Twist Human Methylome Panel

Twist Human Methylome enthält 3,98 Millionen CpG-Stellen in 123 MB genomischen Inhalts, um biologisch relevante Methylierungsmarker anzuvisieren. Das Panel ist hochgradig spezifisch bei der Erfassung und Erkennung der aktuellen, am stärksten annotierten und relevantesten CpG-Methylierungsregionen des Genoms. 84 % (17.915.988) der CpG-Inseln im Genom werden mithilfe dieses Panels durch Anreicherung identifiziert. Weitere 105.288.339 Basen nachfolgender Shores, Shelves und Open-Sea-CpGs und Basenpaare werden abgedeckt. Abdeckungsüberlappung, bestimmt durch interne experimentelle Abdeckung von Daten, einschließlich Shadow-Abdeckung im Vergleich zu Array-Abdeckungsdatendateien.

Ein Microarray ist mit statischem Inhalt konzipiert, der die Identifizierung neuer epigenetischer Targets von Interesse behindern kann. Aktuelle Arrays auf dem Markt weisen auch eine begrenzte Abdeckung des Methyloms über das Epigenom hinweg auf, wodurch ein großer Teil der methylierten CpG-Stellen ungemessen bleibt. Der Twist Human Methylome Target Enrichment-Ansatz behebt diese Einschränkungen mit Hybrid Capture-Panels, die erweiterte Inhalte und Einzelbasenauflösung über den gesamten von NGS-Plattformen bereitgestellten Sequenzabschnitt ermöglichen.

Microarrays haben inhärente Einschränkungen an extremen Enden der Methylierungserkennung, die auf starkes Hintergrundrauschen am unteren Ende und Signalsättigung am oberen Ende zurückzuführen sind. Aufgrund des höheren Dynamikbereichs von NGS kann das Twist Human Methylome Panel eine genauere Bestimmung von differenziell methylierten Regionen (DMR) ermöglichen, insbesondere sowohl am unteren als auch am oberen Ende der Methylierungsfraktion. 

Das Twist Human Methylome Panel wurde entwickelt und im Nasslabor optimiert, um eine genaue, empfindliche und leistungsstarke Hybrid Capture-Effizienz zu bieten. Das Panel erreicht eine Abdeckungstiefe von 90 % der Basen bei 30-facher Abdeckung mit hohen Sondenspezifitäten von 95 % On-Target-Raten. Das Panel erreicht auch eine Fold 80 von 1,54. Dies stellt eine hohe Homogenität über die Zielregion hinweg bereit, indem das Delta zwischen den Spitzen und Tälern der Base-Call-Anhäufungen verringert wird. Die Library-Komplexität wurde umgekehrt durch eine Duplizierungsrate von < 4 % bei einer hohen Sequenzierungstiefe von 150-facher Rohabdeckung dargestellt. Die allgemeinen Erfassungseffizienz-Metriken des Panels bieten ein hohes Maß an Vertrauen in die Erkennung über die Methylierungsfraktion hinweg bei minimierten Sequenzierungskosten.