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Übersicht

Vereinfachter Workflow für die Sequenzierung im Ultra-Hochdurchsatz

Das FlexPrepTM UHT Libraryvorbereitungs-Kit von Twist bietet eine NGS-Alternative zu traditionellen Microarray-basierten Technologien für Populationsstudien, Agrigenomik und andere Ultra-Hochdurchsatz-Anwendungen. Durch die Kombination der Normalization by LigationTM(NBL)-Technologie von Twist mit enzymatischen Fragmentierungsmethoden bietet das Kit eine integrierte Probennormalisierung für eine Vielzahl von DNA-Inputs und reduziert sowohl die Kosten als auch die Komplexität der typischen Probenverarbeitungsschritte. Die frühe Barcodierung der Proben ermöglicht die Zusammenführung von zwölf separaten Proben in einer Reaktion für einen strafferen und effizienteren Workflow.

integriert
Normalization by Ligation (NBL)
Eliminieren Sie die vorgelagerte Normalisierung
Keine Notwendigkeit für eine Zwischenquantifizierung
Arbeiten Sie mit Probenchargen, die eine große Bandbreite an Inputs enthalten (30 ng bis 300 ng)
Frühes Sample-Pooling spart Kosten
Frühes Sample-Pooling spart Kosten
Poolen Sie nach der Ligationsreaktion 96 Proben in 8 Röhrchen
Miniaturisierte Reaktionsvolumina im Vorfeld
Reduzierung der nachgelagert eingesetzten Verbrauchsmaterialien
Multiplexing mit ultrahoher Kapazität
Konzipiert für Multiplexing mit ultrahoher Kapazität
Aufhebung der Multiplexing-Beschränkung pro Fluss-Zellreihe mit Indizierung mit ultrahohem Durchsatz
Erhöhen Sie die Kapazität um das 12-Fache mit der vorhandenen Laboreinrichtung*
Unterstützt 96 Proben pro Target-Enrichment-Reaktion

Nur zu Forschungszwecken. Nicht geeignet für diagnostische und klinische Zwecke.
*Basierend auf einem 8 Well vs. 96 Well-Workflow

Pop-Gen-App-Hinweis

Lesen Sie etwas über die Suite von Pop-Gen-Tools von Twist, die Assayflexibilität, Leistung und Skaleneffekte ermöglichen.

App-Hinweis lesen

 

FlexPrep UHT Produktblatt

Dieses Dokument enthält weitere Details und Daten zur Leistung.  


Produktblatt herunterladen

 

Entdecken Sie den Ansatz von Twist für die Ultrahochdurchsatz-Sequenzierung

 

 

 

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Häufig gestellte Fragen (FAQ)

Was ist Normalization by Ligation?
Welche Probentypen und Arten von Demodaten stehen zum Download zur Verfügung?
Wie lauten die Empfehlungen für den DNA-Input und die Quantität?
Wie lauten die Empfehlungen für die DNA-Qualität?
Kann ich weniger als 192 Proben auf einmal vorbereiten?

Vereinfachter Workflow für die Sequenzierung im Ultra-Hochdurchsatz

Das FlexPrepTM UHT Libraryvorbereitungs-Kit von Twist bietet eine NGS-Alternative zu traditionellen Microarray-basierten Technologien für Populationsstudien, Agrigenomik und andere Ultra-Hochdurchsatz-Anwendungen. Durch die Kombination der Normalization by LigationTM(NBL)-Technologie von Twist mit enzymatischen Fragmentierungsmethoden bietet das Kit eine integrierte Probennormalisierung für eine Vielzahl von DNA-Inputs und reduziert sowohl die Kosten als auch die Komplexität der typischen Probenverarbeitungsschritte. Die frühe Barcodierung der Proben ermöglicht die Zusammenführung von zwölf separaten Proben in einer Reaktion für einen strafferen und effizienteren Workflow.

integriert
Normalization by Ligation (NBL)
Eliminieren Sie die vorgelagerte Normalisierung
Keine Notwendigkeit für eine Zwischenquantifizierung
Arbeiten Sie mit Probenchargen, die eine große Bandbreite an Inputs enthalten (30 ng bis 300 ng)
Frühes Sample-Pooling spart Kosten
Frühes Sample-Pooling spart Kosten
Poolen Sie nach der Ligationsreaktion 96 Proben in 8 Röhrchen
Miniaturisierte Reaktionsvolumina im Vorfeld
Reduzierung der nachgelagert eingesetzten Verbrauchsmaterialien
Multiplexing mit ultrahoher Kapazität
Konzipiert für Multiplexing mit ultrahoher Kapazität
Aufhebung der Multiplexing-Beschränkung pro Fluss-Zellreihe mit Indizierung mit ultrahohem Durchsatz
Erhöhen Sie die Kapazität um das 12-Fache mit der vorhandenen Laboreinrichtung*
Unterstützt 96 Proben pro Target-Enrichment-Reaktion
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Nur zu Forschungszwecken. Nicht geeignet für diagnostische und klinische Zwecke.
*Basierend auf einem 8 Well vs. 96 Well-Workflow

