SARS-CoV-2 研究用パネル-Twist Bioscience

概要

コロナウイルスの世界的流行により、世界中のウイルス研究者や治療関係者が迅速な対応を迫られました。そのような世界中の研究チームは、ウイルスサンプルを分類し、特徴を解析するための堅牢で信頼性の高い遺伝子分析ツールを必要としています。Twist は、 SARS-CoV-2 ウイルスの検出と特性解析のための研究専用 NGSターゲットエンリッチメントパネルをご提供しています。本パネルは SARS-CoV-2 ゲノム（GenBank: MN908947.3）に対して設計され、約 30 kb のウイルスゲノムをターゲットにした、約 1,000 個のプローブからなるパネルです。

主な利点

高感度な検出

10 万倍超の濃縮倍率により、わずか 10 コピーのウイルス物質を検出

より多くの配列情報

濃縮後に 1X 以上の配列解析でゲノムの 99.9% 以上をカバレッジ

ウイルス変異を特定する能力

環境モニタリングと監視への活用

ウイルスの経時的な進化を把握

ウイルス株の起源と伝播パターンを追跡

検出が不十分な場合

SARS-CoV-2 NGSアッセイ（研究専用）のご紹介： SARS-CoV-2 ウイルスの検出、特性解析、環境モニタリングに用いられる高感度核酸ハイブリダイゼーションキャプチャベースアッセイ（研究専用）をご紹介します。Twist Bioscience の DNA合成によるウイルス特異的パネルの迅速な開発能力と、Biotia の総合データ解析ソフトウェアおよびレポート機能（COVID-DX（v1.0））を活用しています。

検体 1 mL あたりわずか 800 コピーのウイルスでも検出可能な高感度
濃縮後に 1X 以上の配列解析でゲノムの 99.9% 以上をカバレッジ
新たなウイルスの変異を同定する能力
研究用ソフトウェアによる解析レポートにより、疫学的サーベイランス用に変異株の分類および系統発生解析が可能

TwistとBiotiaの解析ソフト

コロナウイルスの世界的流行により、世界中のウイルス研究者や治療関係者が迅速な対応を迫られました。そのような世界中の研究チームは、ウイルスサンプルを分類し、特徴を解析するための堅牢で信頼性の高い遺伝子分析ツールを必要としています。Twist は、 SARS-CoV-2 ウイルスの検出と特性解析のための研究専用 NGSターゲットエンリッチメントパネルをご提供しています。本パネルは SARS-CoV-2 ゲノム（GenBank: MN908947.3）に対して設計され、約 30 kb のウイルスゲノムをターゲットにした、約 1,000 個のプローブからなるパネルです。

主な利点

高感度な検出

10 万倍超の濃縮倍率により、わずか 10 コピーのウイルス物質を検出

より多くの配列情報

濃縮後に 1X 以上の配列解析でゲノムの 99.9% 以上をカバレッジ

ウイルス変異を特定する能力

環境モニタリングと監視への活用

ウイルスの経時的な進化を把握

ウイルス株の起源と伝播パターンを追跡

検出が不十分な場合

SARS-CoV-2 NGSアッセイ（研究専用）のご紹介： SARS-CoV-2 ウイルスの検出、特性解析、環境モニタリングに用いられる高感度核酸ハイブリダイゼーションキャプチャベースアッセイ（研究専用）をご紹介します。Twist Bioscience の DNA合成によるウイルス特異的パネルの迅速な開発能力と、Biotia の総合データ解析ソフトウェアおよびレポート機能（COVID-DX（v1.0））を活用しています。

検体 1 mL あたりわずか 800 コピーのウイルスでも検出可能な高感度
濃縮後に 1X 以上の配列解析でゲノムの 99.9% 以上をカバレッジ
新たなウイルスの変異を同定する能力
研究用ソフトウェアによる解析レポートにより、疫学的サーベイランス用に変異株の分類および系統発生解析が可能

TwistとBiotiaの解析ソフト

ウイルス検出

ウイルス検出のための NGS

次世代シーケンシング（ NGS ）を用いると、血液、鼻腔ぬぐい液、糞便など、さまざまな種類のサンプルにおいて、感染をハイスループットかつ特異的に特定することができます。しかし、ウイルス感染の場合、対象となるウイルス濃度が極めて低く、また宿主からの高いバックグラウンドが存在することから、ダイレクトシーケンスが困難な場合があります。DNA ベースのハイブリダイゼーションプローブを使用して、混合ゲノムサンプルから特定の配列を分離するターゲットキャプチャにより、 NGS を用いた取り組みの感度と特異性を向上させることが可能です。

ダウンロードする

アプリケーションノート：NGS を用いた SARS-CoV-2 の検出・特性解析用ターゲットキャプチャ

Twist SARS-CoV-2 研究用パネル製品シート

効率的な設計で高感度を実現

Twist の高感度・高精度なターゲットキャプチャにより、効率的にウイルス RNA を検出することが可能です。ヒトのリファレンス RNA にスパイクインさせたさまざまなウイルスコピー数において、ターゲットエンリッチメントがウイルスゲノムをキャプチャ、検出できることを実証しました。高ウイルス量（約 100 万コピー）では、わずか 25,000 リード*でも完全なゲノムを回収することができます。一方、コピー数が少ない場合でも、ウイルスのテンプレートの大部分のカバレッジが維持されます。マッピングされた 800 万のリードを使用しても、ネガティブコントロールからのリードはウイルステンプレートにマッピングされません。このことは当社パネルを用いた 10 コピーでの検出はバックグラウンド汚染ではなく、真のキャプチャであることを示しています。詳細はアプリケーションノートをご覧ください。

