Die Coronavirus-Pandemie hat zu einer raschen Reaktion der weltweiten Gemeinschaft für Virusforschung und Therapeutika geführt. Diese Forschungsteams benötigen robuste und zuverlässige genomische Werkzeuge zur Klassifizierung und Charakterisierung von Virusproben. Twist bietet NGS-Zielanreicherungs-Panels für den Nachweis und die Charakterisierung des SARS-CoV-2-Virus an. Das Panel zielt auf ein 30 kb großes Virusgenom mit circa 1.000 Sonden ab, welches gegen das SARS-CoV-2-Genom (GenBank: MN908947.3) entwickelt wurde.
Einführung des SARS-CoV-2 NGS-Assay – RUO: Ein hochempfindlicher Capture-basierter Nukleinsäurehybridisierungs-Assay, der ausschließlich für Forschungszwecke verwendet wird und zum Nachweis, zur Charakterisierung und zur Umweltüberwachung des SARS-CoV-2-Virus verwendet wird.. Er nutzt die einzigartige Fähigkeit von Twist, schnell virusspezifische Panels durch DNA-Synthese zu entwickeln, sowie die umfassende Datenanalyse-Software und Berichtsfunktionen von Biotia (COVID-DX (v1.0)).
- Empfindlicher Nachweis von bis zu 800 Viruskopien pro ml in jeder Probe
- Abdeckung von > 99,9 % des Genoms bei 1X oder mehr nach Anreicherung
- Fähigkeit, neuartige virale Mutationen zu erkennen
- Der RUO-Software-Analysebericht bietet Varianten-Typisierung und phylogenetische Analyse für die epidemiologische Überwachung
Die Coronavirus-Pandemie hat zu einer raschen Reaktion der weltweiten Gemeinschaft für Virusforschung und Therapeutika geführt. Diese Forschungsteams benötigen robuste und zuverlässige genomische Werkzeuge zur Klassifizierung und Charakterisierung von Virusproben. Twist bietet NGS-Zielanreicherungs-Panels für den Nachweis und die Charakterisierung des SARS-CoV-2-Virus an. Das Panel zielt auf ein 30 kb großes Virusgenom mit circa 1.000 Sonden ab, welches gegen das SARS-CoV-2-Genom (GenBank: MN908947.3) entwickelt wurde.
Einführung des SARS-CoV-2 NGS-Assay – RUO: Ein hochempfindlicher Capture-basierter Nukleinsäurehybridisierungs-Assay, der ausschließlich für Forschungszwecke verwendet wird und zum Nachweis, zur Charakterisierung und zur Umweltüberwachung des SARS-CoV-2-Virus verwendet wird.. Er nutzt die einzigartige Fähigkeit von Twist, schnell virusspezifische Panels durch DNA-Synthese zu entwickeln, sowie die umfassende Datenanalyse-Software und Berichtsfunktionen von Biotia (COVID-DX (v1.0)).
- Empfindlicher Nachweis von bis zu 800 Viruskopien pro ml in jeder Probe
- Abdeckung von > 99,9 % des Genoms bei 1X oder mehr nach Anreicherung
- Fähigkeit, neuartige virale Mutationen zu erkennen
- Der RUO-Software-Analysebericht bietet Varianten-Typisierung und phylogenetische Analyse für die epidemiologische Überwachung
NGS für Virusnachweis
NGS bietet eine spezifische Hochdurchsatz-Identifizierung von Infektionen in verschiedenen Probentypen, einschließlich Blutproben, Nasenabstrichen, Stuhlproben usw. Im Fall von Virusinfektionen kann die direkte Sequenzierung aufgrund der niedrigen Konzentration des Virus von Interesse und des Vorhandenseins eines intensiven Backgrounds des Wirts allerdings eine Herausforderung darstellen. Das Target Enrichment, bei dem DNA-basierte Hybridisierungssonden verwendet werden, um bestimmte Sequenzen aus einer gemischten genomischen Probe zu isolieren, kann die NGS-Sensitivität und -Spezifität erhöhen.
