はい。この場合、プレートを識別する6塩基のIllumina small RNA TruSeq i7 indexは読み取れません。インデックスリードを行わないか、“--use-bases-mask”オプションを使用して、6ntインデックスリードを無視します。これにより、全シーケンスランのFASTQが 1 セットとなるはずです。詳しくは、デマルチプレックスガイドをご覧ください。