Twist 96-Plex ライブラリのデマルチプレックスは、標準的なプロセスとは異なります。個々のサンプルのバーコードは、標準のi5位置ではなく、R1の一部として並んでいます。このため、Illuminのbcl2fastq2およびBCLconvertツールは、個々のサンプルバーコードを認識しません。代わりに、シングルi7インデックスに基づいて、デマルチプレックス時にすべてのウェルをシングルプレートレベルのFASTQファイルにまとめます。 

このため、96-Plexのユーザーは、2段階のデマルチプレックス処理を行う必要があります。まず、サイクルごとのBCLファイルをプレートレベルのFASTQに変換した後、プレートレベルのFASTQファイルをサンプル固有のFASTQファイルに変換する必要があります。サンプル単位のFASTQを作成するには、オープンソースのソフトウェアであるfgbio DemuxFastqsを使用するようお勧めします。詳しくは、Twistホームページのデマルチプレックスガイドをご覧ください。