Häufig gestellte Fragen (FAQ)

Was ist Normalization by Ligation?
Welche Probentypen und Arten von Demodaten stehen zum Download zur Verfügung?
Wie lauten die Empfehlungen für den DNA-Input und die Quantität?
Wie lauten die Empfehlungen für die DNA-Qualität?
Kann ich weniger als 192 Proben auf einmal vorbereiten?
DATEN
Integrierte Normalisierung eliminiert Schritte

Das Twist FlexPrepTM UHT Libraryvorbereitungs-Kit verfolgt einen neuartigen Ansatz der Normalization by LigationTM, der den Bedarf an
Vorab- und Zwischenquantifizierung von Proben eliminiert, wodurch Ihr Sequenzierungs-Workflow rationalisiert wird.

Bildunterschrift
Einfachheit des Workflows

Fragmentierungs- und Ligationsreaktionen werden in einem Well pro Probe vorbereitet. Die Adapter, die bei der Ligation verwendet werden, enthalten Inline-Barcodes, die das Pooling aller 12 Wells in einer Reihe einer 96-Well-Platte ermöglichen. Einzelne Pools werden mit Indizes (UDIs) vorbereitet, die durch PCR für das Demultiplexing auf Pool-Ebene hinzugefügt werden. Der Sequenzierdurchsatz kann maximiert werden, indem bis zu 1.152 Proben in einem einzigen Sequenzierlauf mit einem FlexPrep Kit verarbeitet werden. Diese erhöhte Effizienz kann zu Einsparungen bei Kosten und Verbrauchsmaterialien führen.

Abbildung
Normalisierte Ausbeute mit FlexPrep UHT*

Normalisierung der NGS-Lesetiefe mit variablem DNA-Massen-Input. Der Prozentsatz der Gesamtanzahl der Lesungen, die jeder Library zugeordnet werden können, wird nach dem eindeutigen dualen Index und dem Inline-Barcode-Demultiplexing berechnet. Der Durchschnitt mit perfekter Normalisierung wird auf 1,04 % (100/96) geschätzt.

Abbildung
Abstimmbare Abdeckung für Regionen von Interesse*

FlexPrep UHT erzeugt hochkomplexe Librarys, die nach der Anreicherung der Targets eine einheitliche Abdeckung aufweisen. In Kombination mit den benutzerdefinierten Panels von Twist bietet FlexPrep eine abstimmbare Abdeckung von SNPs, k-mers, Strukturvarianten und anderen genomischen Bereichen von Interesse. Das angereicherte Material wurde auf eine durchschnittliche 75-fache Abdeckung heruntergerechnet. Die wichtigsten Metriken zum Target Enrichment aus Picard werden berichtet.

Target Enrichment mit einem 96-Plex
30 ng bis 300 ng gDNA-Masse-Input in die Libraryvorbereitung
Metriken bei 75-facher Roh-Target-Abdeckung
Durchschnitt +/- Standardabweichung
Ausgewählte Basen
Durchschnittliche Zielabdeckung
Chimären
Fold-80 Base Penalty
Erfasste Basen bei 10X
Erfasste Basen bei 20X
Erfasste Basen bei 0X
79,22 % +/- 0,54 %
32,74 +/- 4,78
1,31 % +/- 0,38 %
1,416 +/- 0,044
96,06 % +/- 0,94 %
85,41 % +/- 6,36 %
0,43 % +/- 0,04 %

*Verwendete Methode: 96 Librarys wurden mit humaner genomischer DNA (gDNA) (NA12878) unter Verwendung des Twist FlexPrep UHT Libraryvorbereitungs-Kits und des FlexPrep Target-Enrichment-Protokolls als 96-Plex mit einem benutzerdefinierten 800-kb-Panel vor der Sequenzierung auf einem Illumina NextSeq 550 vorbereitet. Acht Library-Pools mit jeweils 12 Proben wurden mit variablen Massen zwischen 30 ng und 300 ng in jedem Librarys-Pool erstellt. **Standardkits basieren auf Workflows, die enzymatische Fragmentierung gefolgt von Ligation und PCR verwenden ***Alle Diagramme, Zahlen und Grafiken basieren auf internen Daten von Twist vom September 2024. Nur für den Forschungsgebrauch. Nicht geeignet für diagnostische und klinische Zwecke.

