超ハイスループットシーケンシングを実現するシンプルなワークフロー
Twist の FlexPrepTM UHT ライブラリ調製キットは、集団研究やアグリゲノミクスなど超ハイスループットアプリケーション向けに、従来のマイクロアレイをベースとした技術に代わる NGS(次世代シーケンシング)を可能とします。Twist の Normalization by LigationTM(NBL)技術と酵素による断片化法を組み合わせたこのキットには、幅広い DNA インプットにわたってサンプルの正規化が組み込まれており、通常のサンプル処理ステップのコストと複雑性が軽減されます。早い段階でサンプルをバーコーディングすることで、下流で 12 個の別々のサンプルを 1 つの反応にプールすることができ、より合理的で効率的なワークフローが可能になります。
研究専用です。診断や臨床用途には使用できません。
*8 ウェル対 96 ウェルのワークフローに基づく
超ハイスループットシーケンシングへの Twist の手法をご覧ください
超ハイスループットシーケンシングを実現するシンプルなワークフロー
Twist の FlexPrepTM UHT ライブラリ調製キットは、集団研究やアグリゲノミクスなど超ハイスループットアプリケーション向けに、従来のマイクロアレイをベースとした技術に代わる NGS(次世代シーケンシング)を可能とします。Twist の Normalization by LigationTM(NBL)技術と酵素による断片化法を組み合わせたこのキットには、幅広い DNA インプットにわたってサンプルの正規化が組み込まれており、通常のサンプル処理ステップのコストと複雑性が軽減されます。早い段階でサンプルをバーコーディングすることで、下流で 12 個の別々のサンプルを 1 つの反応にプールすることができ、より合理的で効率的なワークフローが可能になります。
超ハイスループットシーケンシングへの Twist の手法をご覧ください
研究専用です。診断や臨床用途には使用できません。
*8 ウェル対 96 ウェルのワークフローに基づく
FAQ
Twist FlexPrepTM UHT ライブラリ調製キットは、Normalization by LigationTM という新しい手法を採用しており、 事前および途中でのサンプルの定量の必要を無くし、シーケンシングワークフローを効率化します。
断片化反応とライゲーション反応が、サンプルごとに 1 つのウェルで行われます。ライゲーションで使用するアダプターにはインラインバーコードが含まれており、96 ウェルプレートの 1 列の全 12 ウェルをプーリングできます。それぞれのプールは、プールレベルでのデマルチプレックス化用に PCR で追加されたインデックス(UDI)と共に調製されます。FlexPrep キットからの 1 回のシーケンシング実行で最大 1,152 のサンプルを処理することで、シーケンシングスループットを最大化できます。この効率向上により、コストや消耗品の削減につながります。
さまざまな量の DNA インプットに対する NGS リード深度の正規化。各ライブラリで同定された総リード数の割合は、ユニークデュアルインデックスおよびインラインバーコードのデマルチプレックス化を行った後に算出されます。完全な正規化が行われた場合の平均値は 1.04%(100/96)です。
FlexPrep UHT により、ターゲットエンリッチメント後に均一なカバレッジを持つ複雑性の高いライブラリを作製します。Twist カスタムパネルと組み合わせて、FlexPrep は SNP、k-mer、構造バリアントなど関心のあるゲノム領域に対してカバー領域を調整することが可能です。濃縮後のサンプルは平均 75x のカバレッジにダウンサンプリングされています。主要なターゲットエンリッチメントの Picard 指標を示しています。
96 プレックスのターゲットエンリッチメント30 ng から 300 ng の gDNA インプットをライブラリ調製に使用 |
|
75x のターゲットカバレッジ(生データ)の指標 |
平均 ± 標準偏差 |
選択塩基平均ターゲットカバレッジキメラFold-80 ベースペナルティ10x でカバーされる塩基の割合20x でカバーされる塩基の割合0x でカバーされる塩基の割合 |
79.22% ± 0.54%32.74 ± 4.781.31% ± 0.38%1.416 ± 0.04496.06% ± 0.94%85.41% ± 6.36%0.43% ± 0.04% |
*使用した方法:96 のライブラリを、Twist FlexPrep UHT ライブラリ調製キットおよび FlexPrep ターゲットエンリッチメントプロトコルを用いてヒトゲノム DNA(gDNA)(NA12878)からカスタム 800 kb パネルの 96 プレックスとして調製し、Illumina NextSeq 550 でシーケンシングを行いました。それぞれ 12 サンプルからなる 8 つのライブラリプールを得ました(各ライブラリプール中のインプットの質量は 30 ng ~ 300 ng の範囲)。**標準キットは、酵素による断片化とその後のライゲーション、そして PCR を用いるワークフローに基づいています。 ***すべてのチャート、図およびグラフは Twist の内部データ(2024 年 9 月)に基づいています。研究専用です。診断や臨床用途には使用できません。
