In 0-basierten Koordinatensystemen wird die erste Position in einer Sequenz als 0 gezählt und nicht als 1. Beispielsweise befindet sich in einem 0-basierten System das erste Nukleotid eines Chromosoms an der Position 0, das zweite an der Position 1 und so weiter. Dies unterscheidet sich von 1-basierten Koordinatensystemen, bei denen sich das erste Nukleotid an der Position 1 befindet. Viele Bioinformatik-Tools, einschließlich des UCSC Genome Browsers, verwenden 0-basierte Koordinaten zur Angabe genomischer Standorte.