Die hochempfindliche und akkurate Target-Capture-Technologie von Twist ermöglicht eine effiziente virale RNA-Identifizierung. Wir zeigen die Fähigkeit des Target Enrichment bei der Erfassung und Identifizierung des Virusgenoms bei verschiedenen Viruskopiemengen, die menschlicher Referenz-RNA hinzugefügt wurden. Wenn die Virenlast hoch ist (circa 1 Million Kopien), wird das komplette Genom selbst bei nur 25.000 Reads* erfasst. Bei niedrigeren Kopiemengen wird die Abdeckung großer Teile der Virusvorlage aufrechterhalten. Keine Auslesung der negativen Kontrollkarte auf die Virusvorlage, selbst bei 8 Millionen abgebildeten Auslesungen, wodurch die echte Erfassung der 10 Kopien und keine Hintergrundkontamination gezeigt wird. Lesen Sie die Anwendungshinweise, um mehr zu erfahren.
*Bei der Verwendung von COVID-Dx sind 1 Million Reads für die Analyse erforderlich.
Das SARS-CoV-2 Research Panel von Twist wird mit einem einfach zu befolgenden Protokoll aus gereinigten RNA-Proben zur Sequenzierung mit leicht erhältlichen Komponenten geliefert.
NGS für Virusnachweis
NGS bietet eine spezifische Hochdurchsatz-Identifizierung von Infektionen in verschiedenen Probentypen, einschließlich Blutproben, Nasenabstrichen, Stuhlproben usw. Im Fall von Virusinfektionen kann die direkte Sequenzierung aufgrund der niedrigen Konzentration des Virus von Interesse und des Vorhandenseins eines intensiven Backgrounds des Wirts allerdings eine Herausforderung darstellen. Das Target Enrichment, bei dem DNA-basierte Hybridisierungssonden verwendet werden, um bestimmte Sequenzen aus einer gemischten genomischen Probe zu isolieren, kann die NGS-Sensitivität und -Spezifität erhöhen.
Die hochempfindliche und akkurate Target-Capture-Technologie von Twist ermöglicht eine effiziente virale RNA-Identifizierung. Wir zeigen die Fähigkeit des Target Enrichment bei der Erfassung und Identifizierung des Virusgenoms bei verschiedenen Viruskopiemengen, die menschlicher Referenz-RNA hinzugefügt wurden. Wenn die Virenlast hoch ist (circa 1 Million Kopien), wird das komplette Genom selbst bei nur 25.000 Reads* erfasst. Bei niedrigeren Kopiemengen wird die Abdeckung großer Teile der Virusvorlage aufrechterhalten. Keine Auslesung der negativen Kontrollkarte auf die Virusvorlage, selbst bei 8 Millionen abgebildeten Auslesungen, wodurch die echte Erfassung der 10 Kopien und keine Hintergrundkontamination gezeigt wird. Lesen Sie die Anwendungshinweise, um mehr zu erfahren.
*Bei der Verwendung von COVID-Dx sind 1 Million Reads für die Analyse erforderlich.
Das SARS-CoV-2 Research Panel von Twist wird mit einem einfach zu befolgenden Protokoll aus gereinigten RNA-Proben zur Sequenzierung mit leicht erhältlichen Komponenten geliefert.
Biotia-Analyse
Das SARS-CoV-2 Research Panel von Twist wurde mit zusätzlichen Reagenzien und Analysen kombiniert, um mit dem SARS-CoV-2-NGS-Assay eine durchgängige Lösung von der Probennahme bis zur Drittanalyse zu schaffen.
