Vereinfachter Workflow für die Sequenzierung im Ultra-Hochdurchsatz
Das FlexPrepTM UHT Libraryvorbereitungs-Kit von Twist bietet eine NGS-Alternative zu traditionellen Microarray-basierten Technologien für Populationsstudien, Agrigenomik und andere Ultra-Hochdurchsatz-Anwendungen. Durch die Kombination der Normalization by LigationTM(NBL)-Technologie von Twist mit enzymatischen Fragmentierungsmethoden bietet das Kit eine integrierte Probennormalisierung für eine Vielzahl von DNA-Inputs und reduziert sowohl die Kosten als auch die Komplexität der typischen Probenverarbeitungsschritte. Die frühe Barcodierung der Proben ermöglicht die Zusammenführung von zwölf separaten Proben in einer Reaktion für einen strafferen und effizienteren Workflow.
Nur zu Forschungszwecken. Nicht geeignet für diagnostische und klinische Zwecke.
*Basierend auf einem 8 Well vs. 96 Well-Workflow
Lesen Sie etwas über die Suite von Pop-Gen-Tools von Twist, die Assayflexibilität, Leistung und Skaleneffekte ermöglichen.
Entdecken Sie den Ansatz von Twist für die Ultrahochdurchsatz-Sequenzierung
Häufig gestellte Fragen (FAQ)
Vereinfachter Workflow für die Sequenzierung im Ultra-Hochdurchsatz
Das FlexPrepTM UHT Libraryvorbereitungs-Kit von Twist bietet eine NGS-Alternative zu traditionellen Microarray-basierten Technologien für Populationsstudien, Agrigenomik und andere Ultra-Hochdurchsatz-Anwendungen. Durch die Kombination der Normalization by LigationTM(NBL)-Technologie von Twist mit enzymatischen Fragmentierungsmethoden bietet das Kit eine integrierte Probennormalisierung für eine Vielzahl von DNA-Inputs und reduziert sowohl die Kosten als auch die Komplexität der typischen Probenverarbeitungsschritte. Die frühe Barcodierung der Proben ermöglicht die Zusammenführung von zwölf separaten Proben in einer Reaktion für einen strafferen und effizienteren Workflow.
Lesen Sie etwas über die Suite von Pop-Gen-Tools von Twist, die Assayflexibilität, Leistung und Skaleneffekte ermöglichen.
Entdecken Sie den Ansatz von Twist für die Ultrahochdurchsatz-Sequenzierung
Nur zu Forschungszwecken. Nicht geeignet für diagnostische und klinische Zwecke.
*Basierend auf einem 8 Well vs. 96 Well-Workflow
Häufig gestellte Fragen (FAQ)
Das Twist FlexPrepTM UHT Libraryvorbereitungs-Kit verfolgt einen neuartigen Ansatz der Normalization by LigationTM, der den Bedarf an Vorab- und Zwischenquantifizierung von Proben eliminiert, wodurch Ihr Sequenzierungs-Workflow rationalisiert wird.
Fragmentierungs- und Ligationsreaktionen werden in einem Well pro Probe vorbereitet. Die Adapter, die bei der Ligation verwendet werden, enthalten Inline-Barcodes, die das Pooling aller 12 Wells in einer Reihe einer 96-Well-Platte ermöglichen. Einzelne Pools werden mit Indizes (UDIs) vorbereitet, die durch PCR für das Demultiplexing auf Pool-Ebene hinzugefügt werden. Der Sequenzierdurchsatz kann maximiert werden, indem bis zu 1.152 Proben in einem einzigen Sequenzierlauf mit einem FlexPrep Kit verarbeitet werden. Diese erhöhte Effizienz kann zu Einsparungen bei Kosten und Verbrauchsmaterialien führen.
Normalisierung der NGS-Lesetiefe mit variablem DNA-Massen-Input. Der Prozentsatz der Gesamtanzahl der Lesungen, die jeder Library zugeordnet werden können, wird nach dem eindeutigen dualen Index und dem Inline-Barcode-Demultiplexing berechnet. Der Durchschnitt mit perfekter Normalisierung wird auf 1,04 % (100/96) geschätzt.
FlexPrep UHT erzeugt hochkomplexe Librarys, die nach der Anreicherung der Targets eine einheitliche Abdeckung aufweisen. In Kombination mit den benutzerdefinierten Panels von Twist bietet FlexPrep eine abstimmbare Abdeckung von SNPs, k-mers, Strukturvarianten und anderen genomischen Bereichen von Interesse. Das angereicherte Material wurde auf eine durchschnittliche 75-fache Abdeckung heruntergerechnet. Die wichtigsten Metriken zum Target Enrichment aus Picard werden berichtet.
