Alliance Panels

Genfusionen wirken häufig als onkogene Treibermutationen bei verschiedenen Krebsarten. Ihre schnelle und genaue Erkennung kann klinische Maßnahmen beeinflussen und Behandlungsentscheidungen vorantreiben. Das Twist Alliance CeGaT RNA Fusion Panel Kit ist ein RNA-basiertes Anreicherungspanel und bietet eine verbesserte zielgerichtete und empfindliche Methode zur Untersuchung von Genfusionen als herkömmliche Methoden.

Dieses Panel umfasst 160 Fusionsgene, die mit etwa 30 Krebsarten assoziiert sind. Die Fusionsgene wurden von CeGaT, einem führenden Unternehmen für genetische Diagnostik und Sequenzierung mit Sitz in Europa, ausgewählt. Das Design weist nicht nur bekannte Genfusionen nach, sondern wird auch zur Identifizierung neuer Genfusionen verwendet.

Das Panel ist für die Verwendung mit dem Twist RNA Library Prep Kit optimiert und validiert, um einen kompletten End-to-End-Workflow mit außergewöhnlicher Leistung zu gewährleisten. Eine hohe Capture-Effizienz mit der RNA-basierten Anreicherung erhöht die Nachweisempfindlichkeit. Dieses Panel ist ideal für das Screening onkologischer Proben geeignet, um Behandlungsoptionen zu inspirieren oder neue Fusionen für die Tumorklassifizierung nachzuweisen.*

Reichern Sie RNA-Genfusionen sicher an

• Kompetentes Content-Design durch Zusammenarbeit
mit CeGaT
• Optimierter Workflow mit dem Twist RNA Library
Prep Kit
• Die Twist Core Enrichment-Technologie maximiert die Capture-Effizienz

Panel-Design

• 160 fusionsassoziierte Gene mit 66 Genen im Breakpoint-Design
• 7.394 Sonden
• Deckt eine Vielzahl unterschiedlicher Krebsarten ab

Ermöglicht die Sequenzierung von Genen, die mit der Short-Read-Technologie nur schwer oder gar nicht vollständig sequenziert werden können. 

• Zielt auf 389 Gene ab (20 Mb)

• Zu den wichtigen Targets gehören GBA, SMN1/2

Ganzgenom-Phasing und keine Abdeckungslücke im GBA-Gen

Bestellinformationen

106747 Twist Alliance Dark Genes Panel, 2 Reaktionskit

106748 Twist Alliance Dark Genes Panel, 12 Reaktionskit

106914 Twist Alliance Dark Genes Panel, 96 Reaktionskit

Konzentrieren Sie sich auf wichtige Gene in der Pharmakogenomik, die für den Arzneimittelstoffwechsel und das therapeutische Ansprechen von Patienten von entscheidender Bedeutung sind.

• Zielt auf 49 Gene ab (2 Mb)
• Zu den wichtigen Targets gehören CYP2D6, HLA-A, HLA-B

Genauer Star-Allel-Aufruf bei CYP2D6

Bestellinformationen

106749 Twist Alliance Long-Read PGx Panel, 2 Reaktionskit

106750 Twist Alliance Long-Read PGx Panel, 12 Reaktionskit

106915 Twist Alliance Long-Read PGx Panel, 96 Reaktionskit

Methylation Sequencing ist ein sensitives Tool zum Nachweis und zur Rückverfolgung des Ursprungs von Krebszellen. Aber wie bei jedem Sequenzierungsprojekt ist ein Kompromiss bezüglich der Breite und Tiefe der Abdeckung einzugehen. Wenn Sie bereit sind, den Schwerpunkt auf den Nachweis krebsspezifischer Methylierungsmuster zu legen, ist dies das richtige Panel für Sie. Die Experten von AnchorDx haben in Zusammenarbeit mit Twist ein maßgeschneidertes Target Enrichment-Panel entwickelt, das sich gezielt auf Methylierungs-Targets konzentriert, die für 31 verschiedene Krebsarten relevant sind.

Das Twist Alliance Pan-Krebs-Methylierungspanel – 1,5 MB bietet eine umfassende Abdeckung klinisch relevanter Targets, die die Untersuchung von Methylierungsmustern ermöglichen, die für die Krebsfrüherkennung und -diagnose anhand von Tumor- und Flüssigbiopsieproben relevant sein können. Dieses Panel wurde in Zusammenarbeit mit den Experten von AnchorDx entwickelt und mit der weltweit führenden Oligonukleotid-Syntheseplattform von Twist erstellt. Es bietet eine hohe On-Target-Rate, eine hohe Homogenität und es wurde mit dem Twist-Methylierungs-Workflow anhand von Flüssigbiopsie-Proben von Brustkrebs, Darmkrebs und nicht-kleinzelligem Lungenkrebs validiert.

