Kit

Enables sequencing of genes that are difficult or impossible to fully sequence with short-read technology. 

• 標的遺伝子は 389 個（20 Mb）

• 主な標的は、GBA、SMN1/2 等

全遺伝子フェージング、GBA 遺伝子にカバレッジギャップなし

注文情報

106747 Twist Alliance Dark Genes Panel, 2 Reaction Kit

106748 Twist Alliance Dark Genes Panel, 12 Reaction Kit

106914 Twist Alliance Dark Genes Panel, 96 Reaction Kit

薬剤の代謝や患者の治療反応に重要なファーマコゲノミクスにおける重要遺伝子に焦点を当てます。

• 標的遺伝子は 49 個（2 Mb）
• 主な標的は、CYP2D6、HLA-A、HLA-B 等

CYP2D6 における正確なスターアレルコール

注文情報

106749 Twist Alliance Long-Read PGx Panel, 2 Reaction Kit

106750 Twist Alliance Long-Read PGx Panel, 12 Reaction Kit

106915 Twist Alliance Long-Read PGx Panel, 96 Reaction Kit

メチル化シーケンスは、がん細胞の起源を検出して追跡するための高感度なツールです。しかし、他のシーケンスプロジェクトと同様に、カバーする範囲の広さと深さはトレードオフの関係にあります。がんごとのメチル化パターンに注目したい方には、このパネルがお勧めです。Experts at AnchorDx partnered with Twist to create a custom target enrichment panel focused on methylation targets relevant to 31 different cancers.

The Twist Alliance Pan-cancer Methylation Panel - 1.5 MB provides deep coverage of clinically focused targets that allow for the study of methylation patterns that may be relevant to early cancer detection and diagnosis from tumor and liquid biopsy samples. Designed in collaboration with experts at AnchorDx and constructed using Twist’s world-class oligonucleotide synthesis platform, this panel provides a high on-target rate, high uniformity, and has been validated with the Twist Methylation workflow using liquid biopsy samples of breast cancer, colorectal cancer, and non-small cell lung cancer.

どの遺伝子が対象となっているかご質問がある場合Contact us at [email protected]

パネルの設計

CGAデータベースに基づき、31種類のがん、47種類の疾患

13,090プローブ 

126,000 CpG sites involved

~12,000 Differentially Methylated Regions (DMRs)

9,000 of 12,000 (74%) overlapped with the CpG islands

資料

Twist Alliance Pan-cancer Methylation Panel リソースファイル

注文情報

104694 Twist Alliance Pan-cancer Methylation Panel - 1.5 MB, 2 Reactions

104695 Twist Alliance Pan-cancer Methylation Panel - 1.5 MB, 12 Reactions

104696 Twist Alliance Pan-cancer Methylation Panel - 1.5 MB, 96 Reactions

Twist Methylation Workflow:

101976 NEBNext® EM-seq™ Kit for Twist Targeted Methylation Sequencing, 96 Samples*

103557 Twist Methylation Enhancer, 12 Reactions

100578 Twist Universal Blocker, 12 Reactions

100983 Twist Binding and Purification Beads Kit, 12 Reactions

101174 Twist Fast Hybridization and Wash Kit, 12 Reactions

103496 Twist Targeted Methylation Sequencing Workflow, 96x12 Reactions

*2 reaction and 12 reaction sizes are also available for enrichment

Twist Ancient Human DNA Panel は、ハーバード大学の David Reich 研究室と共同で開発され、一般的に骨や歯から抽出される古代の DNA 標本の遺伝的変異を研究するために使用されます。本パネルは 135 万 の SNP をターゲットとしており、もともと Fu らにより Nature 誌上で 2015 年に発表された、ヒトゲノム中の 123 万の多型性部位のすべてをサブセットとして含んでいます。このことにより、 Twist Human Ancient DNA Panel を用いて作成された新しいデータと、何千人もの古代の個体に関する発表データとの整合性が保証されています。本パネルでは、ヒト DNA 断片を高度に濃縮することができるため、ショットガンシーケンシングに比べて大幅にシーケンシングコストを削減しながら、ゲノムスケールのデータを得ることができます。

This original panel was optimized using Twist’s double stranded capture probes and hybridization capture reagents resulting in high genome coverage and reduced allelic bias as seen in Rohland, Mallick et al. Genome Research 2022, PMID: 36517229.

