MGF には、複雑さに関する要件はありません。ただし、機能要素によっては以下のように最適な結果が得られない場合があります。

1. すべてのバリアント間でダイレクトリピートや保存配列などが共有されているという特徴があると、増幅中に何らかの組換えが生じる場合があります。
2. 長いホモポリマー（> 20 bp）は、増幅中のドロップアウトの発生につながる場合があります。
3. ヘアピンが強いと増幅が不十分になり、その結果、それらのバリアントの過少表現やドロップアウトにつながる場合があります。