Möchten Sie sehen, welche Gene abgedeckt sind? Kontaktieren Sie uns unter customersupport@twistbioscience.com

Panel-Design

31 Krebsarten, 47 Krankheitsentitäten, basierend auf der TCGA-Datenbank

13.090 Sonden 

126.000 beteiligte CpG-Stellen

Ca. 12.000 differenziert methylierte Regionen (DMRs)

9.000 von 12.000 (74 %) überschnitten sich mit den CpG-Inseln

Ressourcen

Twist Alliance Pan-Krebs-Methylierungs-Panel Ressourcen-Dateien

Bestellinformationen

104694 Twist Alliance-Pan-Krebs-Methylierungs-Panel – 1,5 MB, 2 Reaktionen

104695 Twist Alliance-Pan-Krebs-Methylierungs-Panel – 1,5 MB, 12 Reaktionen

104696 Twist Alliance-Pan-Krebs-Methylierungs-Panel – 1,5 MB, 96 Reaktionen

Twist Methylierungs-Workflow:

101976 NEBNext® EM-seq™ Kit für Twist Targeted Methylation Sequencing, 96 Proben*

103557 Twist Methylation Enhancer, 12 Reaktionen

100578 Twist Universal Blocker, 12 Reaktionen

100983 Twist Binding and Purification Beads Kit, 12 Reaktionen

101174 Twist Fast Hybridization and Wash Kit, 12 Reaktionen

103496 Twist Targeted Methylation Sequencing Workflow, 96x12 Reaktionen

*2 Reaktions- und 12 Reaktionsgrößen auch für die Anreicherung erhältlich.

Das Ancient Human DNA Panel wurde in Zusammenarbeit mit dem Labor von David Reich an der Harvard University entwickelt, um die genetische Variation in alten DNA-Proben zu untersuchen, die typischerweise aus Knochen und Zähnen gewonnen werden. Das Gremium zielt auf 1,35 Millionen SNPs ab, die als Teilmenge alle 1,23 Millionen polymorphen Stellen im menschlichen Genom umfassen, was ursprünglich in Fu et al. Nature 2015 veröffentlicht wurde, und was die Kompatibilität neuer Daten gewährleistet, die mit dem Twist Human Ancient DNA Panel anhand vieler tausend alter Individuen generiert wurden. Dieses Panel ermöglicht Daten im Genom-Maßstab zu deutlich geringeren Sequenzierungskosten im Vergleich zur Shotgun-Sequenzierung, da es menschliche DNA-Fragmente im hohen Maße anreichern kann.

Dieses ursprüngliche Panel wurde mithilfe der doppelsträngigen Capture-Sonden und Hybridisierungs-Capture-Reagenzien von Twist optimiert, was zu einer hohen Genomabdeckung und einer verringerten Allelverzerrung führte, wie bei Rohland, Mallick et al. Genome Research 2022, PMID: 36517229 zu sehen ist.

Bitte wenden Sie sich an den Kundendienst, um Empfehlungen bei der Assay-Einrichtung zu erhalten.

Bestellinformationen

Twist Alliance Ancient Human DNA Panel

107479 Twist Alliance Ancient Human DNA Panel – 13 Mb, 12 Reaktionen

106658 Twist Alliance Ancient Human DNA Panel – 13 Mb, 96 Reaktionen

104562 Twist High Concentration Mitochondrial Panel, 96 Reaktionen

Nur zu Forschungszwecken. Nicht für die Verwendung in diagnostischen Verfahren bestimmt.

Das Verständnis der genetischen Variation zwischen Hunderassen ist von entscheidender Bedeutung für das Verständnis der genetischen Regulation von Merkmalen sowie der Grundlage und des Verlaufs von Krankheiten bei Hunden. Folglich sind umfassende Genpanels wie Exome von zentraler Bedeutung für die Verbesserung der Veterinärdiagnostik und der damit verbundenen klinischen Medizin. Diese Arten von NGS-Panels werden auch die Forschung zur Entwicklung eines tieferen Verständnisses von Krebserkrankungen bei Hunden und potenziellen Therapeutika beschleunigen.

