Hochwertige Daten
Die siliziumbasierte DNA-Syntheseplattform und Library-Technologie von Twist Bioscience bietet Wissenschaftlern qualitativ hochwertige Libraries, die in kürzerer Zeit zuverlässige Daten liefern. Im Vergleich zu zwei anderen konkurrierenden Technologien (Abbildung 1) zeigte die Twist-Library weniger als 1 % Abweichung von der vorgesehenen Aminosäurefrequenz. Zusätzlich zum präzisen Abgleich der vorgesehenen Aminosäureverhältnisse integriert die In-silico-DNA-Syntheseplattform von Twist nahtlos erwünschte Bindungsmotive und Längenvariationen in Multi-Domain-Libraries, was Wissenschaftlern die Möglichkeit gibt, in präziser Weise Variant Libraries zu entwerfen und anzupassen, die eine umfassende Analyse des Variantenraums ermöglichen.
Außerdem werden mit Twist-Libraries die für NNK- und TRIM-Libraries typischen Probleme und Schwierigkeiten vermieden. Jede Variante wird Base für Base gedruckt und vor der Synthese überprüft, um Stoppcodons, Haftungsmotive, unerwünschte Mutationen und unerwünschte Verzerrungen bereits zu Beginn des Prozesses zu eliminieren. Dadurch wird die Library mit den gewünschten funktionalen Varianten angereichert und der Aufwand für das Screening verringert.
Unsere branchenführenden, sofort einsatzbereiten, hochdiversen und präzise konzipierten Libraries bieten Wissenschaftlern mehr Möglichkeiten, ihre Forschungsziele zu erreichen.
Überlegene Libraries
Twist nutzt die eigene Erfahrung mit Molekularbiologie zur präzisen Konstruktion der Variant Libraries. Unser Ansatz der Einzelbasis-Kontrolle ermöglicht es uns, hochdiverse Libraries ohne Motive zu liefern, die Ihre Screening-Prozesse verwirren könnten. Wir liefern vollständig angepasste Libraries von einmaliger Qualität, in denen die gewünschten Varianten zu von den Nutzern definierten Verhältnissen vorhanden sind. Hier sehen Sie ein CVL-Beispiel, welches diese Qualität repräsentiert. Es wurden Varianten in sieben aufeinanderfolgenden Aminosäurepositionen erzeugt, und alle haben die erwarteten Varianten an den gezeigten Positionen, wobei fast alle das gewünschte Verhältnis aufweisen:
An den Positionen 1 und 6 sollte die Wildtyp-Aminosäure bei 40 % (Position 1) und 30 % (Position 7) liegen. Für die übrigen 18 Aminosäuren wurde ein Anteil von 3,3 % gefordert.
An den Positionen 3 bis 5 sollten die Aminosäurenreste bei 5,3 % liegen, was dann auch beobachtet wurde.
Benutzerdefinierte CDR-Libraries
Unsere benutzerdefinierten Variant Libraries ermöglichen es Ihnen zu wählen, welche einzigartigen CDR (Complimentary Defining Regions – komplementäre definierende Regionen)-Sequenzen in die Wahl Ihres Frameworks integriert werden sollen.
Bei jeder CDR kann eine Codonoptimierung angewendet werden, um die Schaffung von ungewünschten Restriktionsstellen zu vermeiden. Das maschinelle Lernen ist zu einem festen Bestandteil der wissenschaftlichen Forschung geworden und wurde als Instrument zur Analyse von Antikörper-Libraries und zur Identifizierung einzigartiger CDR-Kombinationen eingesetzt, die beispielsweise eine höhere Affinität und Spezifität ergeben würden.
Zusammen mit der silikonbasierten Syntheseplattform von Twist können aus der Analyse generierte explizite Library-Kombinationen synthetisiert und nahtlos in eine komplett synthetische Library eingefügt werden, um die Erforschung des Variantenraums weiterzuentwickeln.
Qualitätskontrolle der Libraries mit NGS
Da jede Library mit NGS verifiziert wurde, können negative Daten verwendet werden, um Mutationen zu identifizieren, die nicht zu einer verbesserten Funktion führen. Diese Libraries können dann in der nächsten Iteration des Library-Designs entfernt werden.
Die Tabelle zeigt die Aminosäuren-Frequenz (%) an sieben Stellen einer mutagenisierten Region, die mit [missing text] synthetisiert wurde. Varianten an sieben sequenziellen Aminosäure-Positionen wurden mit 19 Aminosäureresten (Cystein wurde ausgelassen) an den ersten sieben Stellen generiert. Tabellierte Frequenzdaten wurden mittels NGS ermittelt, wobei der Grünton die Abweichung vom erwarteten Wert angibt. Alle erwarteten Varianten waren an allen Positionen vorhanden und ihre beobachtete Frequenz lag innerhalb von 25 % des erwarteten Werts (Spezifikation) bei 5,3 %.
