超高スループットシーケンシングの簡素化されたワークフロー
TwistのFlexPrepTM UHTライブラリ調製キットは、集団試験、アグリゲノミクス、その他の超高スループットアプリケーション向けに、従来のマイクロアレイベース技術に代わるNGS(次世代シーケンシング)を提供します。TwistのNormalization by LigationTM(NBL)技術と酵素による断片化方法を組み合わせたこのキットには、広範なDNAインプットにわたって、サンプル正規化を組み込まれており、通常のサンプル処理ステップのコストと複雑性を軽減します。早期のサンプルバーコーディングにより、12個の個別サンプルを1つの反応にまとめて処理し、下流のワークフローをさらに効率化します。
研究専用です。診断や臨床用途には使用できません。
*8ウェル対96ウェルのワークフローに基づく
Read about Twist's suite of pop gen tools that enable assay flexibility, performance and economies of scale.
Twistの超高スループットシーケンシングへのアプローチを発見
超高スループットシーケンシングの簡素化されたワークフロー
TwistのFlexPrepTM UHTライブラリ調製キットは、集団試験、アグリゲノミクス、その他の超高スループットアプリケーション向けに、従来のマイクロアレイベース技術に代わるNGS(次世代シーケンシング)を提供します。TwistのNormalization by LigationTM(NBL)技術と酵素による断片化方法を組み合わせたこのキットには、広範なDNAインプットにわたって、サンプル正規化を組み込まれており、通常のサンプル処理ステップのコストと複雑性を軽減します。早期のサンプルバーコーディングにより、12個の個別サンプルを1つの反応にまとめて処理し、下流のワークフローをさらに効率化します。
Read about Twist's suite of pop gen tools that enable assay flexibility, performance and economies of scale.
Twistの超高スループットシーケンシングへのアプローチを発見
研究専用です。診断や臨床用途には使用できません。
*8ウェル対96ウェルのワークフローに基づく
FAQ
Twist FlexPrepTM UHTライブラリ調製キットは、ライゲーションによる正規化TMという新しいアプローチを採用しており、 事前および中間サンプルの定量化を排除し、シーケンシングワークフローを効率化します。
断片化反応とライゲーション反応が、サンプルごとに1つのウェルに調製されます。ライゲーション中に使用するアダプターにはインラインバーコードが含まれており、96ウェルプレートの列に12ウェルのプーリングすべてをまとめることができます。個別のプールは、プールレベルでのデマルチプレクシング用にPCRによって追加されたインデックス(UDI)で調整されます。FlexPrepキットからの1回のシーケンシング実行で最大1,152のサンプルを処理することで、シーケンシングスループットを最大化できます。この効率向上により、コストおよび消耗品の削減も可能となります。
変動するDNA質量インプットに対するNGSリード深度の正規化。各ライブラリで同定された総リード数の割合は、固有のデュアルインデックスとインラインバーコードの逆マルチプレックスを行った後に算出されます。完全な正規化の平均は1.04%(100/96)と推定されます。
FlexPrep UHTは、ターゲットエンリッチメント後に均一なカバレッジを持つ複雑性の高いライブラリを生成します。Twistカスタムパネルと組み合わせることで、FlexPrepはSNP、k-mer、構造変異、その他のゲノム領域に対する調整可能なカバレッジを実現します。濃縮されたサンプルは平均75xのカバレッジにダウンサンプルされています。Picardによる主要なターゲットエンリッチメントの指標が報告されています。
96プレックスのターゲットエンリッチメントを使用30 ngから300 ngのgDNAインプットをライブラリ調製に使用 |
|
75倍の生ターゲットカバレッジの指標 |
平均±標準偏差 |
選択塩基平均ターゲットカバレッジキメラFold-80塩基ペナルティ10倍でカバーされる塩基の割合(%)20倍でカバーされる塩基の割合(%)0倍でカバーされる塩基の割合(%) |
79.22% +/- 0.54%32.74 +/- 4.781.31% +/- 0.38%1.416 +/- 0.04496.06% +/- 0.94%85.41% +/- 6.36%0.43% +/- 0.04% |