Twist FlexPrepTM UHT ライブラリ調製キットは、Normalization by LigationTM という新しい手法を採用しており、 事前および途中でのサンプルの定量の必要を無くし、シーケンシングワークフローを効率化します。
断片化反応とライゲーション反応が、サンプルごとに 1 つのウェルで行われます。ライゲーションで使用するアダプターにはインラインバーコードが含まれており、96 ウェルプレートの 1 列の全 12 ウェルをプーリングできます。それぞれのプールは、プールレベルでのデマルチプレックス化用に PCR で追加されたインデックス(UDI)と共に調製されます。FlexPrep キットからの 1 回のシーケンシング実行で最大 1,152 のサンプルを処理することで、シーケンシングスループットを最大化できます。この効率向上により、コストや消耗品の削減につながります。
さまざまな量の DNA インプットに対する NGS リード深度の正規化。各ライブラリで同定された総リード数の割合は、ユニークデュアルインデックスおよびインラインバーコードのデマルチプレックス化を行った後に算出されます。完全な正規化が行われた場合の平均値は 1.04%(100/96)です。
FlexPrep UHT により、ターゲットエンリッチメント後に均一なカバレッジを持つ複雑性の高いライブラリを作製します。Twist カスタムパネルと組み合わせて、FlexPrep は SNP、k-mer、構造バリアントなど関心のあるゲノム領域に対してカバー領域を調整することが可能です。濃縮後のサンプルは平均 75x のカバレッジにダウンサンプリングされています。主要なターゲットエンリッチメントの Picard 指標を示しています。
96 プレックスのターゲットエンリッチメント30 ng から 300 ng の gDNA インプットをライブラリ調製に使用 |
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75x のターゲットカバレッジ(生データ)の指標 |
平均 ± 標準偏差 |
選択塩基平均ターゲットカバレッジキメラFold-80 ベースペナルティ10x でカバーされる塩基の割合20x でカバーされる塩基の割合0x でカバーされる塩基の割合 |
79.22% ± 0.54%32.74 ± 4.781.31% ± 0.38%1.416 ± 0.04496.06% ± 0.94%85.41% ± 6.36%0.43% ± 0.04% |
*使用した方法:96 のライブラリを、Twist FlexPrep UHT ライブラリ調製キットおよび FlexPrep ターゲットエンリッチメントプロトコルを用いてヒトゲノム DNA(gDNA)(NA12878)からカスタム 800 kb パネルの 96 プレックスとして調製し、Illumina NextSeq 550 でシーケンシングを行いました。それぞれ 12 サンプルからなる 8 つのライブラリプールを得ました(各ライブラリプール中のインプットの質量は 30 ng ~ 300 ng の範囲)。**標準キットは、酵素による断片化とその後のライゲーション、そして PCR を用いるワークフローに基づいています。 ***すべてのチャート、図およびグラフは Twist の内部データ(2024 年 9 月)に基づいています。研究専用です。診断や臨床用途には使用できません。
109220
Twist FlexPrep™ UHT Library Preparation Kit, 192 Samples109223
Twist FlexPrep™ UHT LP and Hybridization Kit, 192 Samples109224
Twist FlexPrep™ UHT Library Preparation Kit, 1152 Samples109226
Twist FlexPrep™ UHT LP and Hybridization Kit, 1152 Samples109220
Twist FlexPrep™ UHT Library Preparation Kit, 192 Samples109223
Twist FlexPrep™ UHT LP and Hybridization Kit, 192 Samples109224
Twist FlexPrep™ UHT Library Preparation Kit, 1152 Samples109226
Twist FlexPrep™ UHT LP and Hybridization Kit, 1152 Samples