*COVID-Dx を使用する場合、解析には 100 万リードが必要です。

RNA の精製からシーケンス解析まで、簡単なワークフロー

Twist SARS-CoV-2 研究用パネルでは、 RNA サンプルの精製からシーケンス解析まで、入手しやすいコンポーネントを使用したシンプルで実行しやすいプロトコルをご利用いただけます。

ウイルス検出のための NGS

次世代シーケンシング（ NGS ）を用いると、血液、鼻腔ぬぐい液、糞便など、さまざまな種類のサンプルにおいて、感染をハイスループットかつ特異的に特定することができます。しかし、ウイルス感染の場合、対象となるウイルス濃度が極めて低く、また宿主からの高いバックグラウンドが存在することから、ダイレクトシーケンスが困難な場合があります。DNA ベースのハイブリダイゼーションプローブを使用して、混合ゲノムサンプルから特定の配列を分離するターゲットキャプチャにより、 NGS を用いた取り組みの感度と特異性を向上させることが可能です。

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アプリケーションノート：NGS を用いた SARS-CoV-2 の検出・特性解析用ターゲットキャプチャ

Twist SARS-CoV-2 研究用パネル製品シート

効率的な設計で高感度を実現

Twist の高感度・高精度なターゲットキャプチャにより、効率的にウイルス RNA を検出することが可能です。ヒトのリファレンス RNA にスパイクインさせたさまざまなウイルスコピー数において、ターゲットエンリッチメントがウイルスゲノムをキャプチャ、検出できることを実証しました。高ウイルス量（約 100 万コピー）では、わずか 25,000 リード*でも完全なゲノムを回収することができます。一方、コピー数が少ない場合でも、ウイルスのテンプレートの大部分のカバレッジが維持されます。マッピングされた 800 万のリードを使用しても、ネガティブコントロールからのリードはウイルステンプレートにマッピングされません。このことは当社パネルを用いた 10 コピーでの検出はバックグラウンド汚染ではなく、真のキャプチャであることを示しています。詳細はアプリケーションノートをご覧ください。

*COVID-Dx を使用する場合、解析には 100 万リードが必要です。

RNA の精製からシーケンス解析まで、簡単なワークフロー

Twist SARS-CoV-2 研究用パネルでは、 RNA サンプルの精製からシーケンス解析まで、入手しやすいコンポーネントを使用したシンプルで実行しやすいプロトコルをご利用いただけます。

データ解析

Biotia 解析

Twist SARS-CoV-2 研究用パネルは、追加の試薬や解析を組み合わせて、サンプルの収集から三次解析までのエンドツーエンドソリューションとなっており、 SARS-CoV-2 NGSアッセイを実施できます。

Biotia COVID-DX（v1.0）ソフトウェアは、 SARS-CoV-2 ウイルスの完全な配列を含む研究用レポートを提供し、ウイルスが伝播するにつれて起こる変異、遺伝的多様性、進化に関する理解を深めることができます。FASTQ ファイル（シーケンス解析出力ファイル）をラボで作成し、クラウド型ソフトウェアである Biotia COVID-DX（v1.0）に送信して、研究用のレポートを作成することが可能です。SARS-CoV-2 NGSアッセイキットをご購入いただくと、お客様のサンプルに対して COVID-DX（v1.0）のバイオインフォマティクス解析がご利用可能になります。

Biotia 解析をご利用になるには、www.biotia.io の Biotia ユーザーポータルからご登録の上、ご注文時に電子メールで送信される注文番号をご入力いただくだけです。ソフトウェアのレポート作成機能を通して、サンプル解析を実行するためのアクセス権が提供されます。

遺伝子変異体の同定

遺伝子変異体は、試験株を遺伝子の位置・部位、変化、文献記録（存在する場合）に関する情報と共に SARS-CoV-2 参照ゲノム（NC_045512.2）にアラインメントすることにより決定されます。

SARS-CoV-2 を検出したかどうか	遺伝子	部位（bp）	変化	基準値
はい	GORF1ab	241	T	検出せず
はい	ORF1ab	478	T	検出せず
はい	ORF1ab	3,037	T	検出せず
はい	ORF1ab	14408*	T	検出せず
はい	ORF1ab	18877	T	検出せず
はい	S	23403	G	検出せず
はい	3a	25563	T	検出せず
はい	3’UTR	29759	C	検出せず

ゲノム上にマッピングされた配列解析結果

試験サンプルから回収された SARS-CoV-2 ゲノムの割合、及びリファレンスゲノムと比較して同定された遺伝子変異が示されています。また、世界中の SARS-CoV-2 株の既知の遺伝子変異の割合を示しています（下）。

系統発生解析及びサーベイランスモニタリング

試験サンプルは Clade 20A に最も近縁です。

この分岐群は、米国、ベルギー、フランスの配列決定済みサンプルで最も高い頻度で見つかっています。