Multiplexed Gene Fragments

概要

Twist Multiplexed Gene Fragments とは

Twist Multiplexed Gene Fragments は、最大鎖長 500 塩基対の二本鎖遺伝子断片で、１ウェルごとに1 つの断片ではなく、プールとしてお届けします。このように断片がプールされた形式のため、プライム編集、CRISPR をベースとした極めて複雑な機能スクリーニング、ペプチドおよびタンパク質工学、抗体探索、超並列レポーターアッセイ（MPRA）などのハイスループットスクリーニングアプリケーションが可能になります。これらのアプリケーションでは、断片１つあたりのコストが、目的とするバリアント数の障害となる場合があります。
Multiplexed Gene Fragments は、ユーザー定義の塩基配列から遺伝子ごとに最大 500 塩基対の鎖長で合成されます。これらのユーザー定義の配列は、最初に最大鎖長 500 ヌクレオチドの一本鎖オリゴプールとして合成され、次に二本鎖 DNA に増幅されます。そして、プール内の 90% 以上の遺伝子が正しい鎖長であることを慎重に分析した上で、 Multiplexed Gene Fragments としてお届けします。本製品は、迅速かつハイスループットなスクリーニング用途に最適化されています。

利点

カスタマイズ可能

これまでにない設計の選択肢で合成可能な、大規模な断片プール

最大鎖長 500 bp でハイスループットスクリーニングを実現

業界をリードする高品質な断片

低エラー率でプール品質を最大化

鎖長や GC 含量に左右されない均一性

柔軟性

プール内の正確な配列を完全に制御

コード領域を拡張

Express Genes とは

わずか 4 日で出荷*

詳細はこちら

お客様の声

…

Twist の Multiplexed Gene Fragments は、合成の限界を広げつつ、シーケンス可能な範囲内に収めています。標的にフォーカスした決定論的な方法で配列空間を探索し、タンパク質の結合メカニズムについての包括的な理解を深めることが可能になりました。そのデータを活用して、新しい医薬品の開発につなげたいと考えています。

Pierce Ogden

共同創業者兼 CSO｜Manifold Biosciences Inc.

…

私たちは、特定の設計課題に合わせたタンパク質のオーダーメイド合成を目指しています。Twist の 450 bp の Multiplexed Gene Fragments は、酵母ディスプレイを用いたリガンド結合用の候補タンパク質ライブラリをスクリーニングするのに最適な鎖長です。

Jeffrey Chang

大学院生｜Nick Polizzi 研究室（ハーバード大学、Dana Farber Cancer Center）

…

制御因子は従来、120 塩基対ライブラリで詳細に研究されてきましたが、実際には、制御因子の多くがそれよりもはるかに長い鎖長を持つことが知られています。Twist の 450 塩基対以上の Multiplexed Gene Fragments を使用することで、特定の種類の細胞における遺伝子発現を促進する、より細かく調整された制御因子を体系的にスクリーニングできるようになりました。

Josh Tycko

博士研究員｜ハーバード大学神経生物学部

Twist Multiplexed Gene Fragments とは

Twist Multiplexed Gene Fragments は、最大鎖長 500 塩基対の二本鎖遺伝子断片で、１ウェルごとに1 つの断片ではなく、プールとしてお届けします。このように断片がプールされた形式のため、プライム編集、CRISPR をベースとした極めて複雑な機能スクリーニング、ペプチドおよびタンパク質工学、抗体探索、超並列レポーターアッセイ（MPRA）などのハイスループットスクリーニングアプリケーションが可能になります。これらのアプリケーションでは、断片１つあたりのコストが、目的とするバリアント数の障害となる場合があります。
Multiplexed Gene Fragments は、ユーザー定義の塩基配列から遺伝子ごとに最大 500 塩基対の鎖長で合成されます。これらのユーザー定義の配列は、最初に最大鎖長 500 ヌクレオチドの一本鎖オリゴプールとして合成され、次に二本鎖 DNA に増幅されます。そして、プール内の 90% 以上の遺伝子が正しい鎖長であることを慎重に分析した上で、 Multiplexed Gene Fragments としてお届けします。本製品は、迅速かつハイスループットなスクリーニング用途に最適化されています。

利点

カスタマイズ可能

これまでにない設計の選択肢で合成可能な、大規模な断片プール

最大鎖長 500 bp でハイスループットスクリーニングを実現

業界をリードする高品質な断片

低エラー率でプール品質を最大化

鎖長や GC 含量に左右されない均一性

柔軟性

プール内の正確な配列を完全に制御

コード領域を拡張

Express Genes とは

わずか 4 日で出荷*

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お客様の声

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Twist の Multiplexed Gene Fragments は、合成の限界を広げつつ、シーケンス可能な範囲内に収めています。標的にフォーカスした決定論的な方法で配列空間を探索し、タンパク質の結合メカニズムについての包括的な理解を深めることが可能になりました。そのデータを活用して、新しい医薬品の開発につなげたいと考えています。

Pierce Ogden

共同創業者兼 CSO｜Manifold Biosciences Inc.

