Syntheseprobleme werden hauptsächlich durch sich wiederholende Strukturen und extremen GC-Gehalt verursacht. Die folgenden Regeln können Ihnen bei Ihrem Design helfen. Sie können die Erfolgswahrscheinlichkeit erhöhen, indem Sie Wiederholungen einschränken und den GC-Gehalt ausgleichen.

Wenn Sie beispielsweise ein Gen mit einem GC-Gesamtgehalt von 66 % haben, müssen Sie ihn auf mindestens 65 % reduzieren, um es synthetisieren zu können. Wenn Sie ihn jedoch noch weiter auf etwa 60 % reduzieren können, ist die Wahrscheinlichkeit größer, dass das Gen synthetisiert wird. Gleiches gilt für das Eliminieren von Wiederholungen, das Reduzieren von Homopolymerregionen und das Ausgleichen extremer Variationen in GC-Fenstern. Je mehr Sie solche Strukturen in Ihrem Gen vermeiden oder reduzieren können, desto wahrscheinlicher ist es, dass Ihr Gen erfolgreich synthetisiert wird.

REGELN

• Vermeiden Sie Wiederholungen von ≥ 20 bp oder Temperaturen von ≥ 60 °C. Der globale GC-Gehalt muss zwischen 25 % und 65 % liegen.
• Vermeiden Sie extreme Unterschiede im GC-Gehalt innerhalb eines Gens (d. h. der Unterschied zwischen der 50-bp-Region mit dem höchsten GC-Gehalt und der Region mit dem niedrigsten GC-Gehalt darf nicht größer als 52 % sein).
• Minimieren Sie Homopolymere. Minimieren Sie die Anzahl/Länge der kleinen Wiederholungen, die über die Sequenz verteilt sind.
• Verwenden Sie für HIS-Tags eine Kombination von CAC- und CAT-Codons, d. h. CACCAT.