Das Twist Alliance Canine Exome, das in Zusammenarbeit mit dem Karlsson-Labor des Broad Institute entwickelt wurde, ist genau das richtige Tool für die Genomforschung bei Hunden. Weiterhin hat sich herausgestellt, dass die Genomforschung bei Hunden auch für die humanmedizinische Forschung von Nutzen ist, da genetische Ähnlichkeiten zwischen menschlichen und hündischen Tumoren wie CNVs, differentiellen Genexpressionen und strukturellen Chromosomenanomalien festgestellt wurden1.

Das Twist Alliance Canine Exom-Panel wurde mit den folgenden Zielsetzungen entwickelt:

• Abdeckung kodierender Exone von Hundegenen
• Ermöglichung vergleichender genomischer Studien zwischen dem Genom von Hund und Mensch
• Einschluss von Regionen mit bekannter Bedeutung für menschliche Krebserkrankungen
• Ermöglichung kostengünstiger Tiefensequenzierung
• Das Panel enthält mehr als 17.000 Gene/Targets auf der Grundlage von CanFam3.1, mit zusätzlicher Abdeckung von Genen/Targets, die bei Krebs bei Hunden eine Rolle spielen.

Das Panel enthält Gen-Targets zusammen mit den COSMIC-Mutationen, die mit jedem dieser Gene assoziiert sind, wie in McDonald et al. gezeigt.2 – diese Gene wurden für eine höhere Abdeckung 2x gekachelt. FOXA1 und TERT Promoter wurden 4x gekachelt. Alle anderen Regionen wurden gemäß unseren Standardverfahren mit 1x gekachelt.

Mit den kuratierten Inhalten der weltweit führenden Krebsforscher für Hunde in Kombination mit der robusten Panel-Performance von Twist bietet das Twist Alliance Canine Exom das optimale Tool für Forscher, die sowohl Hundekrankheiten als auch seltene menschliche Krankheiten untersuchen.

1 Overgaard,N.H.,Fan,T.M.,Schachtschneider,K.M.,Principe,D.R.,Schook,L.B.,& Jungersen, G. (2018). Of Mice, Dogs, Pigs, and Men: Choosing the Appropriate Model for Immuno-Oncology Research. ILAR journal, 59(3), 247–262.

2 McDonald, J.T., Kritharis, A., Beheshti A., Pilichowska M., 4, Burgess K., Luisel Ricks-Santi L., McNiel E., London C.B., Ravi D., 2, Andrew M Evens A.M., (2018) Comparative oncology DNA sequencing of canine T cell lymphoma via human hotspot panel. Oncotarget 9(32), 22693–22702

Bestellinformationen

105305 Twist Alliance Canine Exome – 40,5 MB, 2 Reaktionen, Kit

105306 Twist Alliance Canine Exome – 40,5 MB, 12 Reaktionen, Kit

105307 Twist Alliance Canine Exome – 40,5 MB, 96 Reaktionen, Kit

Ein weit verbreitetes Problem herkömmlicher Genotypisierungstools ist ihre Ausrichtung auf eine kleine Anzahl von Ethnien, wodurch erhebliche Teile der Menschheit in klassischen Genotypisierungs-Workflows unterrepräsentiert sind. So bieten beispielsweise Microarray-Plattformen nur fest vorgegebene Inhalte, die gelegentlich aktualisiert werden, wodurch sich die Problematik weiter verschärft.

Forscher können diese Ineffizienzen und Ungleichheiten beseitigen, indem sie Target-Capture-basierte NGS-Workflows mit Sondenpanels verwenden, die auf Vielfalt und Flexibilität ausgelegt sind.

Als Teil von Twists wachsendem Targeted-GBS-Portfolio bietet das Twist Diversity SNP Panel Forschern einen neuen, flexiblen und ethnisch neutralen Goldstandard für GBS.

Wissenschaftler haben die Wahl, ob sie das Panel als eigenständiges Genotypisierungs-Panel oder als Spike-in für das Twist Human Comprehensive Exome Panel verwenden möchten. Das Design ist zudem anpassbar – zusätzliche Sonden, die die gewünschten Regionen abdecken, können auf der DNA-Syntheseplattform von Twist synthetisiert werden.

Das Twist Diversity SNP Panel wurde in Partnerschaft mit Leitern des Regeneron Genetics Center kuratiert. Dieses Panel wurde so konfiguriert, dass es vollständig in bestehende, komplett automatisierte Exom-Verarbeitungs-Workflows integriert werden kann, und liefert Basenaufrufe und imputierte Varianten.