*使用した方法:96のライブラリは、Twist FlexPrep UHTライブラリ調製キットおよびFlexPrepターゲットエンリッチメントプロトコルを用いて、ヒトゲノムDNA(gDNA)(NA12878)を使用し、カスタム800 kbパネルで96プレックスライブラリを作成し、Illumina NextSeq 550でシーケンシングを行いました。各ライブラリプールで30 ngから300 ngの範囲で可変質量インプットを用いて、各12サンプルからなる8つのライブラリプールを作成しました。**標準キットは、酵素による断片化とライゲーションおよびPCRを用いるワークフローに基づいています ***すべてのチャート、図およびグラフはTwistの内部データ(2024年9月)に基づいています。研究専用です。診断や臨床用途には使用できません。
Twist FlexPrepTM UHTライブラリ調製キットは、ライゲーションによる正規化TMという新しいアプローチを採用しており、 事前および中間サンプルの定量化を排除し、シーケンシングワークフローを効率化します。
断片化反応とライゲーション反応が、サンプルごとに1つのウェルに調製されます。ライゲーション中に使用するアダプターにはインラインバーコードが含まれており、96ウェルプレートの列に12ウェルのプーリングすべてをまとめることができます。個別のプールは、プールレベルでのデマルチプレクシング用にPCRによって追加されたインデックス(UDI)で調整されます。FlexPrepキットからの1回のシーケンシング実行で最大1,152のサンプルを処理することで、シーケンシングスループットを最大化できます。この効率向上により、コストおよび消耗品の削減も可能となります。
変動するDNA質量インプットに対するNGSリード深度の正規化。各ライブラリで同定された総リード数の割合は、固有のデュアルインデックスとインラインバーコードの逆マルチプレックスを行った後に算出されます。完全な正規化の平均は1.04%(100/96)と推定されます。
FlexPrep UHTは、ターゲットエンリッチメント後に均一なカバレッジを持つ複雑性の高いライブラリを生成します。Twistカスタムパネルと組み合わせることで、FlexPrepはSNP、k-mer、構造変異、その他のゲノム領域に対する調整可能なカバレッジを実現します。濃縮されたサンプルは平均75xのカバレッジにダウンサンプルされています。Picardによる主要なターゲットエンリッチメントの指標が報告されています。
96プレックスのターゲットエンリッチメントを使用30 ngから300 ngのgDNAインプットをライブラリ調製に使用 |
|
75倍の生ターゲットカバレッジの指標 |
平均±標準偏差 |
選択塩基平均ターゲットカバレッジキメラFold-80塩基ペナルティ10倍でカバーされる塩基の割合(%)20倍でカバーされる塩基の割合(%)0倍でカバーされる塩基の割合(%) |
79.22% +/- 0.54%32.74 +/- 4.781.31% +/- 0.38%1.416 +/- 0.04496.06% +/- 0.94%85.41% +/- 6.36%0.43% +/- 0.04% |
*使用した方法:96のライブラリは、Twist FlexPrep UHTライブラリ調製キットおよびFlexPrepターゲットエンリッチメントプロトコルを用いて、ヒトゲノムDNA(gDNA)(NA12878)を使用し、カスタム800 kbパネルで96プレックスライブラリを作成し、Illumina NextSeq 550でシーケンシングを行いました。各ライブラリプールで30 ngから300 ngの範囲で可変質量インプットを用いて、各12サンプルからなる8つのライブラリプールを作成しました。**標準キットは、酵素による断片化とライゲーションおよびPCRを用いるワークフローに基づいています ***すべてのチャート、図およびグラフはTwistの内部データ(2024年9月)に基づいています。研究専用です。診断や臨床用途には使用できません。
109220
Twist FlexPrep™ UHTライブラリ調製キット、192サンプル109223
Twist FlexPrep™ UHT LPおよびハイブリダイゼーションキット、192サンプル109224
Twist FlexPrep™ UHTライブラリ調製キット、1152サンプル109226
Twist FlexPrep™ UHT LPおよびハイブリダイゼーションキット、1152サンプル109220
Twist FlexPrep™ UHTライブラリ調製キット、192サンプル109223
Twist FlexPrep™ UHT LPおよびハイブリダイゼーションキット、192サンプル109224
Twist FlexPrep™ UHTライブラリ調製キット、1152サンプル109226
Twist FlexPrep™ UHT LPおよびハイブリダイゼーションキット、1152サンプル