Integrierte Normalisierung eliminiert Schritte

Das Twist FlexPrepTM UHT Libraryvorbereitungs-Kit verfolgt einen neuartigen Ansatz der Normalization by LigationTM, der den Bedarf an
Vorab- und Zwischenquantifizierung von Proben eliminiert, wodurch Ihr Sequenzierungs-Workflow rationalisiert wird.

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Einfachheit des Workflows

Fragmentierungs- und Ligationsreaktionen werden in einem Well pro Probe vorbereitet. Die Adapter, die bei der Ligation verwendet werden, enthalten Inline-Barcodes, die das Pooling aller 12 Wells in einer Reihe einer 96-Well-Platte ermöglichen. Einzelne Pools werden mit Indizes (UDIs) vorbereitet, die durch PCR für das Demultiplexing auf Pool-Ebene hinzugefügt werden. Der Sequenzierdurchsatz kann maximiert werden, indem bis zu 1.152 Proben in einem einzigen Sequenzierlauf mit einem FlexPrep Kit verarbeitet werden. Diese erhöhte Effizienz kann zu Einsparungen bei Kosten und Verbrauchsmaterialien führen.

Abbildung
Normalisierte Ausbeute mit FlexPrep UHT*

Normalisierung der NGS-Lesetiefe mit variablem DNA-Massen-Input. Der Prozentsatz der Gesamtanzahl der Lesungen, die jeder Library zugeordnet werden können, wird nach dem eindeutigen dualen Index und dem Inline-Barcode-Demultiplexing berechnet. Der Durchschnitt mit perfekter Normalisierung wird auf 1,04 % (100/96) geschätzt.

Abbildung
Abstimmbare Abdeckung für Regionen von Interesse*

FlexPrep UHT erzeugt hochkomplexe Librarys, die nach der Anreicherung der Targets eine einheitliche Abdeckung aufweisen. In Kombination mit den benutzerdefinierten Panels von Twist bietet FlexPrep eine abstimmbare Abdeckung von SNPs, k-mers, Strukturvarianten und anderen genomischen Bereichen von Interesse. Das angereicherte Material wurde auf eine durchschnittliche 75-fache Abdeckung heruntergerechnet. Die wichtigsten Metriken zum Target Enrichment aus Picard werden berichtet.

Target Enrichment mit einem 96-Plex
30 ng bis 300 ng gDNA-Masse-Input in die Libraryvorbereitung
Metriken bei 75-facher Roh-Target-Abdeckung
Durchschnitt +/- Standardabweichung
Ausgewählte Basen
Durchschnittliche Zielabdeckung
Chimären
Fold-80 Base Penalty
Erfasste Basen bei 10X
Erfasste Basen bei 20X
Erfasste Basen bei 0X
79,22 % +/- 0,54 %
32,74 +/- 4,78
1,31 % +/- 0,38 %
1,416 +/- 0,044
96,06 % +/- 0,94 %
85,41 % +/- 6,36 %
0,43 % +/- 0,04 %

*Verwendete Methode: 96 Librarys wurden mit humaner genomischer DNA (gDNA) (NA12878) unter Verwendung des Twist FlexPrep UHT Libraryvorbereitungs-Kits und des FlexPrep Target-Enrichment-Protokolls als 96-Plex mit einem benutzerdefinierten 800-kb-Panel vor der Sequenzierung auf einem Illumina NextSeq 550 vorbereitet. Acht Library-Pools mit jeweils 12 Proben wurden mit variablen Massen zwischen 30 ng und 300 ng in jedem Librarys-Pool erstellt. **Standardkits basieren auf Workflows, die enzymatische Fragmentierung gefolgt von Ligation und PCR verwenden ***Alle Diagramme, Zahlen und Grafiken basieren auf internen Daten von Twist vom September 2024. Nur für den Forschungsgebrauch. Nicht geeignet für diagnostische und klinische Zwecke.

Bestellung
PRODUKT-SKUs

109220

Twist FlexPrep™ UHT Libraryvorbereitungs-Kit, 192 Proben

109223

Twist FlexPrep™ UHT Libraryvorbereitungs- und Hybridisierungskit, 192 Proben

109224

Twist FlexPrep™ UHT Libraryvorbereitungs-Kit, 1152 Proben

109226

Twist FlexPrep™ UHT Libraryvorbereitungs- und Hybridisierungskit, 1152 Proben
PRODUKT-SKUs

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Twist FlexPrep™ UHT Libraryvorbereitungs- und Hybridisierungskit, 1152 Proben
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Ein einfacher Workflow für ultrahohen Durchsatz
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