アッセイのセットアップに関する推奨事項については、Twistカスタマーサポートにお問い合わせください。

注文情報

Twist Alliance Ancient Human DNA Panel

107479Twist Alliance Ancient Human DNA Panel - 13 Mb, 12 reactions

106658Twist Alliance Ancient Human DNA Panel - 13 Mb, 96 reactions

104562Twist High Concentration Mitochondrial Panel, 96 reactions

研究専用です。診断用には使用できません。

イヌの種間の遺伝的変異を理解することは、イヌの形質の遺伝的調節や、病気の基礎・進行を理解する上で不可欠です。そのため、エクソームのような包括的な遺伝子パネルは、獣医学的診断とそれに関連する臨床医学を向上させる上で極めて重要な役割を果たします。このような NGS パネルは、イヌのがんをより深く理解し、治療法を開発するための研究を促進します。

Twist Alliance Canine Exome は、イヌのゲノム研究に最適なツールであり、ブロード研究所の Karlsson 研究室と共同で開発しました。また、イヌのゲノム研究は、CNV、遺伝子発現の違い、染色体構造異常など、ヒトとイヌの腫瘍に見られる遺伝子の類似性から、ヒトの医学研究にも有益であることが分かっています1。

Twist Alliance イヌエクソームパネルは、以下の目的を念頭に置いて設計されました。

• イヌ遺伝子のコーディング領域を含むエクソンをカバーする
• イヌとヒトのゲノムの比較研究を可能にする
• ヒトのがんにおいて重要であると知られている領域を含む
• 費用対効果に優れたディープシーケンシングを可能にする
• パネルには CanFam3.1 に基づく 17k 以上の遺伝子／ターゲットが含まれており、さらにイヌのがんに関与する遺伝子／ターゲットも含まれています。

The panel contains gene targets along with COSMIC mutations associated with each of these genes as detailed in McDonald et al.2- these genes were tiled 2x for higher coverage. FOXA1・TERT プロモーターを4Xでタイル状に並べました。それ以外の領域は、当社の標準的なやり方で、1X で並べました。

Twist の堅牢なパネル性能に加えて、世界有数のイヌのがん研究者による厳選コンテンツが含まれる Twist Alliance Canine Exome は、イヌの病気やヒトの希少な病気を研究する研究者にとって、最適なツールとなります。

1 Overgaard, N.H., Fan,T.M., Schachtschneider, K.M., Principe, D.R., Schook, L.B., & Jungersen, G. (2018). Of Mice, Dogs, Pigs, and Men: Choosing the Appropriate Model for Immuno-Oncology Research. ILAR journal, 59(3), 247–262.

2 McDonald, J.T., Kritharis, A., Beheshti A., Pilichowska M., 4, Burgess K., Luisel Ricks-Santi L., McNiel E., London C.B., Ravi D., 2, Andrew M Evens A.M., (2018) Comparative oncology DNA sequencing of canine T cell lymphoma via human hotspot panel. Oncotarget 9(32), 22693–22702

注文情報

105305 Twist Alliance Canine Exome - 40.5 Mb, 2 Reactions, Kit

105306 Twist Alliance Canine Exome - 40.5 Mb, 12 Reactions, Kit

105307 Twist Alliance Canine Exome - 40.5 Mb, 96 Reactions, Kit

従来のジェノタイピングツールでは、少数の民族に偏っていたため、従来のジェノタイピングワークフローでは人類のかなりの部分が表現されないままになっているという問題がありました。例えば、マイクロアレイのプラットフォームでは、固定されたコンテンツしか提供されず、時々更新されるだけなので、この問題は深刻です。