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私たちは、特定の設計課題に合わせたタンパク質のオーダーメイド合成を目指しています。Twist の 450 bp の Multiplexed Gene Fragments は、酵母ディスプレイを用いたリガンド結合用の候補タンパク質ライブラリをスクリーニングするのに最適な鎖長です。

Jeffrey Chang

大学院生｜Nick Polizzi 研究室（ハーバード大学、Dana Farber Cancer Center）

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制御因子は従来、120 塩基対ライブラリで詳細に研究されてきましたが、実際には、制御因子の多くがそれよりもはるかに長い鎖長を持つことが知られています。Twist の 450 塩基対以上の Multiplexed Gene Fragments を使用することで、特定の種類の細胞における遺伝子発現を促進する、より細かく調整された制御因子を体系的にスクリーニングできるようになりました。

Josh Tycko

博士研究員｜ハーバード大学神経生物学部

MGF データ

マルチプレックス化した二本鎖 DNA 断片のプール

Twist の Multiplexed Gene Fragments のプールは、ご注文いただいたすべての配列を包括的に網羅し、より的確で合理的なスクリーニングのために、バリアント構築に対する精密な制御を実現します。
500 bp の dual gRNA バリアントの Multiplexed Gene Fragments プールは、ドロップアウトを最小限に抑えた完全な断片表現を示しており（図 1）、これは 450 bp の triple gRNA バリアントのプール（図 2）でも同様です。最後に、最大 80% の GC 含量を持つ断片など、広範囲の GC 含量を含むバリアントの Multiplexed Gene Fragments プールは、高い表現性を示し、バイアスが最小限に抑えられます（図 3）。

図 1．500 bp の Multiplexed Gene Fragments プールを増幅した際の、マッピングされた各 dual gRNA バリアントのリードカウント（X 軸）のグラフ。

図 2．450 bp の Multiplexed Gene Fragments のプールを増幅した際の、マッピングした各 triple gRNA バリアントのリードカウント（X軸）のグラフ。

図 3：鎖長 500 bp の Multiplexed Gene Fragments のプールを増幅した際のGC プロットを作成したところ、GC 含量が80%に達する広範な範囲において、バイアスが最小限に抑えられることが示された。X 軸は、GC 含量の異なる 14 グループの配列カテゴリー。Y 軸はリードカウント。

マルチプレックス化した二本鎖 DNA 断片のプール

Twist の Multiplexed Gene Fragments のプールは、ご注文いただいたすべての配列を包括的に網羅し、より的確で合理的なスクリーニングのために、バリアント構築に対する精密な制御を実現します。
500 bp の dual gRNA バリアントの Multiplexed Gene Fragments プールは、ドロップアウトを最小限に抑えた完全な断片表現を示しており（図 1）、これは 450 bp の triple gRNA バリアントのプール（図 2）でも同様です。最後に、最大 80% の GC 含量を持つ断片など、広範囲の GC 含量を含むバリアントの Multiplexed Gene Fragments プールは、高い表現性を示し、バイアスが最小限に抑えられます（図 3）。

図 1．500 bp の Multiplexed Gene Fragments プールを増幅した際の、マッピングされた各 dual gRNA バリアントのリードカウント（X 軸）のグラフ。

図 2．450 bp の Multiplexed Gene Fragments のプールを増幅した際の、マッピングした各 triple gRNA バリアントのリードカウント（X軸）のグラフ。

図 3：鎖長 500 bp の Multiplexed Gene Fragments のプールを増幅した際のGC プロットを作成したところ、GC 含量が80%に達する広範な範囲において、バイアスが最小限に抑えられることが示された。X 軸は、GC 含量の異なる 14 グループの配列カテゴリー。Y 軸はリードカウント。

仕様

製品仕様

収量

増幅済み dsDNA、200 ng 以上

納期

8 ～ 12 営業日

納品形態

乾燥状態の dsDNA（2 mL チューブにプール）

鎖長

301 ～ 500 bp

プールサイズ

最小・最大の制限なし

均一性

90% の配列が平均値の 3 倍以内*

品質管理（QC）

フラグメント解析によりプール中の遺伝子の 90% 超が正しい鎖長を持つことを確保

エラー率

1：2000 塩基（元のプール合成より、増幅前まで）

*ご利用条件：Multiplexed Gene Fragments の標準納期は、8 ～ 12 営業日です。これは配列の長さや複雑さによって変動します。Multiplexed Gene Fragments の鎖長は最大 500 塩基対、可変領域には最大 460 bp が割り当てられ、プライマー領域には最小 40 bp が確保されます。品質管理試験により、プール内の 90% を超える遺伝子配列がユーザー定義の鎖長であることが確保されます。

研究用途にのみお使いいただけます。診断用には使用できません。