Die Software Biotia COVID-DX (v1.0) bietet einen forschungsorientierten Bericht, der die vollständige Sequenz des SARS-CoV-2-Virus enthält und ein besseres Verständnis von Mutationen, genetischen Variationen und der Entwicklung des Virus während seiner Übertragung ermöglicht. FASTQ-Dateien (Sequenzierungs-Output) können in Laboren erstellt werden und an Biotia COVID-DX (v1.0), eine cloudbasierte Software, übermittelt werden, um Berichte zu erstellen, die nur für die Forschung bestimmt sind. Der Kauf jedes SARS-CoV-2-NGS-Assay-Kits enthält einen Kredit zur Bioinformatikanalyse jeder Probe durch COVID-DX (v1.0).
Um Biotia-Analysekredite zu erhalten, registrieren Sie sich einfach über das Biotia-Benutzerportal über www.biotia.io und geben Sie die Bestellnummer ein, die Ihnen nach Ihrer Bestellung per E-Mail zugeschickt wurde. Diese Kredite gewähren Ihnen Zugriff, um Proben durch die Berichterstellungskomponente der Software laufen zu lassen.
Genetische Varianten werden durch das Ausrichten des Teststamms auf das SARS-CoV-2-Referenzgenom (NC_045512.2) bestimmt und unter Verwendung von Informationen zu Genlokalität/-position, ‑veränderung und Literaturhinweisen, falls diese erforderlich sind.
| Ermitteltes SARS-CoV-2 | Gen | Position (bp) | Veränderung | Referenzwert |
| Ja | GORF1ab | 241 | T | Nicht festgestellt |
| Ja | ORF1ab | 478 | T | Nicht festgestellt |
| Ja | ORF1ab | 3.037 | T | Nicht festgestellt |
| Ja | ORF1ab | 14408* | T | Nicht festgestellt |
| Ja | ORF1ab | 18877 | T | Nicht festgestellt |
| Ja | S | 23403 | G | Nicht festgestellt |
| Ja | 3a | 25563 | T | Nicht festgestellt |
| Ja | 3’UTR | 29759 | C | Nicht festgestellt |
Der Prozentsatz des SARS-CoV-2-Genoms, der aus Ihrer Testprobe gewonnen werden kann, und die genetischen Varianten, die im Vergleich zum Referenzgenom identifiziert werden, sind indiziert. Der Anteil der bekannten genetischen Varianten von SARS-CoV-2-Stämmen aus aller Welt ist dargestellt (unten).
Die Testprobe ist am engsten mit Clade 20A verwandt
Dieser Clade wurde am häufigsten in sequenzierten Proben aus den USA, Belgien und Frankreich gefunden
Biotia-Analyse
Das SARS-CoV-2 Research Panel von Twist wurde mit zusätzlichen Reagenzien und Analysen kombiniert, um mit dem SARS-CoV-2-NGS-Assay eine durchgängige Lösung von der Probennahme bis zur Drittanalyse zu schaffen.
Die Software Biotia COVID-DX (v1.0) bietet einen forschungsorientierten Bericht, der die vollständige Sequenz des SARS-CoV-2-Virus enthält und ein besseres Verständnis von Mutationen, genetischen Variationen und der Entwicklung des Virus während seiner Übertragung ermöglicht. FASTQ-Dateien (Sequenzierungs-Output) können in Laboren erstellt werden und an Biotia COVID-DX (v1.0), eine cloudbasierte Software, übermittelt werden, um Berichte zu erstellen, die nur für die Forschung bestimmt sind. Der Kauf jedes SARS-CoV-2-NGS-Assay-Kits enthält einen Kredit zur Bioinformatikanalyse jeder Probe durch COVID-DX (v1.0).
Um Biotia-Analysekredite zu erhalten, registrieren Sie sich einfach über das Biotia-Benutzerportal über www.biotia.io und geben Sie die Bestellnummer ein, die Ihnen nach Ihrer Bestellung per E-Mail zugeschickt wurde. Diese Kredite gewähren Ihnen Zugriff, um Proben durch die Berichterstellungskomponente der Software laufen zu lassen.