研究者は、多様性と柔軟性のために設計されたプローブパネルを備えたターゲットキャプチャベースのNGSワークフローを利用することで、これらの非効率性や不公平感を解消することができます。

このTwist Diversity SNP Panelは、Twistが提供するGBSポートフォリオの一部であり、GBSにおいて民族的に中立なゴールドスタンダードを提供しています。

このパネルは、独立したジェノタイピングパネルとして、またはTwist Human Comprehensive Exomeパネルへのスパイクインとして、自由に使用することができます。また、そのデザインはカスタマイズ可能で、興味のある領域をカバーする追加のプローブをTwist社のDNA合成プラットフォームで合成することができます。

Twist Diversity SNP Panelのコンテンツは、Regeneron Genetics Centerとの共同研究により作成されました。このパネルは、既存の全自動エクソーム処理ワークフローに統合できるように設計されており、ベースコールと検出したバリアントの情報を取得できます。

Genotype imputations can be calculated using open-source tools available. インピュテーション解析ツールの利用をご希望の場合は、カスタマーサポートにお問い合わせください。インピュテーションガイドをお送りしています。

注： Diversity SNPパネルの コンテンツは、Twistのワークフロー全体が完全に検証されたものではありません。アッセイのセットアップに関する推奨事項については、Twistカスタマーサポートにお問い合わせください。

PROBES: 640k

• SNPs COVERED: 1.4M
• SENSITIVITY: Imputation of most variants down to MAF of 0.1% or less

資料

アプリケーションノート：Capture-based SNP Genotyping with Twist Target Enrichment Panels

ウェビナー：Sequencing 100,000s of Humans: 教訓、課題、希望 - Gonçalo Abecasis、Regeneron Genetics Center

注文情報

104374 Twist Diversity SNP Panel, 2 Reactions

104375 Twist Diversity SNP Panel, 12 Reactions

104376 Twist Diversity SNP Panel, 96 Reactions

104393 Twist Diversity SNP Panel, 16 samples complete kit with Standard Hyb

104394 Twist Diversity SNP Panel, 96 samples complete kit with Standard Hyb

通常の検査で診断がつかない場合、特に遺伝性疾患が疑われる場合には、医師はDNAシーケンスパネルに答えを求めることが多くあります。 

ビクトリア州臨床遺伝学サービス（VCGS）は、数十年にわたる臨床ゲノミクスの経験を生かし、Twist 社と提携し、エクソーム全体をカバーする（臨床的に関連する遺伝子（Mendeliome）を特にカバー）診断パネル「Twist Alliance VCGS Exome」（40.1 MB）を開発しました。本パネルの設計にあたっては、従来エクソームが対象としてきた遺伝子コード領域以外の臨床的に重要な遺伝子座（非コード領域に存在する既知の病原性遺伝子座）を確実にカバーすることに特に注意を払いました。

The Twist Alliance VCGS Exome - 40.1 MB panel is a, highly uniform panel that can help streamline the identification of heritable disease-linked alleles, be it through carrier screening or pre- and post-natal testing.

- Total probes 425.4K

- Includes the Twist Comprehensive Exome of 394.1K probes

- and content curated by VCGS of 31.3K probes

注文情報

104282 Twist Alliance VCGS Exome - 40.1 MB, 2 Reactions Kit

104283 Twist Alliance VCGS Exome - 40.1 MB, 12 Reactions Kit

104284 Twist Alliance VCGS Exome - 40.1 MB, 96 Reactions Kit

Resources: 

[.bed ファイル]Twist Alliance VCGS Exome - 40.1 MB

Twist Alliance Clinical Research Exomeは、ブロード研究所のゲノミクスプラットフォームをサポートしており、臨床患者のサンプルから検証されたデータを用いて設計されています。このパネルは、Twistの柔軟なNGSプラットフォームを活用し、コンテンツを簡単かつ迅速にカスタマイズすることができます。その結果、エクソームの包括的な調査に加えて、がんや希少疾患、遺伝性疾患に関連する臨床的に重要なゲノム領域を補足的に強化することができます。By leveraging the high uniformity of Twist NGS probes, the assay enables a per sample cost and throughput efficiency that Broad has already leveraged to process more than 250,000 samples, keeping it on the leading edge of exome sequencing.

