NGS Methylation Detection Systems

In Zusammenarbeit mit New England Biolabs (NEB) bietet Twist Bioscience einen neuen Methylation Sequencing-Workflow an, der die Qualität der Bibliotheken verbessert und die schädliche Bisulfit-Behandlung während der Vorbereitung überflüssig macht. 
 
Der Workflow umfasst die enzymatische Umwandlung von unmethylierten Cytosinen (siehe Abbildung), um Stellen von Methyl-Cytosin (5mC) und Hydroxymethyl-Cytosin (5hmC) zu identifizieren. 
 
Die enzymatische Umwandlung produziert mehr intakte Libraries mit besserer Repräsentation und erreicht letztendlich eine empfindlichere Ermittlung von Methylierung. Das System zur Libraryvorbereitung ist angemessen für die Gesamtgenomsequenzierung und die nachgelagerte Anreicherung mit Twist Methylation Panels. 

Die EM-seq-Umwandlung umfasst eine Reihe enzymatischer Schritte zur Umwandlung von unmethylierten Cytosinen zu Uracilen. Das Endergebnis entspricht dem einer herkömmlichen Bisulfit-Konvertierung, wobei EM-seq mit existierenden Analyse-Pipelines kompatibel sind, die Bismark und bwa-meth verwenden. 

Das Fast Hybridization and Wash Kit von Twist bietet optimale Performance and maximale Flexibilität. Reagenzien und Schritte können optimiert werden, um nachgelagerte Sequenzierungsmetriken zu verfeinern und die praktische Arbeitszeit und Pipettenanwendung zu reduzieren. 

Twist Custom Methylation Panels wurden mit einem ausgefeilten Algorithmus entwickelt und erfassen Ziele mit hervorragender Effizienz über eine Reihe von Zielgrößen. Zusammen garantieren diese Komponenten überlegene Hybrid Capture von benutzerdefinierten Regionen von Interesse.

Off-Target Capture kommt bei zielgerichteten Methylation Sequencing-Workflows oft vor, da die Konvertierungsprozesse die Sequenzkomplexität der Probe während der Libraryvorbereitung reduzieren. 

Um die Erfassung von Post-Konvertierungsproben zu maximieren, umfasst das Twist NGS Methylation Detection System einen proprietären Blocker, der speziell für die Ermittlung von Methylierung entwickelt wurde. Dieser Blocker wird Methylation Enhancer genannt und reduziert das Off-Target Capture um bis zu 50 Prozent.  
 

Die Methylierungsstufen variieren erheblich im menschlichen Genom und differenziert methylierte Regionen (DMRs) können verwendet werden, um bestimmte Krebsarten zu identifizieren. 

Um die Auswirkungen der Methylierungsstufen auf die Leistung des Twist NGS Methylation Detection System zu testen, werden Libraries mit verschiedenen Methylierungsstufen (0–100 % Methylierung) durch die Kombination von hypo- und hypermethylierter genomischer DNA in definierten Verhältnissen generiert. Diese Analyse zeigte minimale Auswirkungen der Methylierungsstufen auf die finalen Sequenzierungsmetriken.

Das Twist NGS Methylation Detection System erfasst auch hypo- und hypermethylierte Regionen mit hoher Empfindlichkeit.