0 をベースとした座標系では、配列の最初の位置は 1 ではなく 0 として数えられます。例えば、0-based coordinatesでは染色体の最初のヌクレオチドが位置 0、2 番目が位置 1 というように数えます。これは、最初のヌクレオチドが位置 1 となる1-based coordinatesとは異なります。UCSC Genome Browser をはじめ、多くのバイオインフォマティクスツールがゲノム位置の指定に 0-based coordinatesを採用しています。