Genotyp-Imputationen können mit verfügbaren Open-Source-Tools berechnet werden. Um eine Kopie unseres Imputationsleitfadens zu erhalten und mit der Arbeit mit den Imputationsanalyse-Tools zu beginnen, kontaktieren Sie bitte unseren Kundendienst.

Hinweis:Der Inhalt des Diversity SNP Panel wurde noch nicht vollständig durch den gesamten Twist-Arbeitsablauf validiert. Bitte wenden Sie sich an den Kundendienst, um Empfehlungen bei der Assay-Einrichtung zu erhalten.

SONDEN: 640k

• ABGEDECKTE SNPs: 1.4M
• SENSITIVITÄT: Imputation der meisten Varianten bis zu einem MAF von 0,1 % oder weniger

Ressourcen

Anwendungshinweis: Capture-basierte SNP-Genotypisierung mit Twist Target Enrichment Panels

Webinar: Sequenzierung von Hunderttausenden von Menschen: Lessons, Challenges, Hopes – Gonçalo Abecasis, Regeneron Genetics Center

Bestellinformationen

104374 Twist Diversity SNP Panel, 2 Reaktionen

104375 Twist Diversity SNP Panel, 12 Reaktionen

104376 Twist Diversity SNP Panel, 96 Reaktionen

104393 Twist Diversity SNP Panel, 16 Proben vollständiges Kit mit Standard Hyb

104394 Twist Diversity SNP Panel, 96 Proben vollständiges Kit mit Standard Hyb

In Fällen, in denen Routinetests keine Diagnose liefern konnten, wenden Ärzte zur weiteren Klärung häufig DNA-Sequenzierungspanels an, insbesondere wenn eine erbliche Krankheit vermutet wird. 

Basierend auf jahrzehntelanger Erfahrung in der klinischen Genomik hat Victorian Clinical Genetics Services (VCGS) in Zusammenarbeit mit Twist ein diagnostisches Panel entwickelt – Twist Alliance VCGS Exome – 40,1 MB – das das gesamte Exom abdeckt, wobei die Abdeckung klinisch relevanter Gene (Mendeliom) gezielt erhöht wurde. Bei der Entwicklung dieses Panels wurde besonders darauf geachtet, dass auch klinisch relevante Loci erfasst werden, die außerhalb der herkömmlicherweise von Exomen erfassten gencodierenden Regionen liegen (d. h. bekannte pathogene Loci in nichtcodierenden Regionen).

Das Twist Alliance VCGS Exome – 40,1 MB-Panel ist ein hochgradig einheitliches Panel, das die Identifizierung von Allelen, die mit erblichen Krankheiten verbunden sind, vereinfachen kann, sei es durch Träger-Screening oder prä- und postnatale Tests.

– Gesamtzahl Sonden 425.400

– Umfasst das Twist Comprehensive Exome mit 394.100 Sonden

– und einen VCGS-kuratierten Inhalt von 31.300 Sonden

Bestellinformationen

104282 Twist Alliance VCGS Exome – 40,1 MB, 2 Reaktionen, Kit

104283 Twist Alliance VCGS Exome – 40,1 MB, 12 Reaktionen, Kit

104284 Twist Alliance VCGS Exome – 40,1 MB, 96 Reaktionen, Kit

Ressourcen: 

[.bed-Dateien] Twist Alliance VCGS Exome – 40,1 MB

Twist Alliance Clinical Research Exome unterstützt die Broad Institute Genomics-Plattform und wurde anhand validierter Daten aus klinischen Patientenproben entwickelt. Das Panel nutzt die flexible NGS-Plattform von Twist, um die Inhalte einfach und schnell anzupassen. Das Ergebnis ist eine umfassende Untersuchung des Exoms mit zusätzlicher Anreicherung klinisch relevanter Bereiche des Genoms, die mit Krebs sowie seltenen und erblichen Krankheiten in Verbindung stehen. Durch die Nutzung der hohen Homogenität der Twist-NGS-Sonden ermöglicht der Assay eine Kosten- und Durchsatz-Effizienz pro Probe, die es Broad ermöglicht hat, 250.000 Proben zu analysieren, wodurch Broad nun eine Spitzenposition im Bereich der Exom-Sequenzierung einnimmt.

