設計通り（99%）の変異を生成
タンパク質工学におけるスクリーニングに、単一部位に関する変異体ライブラリを用いることで、タンパク質の配列空間を探索し、タンパク質の配列と構造・機能との関連性を調べることが可能です。
Twist の Site Saturation Variant Library (部位飽和変異体ライブラリ:SSVL) の構築には、 Twist 独自のシリコンベース DNA合成プラットフォームを用いた超並列オリゴヌクレオチド合成を活用しています。Twist のライブラリは NGS による検証を行うことで、目的の変異がすべて正しい比率で存在していることを確認しています。
今すぐライブラリの設計を始めましょう。専門家チームが、お客様のニーズに合わせた完璧なライブラリの設計をお手伝いします。ご注文と設計はこちらから。
タンパク質の構造と機能の鍵となる残基を同定するため、 Twist SSVL を用いて配列空間を調べる方法をご紹介します。
設計通り（99%）の変異を生成
タンパク質工学におけるスクリーニングに、単一部位に関する変異体ライブラリを用いることで、タンパク質の配列空間を探索し、タンパク質の配列と構造・機能との関連性を調べることが可能です。
Twist の Site Saturation Variant Library (部位飽和変異体ライブラリ:SSVL) の構築には、 Twist 独自のシリコンベース DNA合成プラットフォームを用いた超並列オリゴヌクレオチド合成を活用しています。Twist のライブラリは NGS による検証を行うことで、目的の変異がすべて正しい比率で存在していることを確認しています。
タンパク質の構造と機能の鍵となる残基を同定するため、 Twist SSVL を用いて配列空間を調べる方法をご紹介します。
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Site Saturation Libraries は、NNK などの縮重コドンような従来のライブラリ作製法とは異なり、コドンバイアスや不要な置換を避けることができます。
TRIM は反復収量が少なく、典型的なライブラリでは完全長の生成物は 50% 未満しか得られませんが、他方、 Twist ライブラリではより多くの使用可能な変異体が得られ、有効なライブラリサイズが大きくなります。
| Error Prone PCR | 縮重コドン
（NNK／NNS） |
Twist Site Saturation Variant ライブラリ |
|
|---|---|---|---|
| 配列バイアスの除去 | いいえ | いいえ | はい |
| 利用可能なコドン数 | 不明 | 32 | 全 64 |
| 望ましくないモチーフの回避 | いいえ | いいえ | はい |
| コドン最適化 | いいえ | いいえ | はい |
| 終止コドンの回避 | いいえ | はい | はい |
Site Saturation Variant Libraries により、スクリーニングアッセイにおいてタンパク質の配列空間を効率的にサンプリングすることができます。
この図は、 Twist SSVL を用いて構築した場合と、error prone PCR を用いて構築した場合に、タンパク質の 65 個の部位（１つの部位につき 19 種類の意図した変異）で観察されたアミノ酸分布を示しています。縦棒は異なるアミノ酸部位を表しており、観測された変異の発現頻度がそれぞれの色で分かります。Twist のライブラリでは、すべての変異は期待通りの比率で存在しています。
Site Saturation Libraries は、NNK などの縮重コドンような従来のライブラリ作製法とは異なり、コドンバイアスや不要な置換を避けることができます。
TRIM は反復収量が少なく、典型的なライブラリでは完全長の生成物は 50% 未満しか得られませんが、他方、 Twist ライブラリではより多くの使用可能な変異体が得られ、有効なライブラリサイズが大きくなります。
| Error Prone PCR | 縮重コドン
（NNK／NNS） |
Twist Site Saturation Variant ライブラリ |
|
|---|---|---|---|
| 配列バイアスの除去 | いいえ | いいえ | はい |
| 利用可能なコドン数 | 不明 | 32 | 全 64 |
| 望ましくないモチーフの回避 | いいえ | いいえ | はい |
| コドン最適化 | いいえ | いいえ | はい |
| 終止コドンの回避 | いいえ | はい | はい |
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この図は、 Twist SSVL を用いて構築した場合と、error prone PCR を用いて構築した場合に、タンパク質の 65 個の部位（１つの部位につき 19 種類の意図した変異）で観察されたアミノ酸分布を示しています。縦棒は異なるアミノ酸部位を表しており、観測された変異の発現頻度がそれぞれの色で分かります。Twist のライブラリでは、すべての変異は期待通りの比率で存在しています。
新しいライブラリ設計方法
新しいライブラリ設計（DLD）ツールは、 DNA ライブラリの設計と注文プロセスを合理化し、最適化し、迅速化するためのオールインワン・ソリューションです。
ご不明な点がございましたら、お気軽に {{[email protected]}} までメールでお問い合わせください
ライブラリ設計ツールをご覧ください
Twist の新しいライブラリ設計方法
配列を最適化する方法を順を追ってご確認ください
始める
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ステップ１
お客様のアカウントにログインします。アカウントをお持ちでない場合、ほんの数分で設定できます！
ステップ２
一つひとつ確認できる「How to」ウィザードを備えた新しいインタラクティブなライブラリ設計ツールでライブラリの設計を開始しましょう。このオプションを使用すると、即座の検証やリアルタイムの価格表示により、ライブラリをリアルタイムで最適化し、提出プロセスの最後に SOW を受け取ることができます。
ステップ３
お客様によってお見積もりが承諾された後、プロジェクトはライブラリ担当から製造担当に送られます。
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製品シート
ポスター
フライヤー