Target Enrichment mit einem 96-Plex30 ng bis 300 ng gDNA-Masse-Input in die Libraryvorbereitung |
|
Metriken bei 75-facher Roh-Target-Abdeckung |
Durchschnitt +/- Standardabweichung |
Ausgewählte BasenDurchschnittliche ZielabdeckungChimärenFold-80 Base PenaltyErfasste Basen bei 10XErfasste Basen bei 20XErfasste Basen bei 0X |
79,22 % +/- 0,54 %32,74 +/- 4,781,31 % +/- 0,38 %1,416 +/- 0,04496,06 % +/- 0,94 %85,41 % +/- 6,36 %0,43 % +/- 0,04 % |
*Verwendete Methode: 96 Librarys wurden mit humaner genomischer DNA (gDNA) (NA12878) unter Verwendung des Twist FlexPrep UHT Libraryvorbereitungs-Kits und des FlexPrep Target-Enrichment-Protokolls als 96-Plex mit einem benutzerdefinierten 800-kb-Panel vor der Sequenzierung auf einem Illumina NextSeq 550 vorbereitet. Acht Library-Pools mit jeweils 12 Proben wurden mit variablen Massen zwischen 30 ng und 300 ng in jedem Librarys-Pool erstellt. **Standardkits basieren auf Workflows, die enzymatische Fragmentierung gefolgt von Ligation und PCR verwenden ***Alle Diagramme, Zahlen und Grafiken basieren auf internen Daten von Twist vom September 2024. Nur für den Forschungsgebrauch. Nicht geeignet für diagnostische und klinische Zwecke.
Das Twist FlexPrepTM UHT Libraryvorbereitungs-Kit verfolgt einen neuartigen Ansatz der Normalization by LigationTM, der den Bedarf an Vorab- und Zwischenquantifizierung von Proben eliminiert, wodurch Ihr Sequenzierungs-Workflow rationalisiert wird.
Fragmentierungs- und Ligationsreaktionen werden in einem Well pro Probe vorbereitet. Die Adapter, die bei der Ligation verwendet werden, enthalten Inline-Barcodes, die das Pooling aller 12 Wells in einer Reihe einer 96-Well-Platte ermöglichen. Einzelne Pools werden mit Indizes (UDIs) vorbereitet, die durch PCR für das Demultiplexing auf Pool-Ebene hinzugefügt werden. Der Sequenzierdurchsatz kann maximiert werden, indem bis zu 1.152 Proben in einem einzigen Sequenzierlauf mit einem FlexPrep Kit verarbeitet werden. Diese erhöhte Effizienz kann zu Einsparungen bei Kosten und Verbrauchsmaterialien führen.
Normalisierung der NGS-Lesetiefe mit variablem DNA-Massen-Input. Der Prozentsatz der Gesamtanzahl der Lesungen, die jeder Library zugeordnet werden können, wird nach dem eindeutigen dualen Index und dem Inline-Barcode-Demultiplexing berechnet. Der Durchschnitt mit perfekter Normalisierung wird auf 1,04 % (100/96) geschätzt.
FlexPrep UHT erzeugt hochkomplexe Librarys, die nach der Anreicherung der Targets eine einheitliche Abdeckung aufweisen. In Kombination mit den benutzerdefinierten Panels von Twist bietet FlexPrep eine abstimmbare Abdeckung von SNPs, k-mers, Strukturvarianten und anderen genomischen Bereichen von Interesse. Das angereicherte Material wurde auf eine durchschnittliche 75-fache Abdeckung heruntergerechnet. Die wichtigsten Metriken zum Target Enrichment aus Picard werden berichtet.
Target Enrichment mit einem 96-Plex30 ng bis 300 ng gDNA-Masse-Input in die Libraryvorbereitung |
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Metriken bei 75-facher Roh-Target-Abdeckung |
Durchschnitt +/- Standardabweichung |
Ausgewählte BasenDurchschnittliche ZielabdeckungChimärenFold-80 Base PenaltyErfasste Basen bei 10XErfasste Basen bei 20XErfasste Basen bei 0X |
79,22 % +/- 0,54 %32,74 +/- 4,781,31 % +/- 0,38 %1,416 +/- 0,04496,06 % +/- 0,94 %85,41 % +/- 6,36 %0,43 % +/- 0,04 % |
*Verwendete Methode: 96 Librarys wurden mit humaner genomischer DNA (gDNA) (NA12878) unter Verwendung des Twist FlexPrep UHT Libraryvorbereitungs-Kits und des FlexPrep Target-Enrichment-Protokolls als 96-Plex mit einem benutzerdefinierten 800-kb-Panel vor der Sequenzierung auf einem Illumina NextSeq 550 vorbereitet. Acht Library-Pools mit jeweils 12 Proben wurden mit variablen Massen zwischen 30 ng und 300 ng in jedem Librarys-Pool erstellt. **Standardkits basieren auf Workflows, die enzymatische Fragmentierung gefolgt von Ligation und PCR verwenden ***Alle Diagramme, Zahlen und Grafiken basieren auf internen Daten von Twist vom September 2024. Nur für den Forschungsgebrauch. Nicht geeignet für diagnostische und klinische Zwecke.
109220
Twist FlexPrep™ UHT Libraryvorbereitungs-Kit, 192 Proben109223
Twist FlexPrep™ UHT Libraryvorbereitungs- und Hybridisierungskit, 192 Proben109224
Twist FlexPrep™ UHT Libraryvorbereitungs-Kit, 1152 Proben109226
Twist FlexPrep™ UHT Libraryvorbereitungs- und Hybridisierungskit, 1152 Proben109220
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Twist FlexPrep™ UHT Libraryvorbereitungs-Kit, 1152 Proben109226
Twist FlexPrep™ UHT Libraryvorbereitungs- und Hybridisierungskit, 1152 Proben
Wegweiser/Leitfaden
Twist FlexPrep UHT Libraryvorbereitungs-Kit: Leitfaden Proben-Demultiplexing
Protokoll
Twist FlexPrep UHT Libraryvorbereitungs-Kit mit enzymatischer Fragmentierung und Twist UDI Primern
Wegweiser/Leitfaden
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