Genetische Varianten werden durch das Ausrichten des Teststamms auf das SARS-CoV-2-Referenzgenom (NC_045512.2) bestimmt und unter Verwendung von Informationen zu Genlokalität/-position, ‑veränderung und Literaturhinweisen, falls diese erforderlich sind.
| Ermitteltes SARS-CoV-2 | Gen | Position (bp) | Veränderung | Referenzwert |
| Ja | GORF1ab | 241 | T | Nicht festgestellt |
| Ja | ORF1ab | 478 | T | Nicht festgestellt |
| Ja | ORF1ab | 3.037 | T | Nicht festgestellt |
| Ja | ORF1ab | 14408* | T | Nicht festgestellt |
| Ja | ORF1ab | 18877 | T | Nicht festgestellt |
| Ja | S | 23403 | G | Nicht festgestellt |
| Ja | 3a | 25563 | T | Nicht festgestellt |
| Ja | 3’UTR | 29759 | C | Nicht festgestellt |
Der Prozentsatz des SARS-CoV-2-Genoms, der aus Ihrer Testprobe gewonnen werden kann, und die genetischen Varianten, die im Vergleich zum Referenzgenom identifiziert werden, sind indiziert. Der Anteil der bekannten genetischen Varianten von SARS-CoV-2-Stämmen aus aller Welt ist dargestellt (unten).
Die Testprobe ist am engsten mit Clade 20A verwandt
Dieser Clade wurde am häufigsten in sequenzierten Proben aus den USA, Belgien und Frankreich gefunden
104796
Twist SARS-CoV-2 NGS Assay – RUO, 16 Proben104797
Twist SARS-CoV-2 NGS Assay – RUO, 96 Proben104799
Twist SARS-CoV-2 NGS Assay – RUO, 768 Proben103564
Twist SARS-CoV-2 Research Panel + Biotia COVID DX (v1.0) - RUO, 2 Reaktionen, Kit103566
Twist SARS-CoV-2 Research Panel + Biotia COVID DX (v1.0) - RUO, 12 Reaktionen, Kit103567
Twist SARS-CoV-2 Research Panel + Biotia COVID DX (v1.0) - RUO, 96 Reaktionen, Kit102016
Twist SARS-CoV-2 Research Panel, 2 Reaktionen, Kit102017
Twist SARS-CoV-2 Research Panel, 12 Reaktionen, Kit102018
Twist SARS-CoV-2 Research Panel, 96 Reaktionen, KitDie Twist Synthetic SARS–CoV-2-RNA-Kontrollen sind nur für Forschungszwecke bestimmt und unterliegen zusätzlichen Nutzungsbeschränkungen, wie in den Twist Bioscience Lieferbedingungen dargelegt.
104796
Twist SARS-CoV-2 NGS Assay – RUO, 16 Proben104797
Twist SARS-CoV-2 NGS Assay – RUO, 96 Proben104799
Twist SARS-CoV-2 NGS Assay – RUO, 768 Proben103564
Twist SARS-CoV-2 Research Panel + Biotia COVID DX (v1.0) - RUO, 2 Reaktionen, Kit103566
Twist SARS-CoV-2 Research Panel + Biotia COVID DX (v1.0) - RUO, 12 Reaktionen, Kit103567
Twist SARS-CoV-2 Research Panel + Biotia COVID DX (v1.0) - RUO, 96 Reaktionen, Kit102016
Twist SARS-CoV-2 Research Panel, 2 Reaktionen, Kit102017
Twist SARS-CoV-2 Research Panel, 12 Reaktionen, Kit102018
Twist SARS-CoV-2 Research Panel, 96 Reaktionen, KitDie Twist Synthetic SARS–CoV-2-RNA-Kontrollen sind nur für Forschungszwecke bestimmt und unterliegen zusätzlichen Nutzungsbeschränkungen, wie in den Twist Bioscience Lieferbedingungen dargelegt.
Produktblatt
Anwendungshinweis
Anwendungshinweis
NGS-basiertes Target Capture für den Nachweis und die Charakterisierung von SARS-CoV-2
Protokoll
Anwendungshinweis
NGS-basiertes Target Capture für den Nachweis und die Charakterisierung von SARS-CoV-2
