CNV 検出を改善
エクソームシーケンスは、ゲノムのタンパク質コード領域を解析する強力な手法であり、ヒトゲノム全塩基数のおよそ1~2%をカバーします。これにより全ゲノムシーケンスより効率的に遺伝解析が行えますが、大きな遺伝子間領域が対象外になるため、コピー数変異(CNV)の検出が難しくなる場合があります。
CNVは多くの遺伝性疾患で重要な役割を果たしますが、標準的なエクソームシーケンスでは等間隔のプローブが不足し、信頼性の高い検出が困難です。
Twist CNVバックボーンスパイクインパネルは、ゲノム全体に等間隔のプローブを追加することでCNV検出を強化するよう設計されています。これらのパネルは100 kb、50 kb、25 kbという3段階の解像度で提供され、研究者は目的に合わせてCNV解析を微調整できます。
CNVバックボーンスパイクインパネルをエクソームワークフローに組み込むのは簡単です。お手持ちの—エクソームパネルに混ぜ、Twistの標準ターゲットエンリッチメントプロトコールに従うだけです。


必要なCNV解像度を選択してください
CNVバックボーンスパイクインパネル: |
25 kb |
50 kb |
100 kb |
パネル設計サイズ(Mb) |
8.32 |
3.33 |
1.39 |
検出されたSNVおよびINDEL数 |
265138 |
207765 |
181956 |
検出されたすべてのCNV数 |
472 |
446 |
411 |
50 kb未満のCNV数 |
417 |
385 |
361 |
Mean Target Coverage |
150 |
171 |
161 |
表1. Twist CNVバックボーンスパイクインパネルのデータ例。 CNVを含むことがわかっている詳細なサンプルセット(1)と、12名の健常者ベースラインセットを用いて、Illumina NovaSeq 6000で2×150リードのシーケンスを実施しました。Twist Exome 2.0プラスComprehensive Spike-inにスパイクインした各パネルについて、プローブ密度ごとのSNV・INDEL・CNVの平均検出数とシーケンス深度を測定しました。CNVコールは市販のソフトウェアソリューション(2)を用いて行いました。
(1) Coriell InstituteのCNVPANEL01 - Human CNV Reference Panel。
(2) eVai Platform(セカンダリワークフロー)、enGenome Software。
CNV 検出を改善
エクソームシーケンスは、ゲノムのタンパク質コード領域を解析する強力な手法であり、ヒトゲノム全塩基数のおよそ1~2%をカバーします。これにより全ゲノムシーケンスより効率的に遺伝解析が行えますが、大きな遺伝子間領域が対象外になるため、コピー数変異(CNV)の検出が難しくなる場合があります。
CNVは多くの遺伝性疾患で重要な役割を果たしますが、標準的なエクソームシーケンスでは等間隔のプローブが不足し、信頼性の高い検出が困難です。
Twist CNVバックボーンスパイクインパネルは、ゲノム全体に等間隔のプローブを追加することでCNV検出を強化するよう設計されています。これらのパネルは100 kb、50 kb、25 kbという3段階の解像度で提供され、研究者は目的に合わせてCNV解析を微調整できます。
CNVバックボーンスパイクインパネルをエクソームワークフローに組み込むのは簡単です。お手持ちの—エクソームパネルに混ぜ、Twistの標準ターゲットエンリッチメントプロトコールに従うだけです。


必要なCNV解像度を選択してください
CNVバックボーンスパイクインパネル: |
25 kb |
50 kb |
100 kb |
パネル設計サイズ(Mb) |
8.32 |
3.33 |
1.39 |
検出されたSNVおよびINDEL数 |
265138 |
207765 |
181956 |
検出されたすべてのCNV数 |
472 |
446 |
411 |
50 kb未満のCNV数 |
417 |
385 |
361 |
Mean Target Coverage |
150 |
171 |
161 |
表1. Twist CNVバックボーンスパイクインパネルのデータ例。 CNVを含むことがわかっている詳細なサンプルセット(1)と、12名の健常者ベースラインセットを用いて、Illumina NovaSeq 6000で2×150リードのシーケンスを実施しました。Twist Exome 2.0プラスComprehensive Spike-inにスパイクインした各パネルについて、プローブ密度ごとのSNV・INDEL・CNVの平均検出数とシーケンス深度を測定しました。CNVコールは市販のソフトウェアソリューション(2)を用いて行いました。
(1) Coriell InstituteのCNVPANEL01 - Human CNV Reference Panel。
(2) eVai Platform(セカンダリワークフロー)、enGenome Software。
110756
Twist 25kb CNVバックボーンスパイクインパネル、2反応キット110757
Twist 25kb CNVバックボーンスパイクインパネル、12反応キット110758
Twist 50kb CNVバックボーンスパイクインパネル、2反応キット110759
Twist 50kb CNVバックボーンスパイクインパネル、12反応キット110760
Twist 100kb CNVバックボーンスパイクインパネル、2反応キット110761
Twist 100kb CNVバックボーンスパイクインパネル、12反応キット104132
Twist Exome 2.0, 2 Reactions, Kit104134
Twist Exome 2.0, 12 Reactions, Kit104136
Twist Exome 2.0, 96 Reactions, Kit105034
Twist Exome 2.0 plus Comprehensive Exome Spike-in, 2 Reactions105035
Twist Exome 2.0 plus Comprehensive Exome Spike-in, 12 Reactions105036
Twist Exome 2.0 plus Comprehensive Exome Spike-in, 96 Reactions*研究専用です。Twist のウェブサイトおよび製品をご利用になる場合、Twist の利用規約が適用されます。
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Twist 25kb CNVバックボーンスパイクインパネル、2反応キット110757
Twist 25kb CNVバックボーンスパイクインパネル、12反応キット110758
Twist 50kb CNVバックボーンスパイクインパネル、2反応キット110759
Twist 50kb CNVバックボーンスパイクインパネル、12反応キット110760
Twist 100kb CNVバックボーンスパイクインパネル、2反応キット110761
Twist 100kb CNVバックボーンスパイクインパネル、12反応キット104132
Twist Exome 2.0, 2 Reactions, Kit104134
Twist Exome 2.0, 12 Reactions, Kit104136
Twist Exome 2.0, 96 Reactions, Kit105034
Twist Exome 2.0 plus Comprehensive Exome Spike-in, 2 Reactions105035
Twist Exome 2.0 plus Comprehensive Exome Spike-in, 12 Reactions105036
Twist Exome 2.0 plus Comprehensive Exome Spike-in, 96 Reactions*研究専用です。Twist のウェブサイトおよび製品をご利用になる場合、Twist の利用規約が適用されます。
プロトコル
Library Preparation EF 2.0 with Enzymatic Fragmentation and Twist Universal Adapter System