このパネルには、Twist Coreエクソーム、ミトコンドリアゲノム、ACMG73遺伝子などの有効なコード領域および非エクソン領域、OMIMやCOSMICからの領域の補足的カバレッジ、および特定のBroadが定義したターゲットが含まれています。 

注文情報

104032 Twist Alliance Clinical Research Exome - 34.9 MB, 2 Reactions Kit

104033 Twist Alliance Clinical Research Exome - 34.9 MB, 12 Reactions Kit

104034 Twist Alliance Clinical Research Exome - 34.9 MB, 96 Reactions Kit

資料

[Bedファイル] Twist Alliance Clinical Research Exome

Twist Alliance CNTG Hereditary Oncology Panel には、72 種類のがん関連遺伝子が選定されて含まれており、標的領域の 99.5% 以上をカバーします。このパネルは、乳がん、消化器腫瘍、リ・フラウメニ症候群、MEN1、MEN2、パラガングリオーマなどの遺伝性腫瘍の遺伝的素因を特定するために使用できます。

注文情報

105493 Twist Alliance CNTG Hereditary Oncology Panel- 0.2MB, 2 Rxn Kit

105494 Twist Alliance CNTG Hereditary Oncology Panel- 0.2MB, 12 Rxn Kit

105495 Twist Alliance CNTG Hereditary Oncology Panel- 0.2MB, 96 Rxn Kit

Twist Alliance CNTG Rare Disease Panelには、2,500超もの関連する希少疾患関連遺伝子が含まれており、標的領域の99.5%以上を網羅しており、研究者に完全なフットプリントなしでCNTGエクソームにおける重要な希少疾患をキャプチャするためのより軽量なツールを提供します。This panel can be used to detect genes associated with but not limited to rare treatable diseases, early onset childhood disorders, cardiac disorders, neurodegenerative diseases, skeletal abnormalities, and metabolic disorders.

Twist Alliance Centogene Rare Disease Panel 78.8k probes

注文情報

105466 Twist Alliance CNTG Rare Disease Panel-7.6MB, 2 Reactions

105467 Twist Alliance CNTG Rare Disease Panel-7.6MB, 12 Reactions

105468 Twist Alliance CNTG Rare Disease Panel-7.6MB, 96 Reactions

Diagnosis of rare diseases presents many challenges for physicians and can lead patients on a long diagnostic odyssey. DNA sequencing panels can provide physicians answers to these challenges and resolution for patients. As a leader in rare disease diagnostics, CENTOGENE has partnered with Twist to design a series of target enrichment capture panels, providing comprehensive tools to aid in rare disease and hereditary oncology diagnosis.

Twist Alliance CNTG Exome - 41 MB は、エクソーム全体の非常に均一なカバレッジだけでなく、ミトコンドリアゲノムの完全なカバレッジも実現します。CENTOGENE のバイオ・データバンクからの知見と卓越したオミクス技術を組み合わせた Twist Alliance CNTG Exome - 41 MB を用いることで、標準的な全エクソームシーケンス解析を上回る診断率が実現し、7,000 を超える希少疾患を含む幅広い疾患が対象となります。

パネル情報

• 総プローブ483K
• Twist Human Comprehensive Exome 396.1K
• Twist Mitochondrialパネル 139
• Twist Alliance Centogene Rare Disease Panel 78.8k
• Centogene Spike-In 7.8k 

注文情報

105459 Twist Alliance CNTG Exome - 41 MB, 2 Reactions

105461 Twist Alliance CNTG Exome - 41 MB, 12 Reactions

105462 Twist Alliance CNTG Exome - 41 MB, 96 Reactions