Das vollständige Design dieses Panels umfasst das Twist-Core-Exom, das mitochondriale Genom und zusätzliche validierte codierende und nicht-exonische Regionen von Interesse wie die ACMG73-Gene, eine zusätzliche Abdeckung von Regionen aus OMIM und COSMIC sowie spezifische, von Broad definierte Targets. 

Bestellinformationen

104032 Twist Alliance Clinical Research Exome – 34,9 MB, 2 Reaktionen, Kit

104033 Twist Alliance Clinical Research Exome – 34,9 MB, 12 Reaktionen, Kit

104034 Twist Alliance Clinical Research Exome – 34,9 MB, 96 Reaktionen, Kit

Ressourcen

[.bed-Dateien] Twist Alliance Clinical Research Exome

Das Twist Alliance CNTG Hereditary Oncology Panel umfasst 72 ausgewählte krebsassoziierte Gene und deckt ≥ 99,5 % der Zielregionen ab. Das Panel kann verwendet werden, um die genetische Veranlagung für erbliche Tumore zu identifizieren, einschließlich Brustkrebs, Magen-Darm-Tumoren, Li-Fraumeni-Syndrom, MEN1, MEN2, Paragangliome und andere.

Bestellinformationen

105493 Twist Alliance CNTG Hereditary Oncology Panel – 0,2 MB, 2 Reaktionen, Kit

105494 Twist Alliance CNTG Hereditary Oncology Panel – 0,2 MB, 12 Reaktionen, Kit

105495 Twist Alliance CNTG Hereditary Oncology Panel – 0,2 MB, 96 Reaktionen, Kit

Das Twist Alliance CNTG Rare Disease Panel umfasst mehr als 2.500 relevante, mit seltenen Erkrankungen assoziierte Gene und deckt ≥ 99,5 % der Zielregionen ab. Dadurch bietet es Wissenschaftlern ein leichteres Instrument zur Erfassung der entscheidenden Abdeckung seltener Erkrankungen im CNTG Exome ohne den gesamten Fußabdruck. Dieses Panel kann zum Nachweis von Genen verwendet werden, die u. a. mit seltenen behandelbaren Erkrankungen, im frühen Kindesalter einsetzenden Erkrankungen, Herzerkrankungen, neurodegenerativen Erkrankungen, Skelettanomalien und Stoffwechselstörungen in Zusammenhang stehen.

Twist Alliance Centogene Rare Disease Panel 78.800 Sonden

Bestellinformationen

105466 Twist Alliance CNTG Rare Disease Panel – 7,6 MB, 2 Reaktionen

105467 Twist Alliance CNTG Rare Disease Panel – 7,6 MB, 12 Reaktionen

105468 Twist Alliance CNTG Rare Disease Panel – 7,6 MB, 96 Reaktionen

Die Diagnose seltener Erkrankungen stellt Ärzte vor viele Herausforderungen und kann Patienten auf eine lange diagnostische Reise führen. DNA-Sequenzierungspanels können Ärzten Antworten auf diese Herausforderungen und Lösungen für Patienten bieten. Als führendes Unternehmen in der Diagnostik seltener Erkrankungen hat sich CENTOGENE mit Twist zusammengeschlossen, um eine Reihe von Target Enrichment-Capture-Panels zu entwickeln, die umfassende Tools zur Unterstützung der Diagnose seltener Erkrankungen und erblich bedingter Tumorerkrankungen bieten.

Das Twist Alliance CNTG Exome – 41 MB bietet eine sehr einheitliche Abdeckung des gesamten Exoms sowie eine vollständige Abdeckung des mitochondrialen Genoms. Die Kombination von Erkenntnissen aus der Bio-/Datenbank von CENTOGENE mit der außergewöhnlichen Omics-Technologie, dem Twist Alliance CNTG Exome – 41 MB, erhöht die diagnostische Ausbeute im Vergleich zur standardmäßigen vollständigen Exom-Sequenzierung und deckt ein breites Spektrum von Erkrankungen ab, das mehr als 7.000 seltene Erkrankungen umfasst.

Panel-Informationen

• Gesamtzahl Sonden 483.000
• Twist Human Comprehensive Exome 396.100
• Twist Mitochondrial Panel 139
• Twist Alliance Centogene Rare Disease Panel 78.800
• Centogene Spike-In 7.800 

Bestellinformationen

105459 Twist Alliance CNTG Exome – 41 MB, 2 Reaktionen

105461 Twist Alliance CNTG Exome – 41 MB, 12 Reaktionen

105462 Twist Alliance CNTG Exome – 41 MB, 96 Reaktionen