Datos de alta calidad
La plataforma de síntesis de ADN basada en el silicio de Twist Bioscience proporciona a los científicos bibliotecas de gran calidad que generan datos fiables en menos tiempo. Si se compara con otras dos tecnologías de la competencia (figura 1), la biblioteca de Twist mostró menos de 1 % de desviación con respecto a la frecuencia de aminoácidos designada. Además de ajustarse de forma precisa a las relaciones de aminoácidos diseñadas, la plataforma de síntesis de ADN basada en el silicio de Twist incorpora sin problemas motivos de unión y variaciones de longitud convenientes a las bibliotecas multidominio, lo que permite a los científicos diseñar y personalizar con precisión bibliotecas de variantes que faciliten un análisis exhaustivo del espacio de variantes.
Y, con las bibliotecas de Twist, se evitan los problemas y los retos típicos de las bibliotecas NNK y TRIM. Cada variante se imprime base a base y se criba antes de la síntesis, con lo que se eliminan codones de detención, motivos de riesgo y mutaciones y sesgos no deseados, todo al inicio del proceso. Como resultado, la biblioteca se enriquece para las variantes funcionales solicitadas y se reduce la carga del cribado.
Nuestras bibliotecas líderes del sector listas para usar y diseñadas con precisión proporcionan a los científicos más oportunidades de lograr sus metas de investigación.
Bibliotecas superiores
En Twist, utilizamos la experiencia en biología molecular para construir bibliotecas de variantes con precisión. Nuestro enfoque de control de base simple nos permite proporcionar bibliotecas de alta diversidad sin motivos que puedan confundir el proceso de cribado. Proporcionamos bibliotecas completamente personalizadas con una calidad inigualable con las variantes deseadas presentes en relaciones definidas por el usuario. Aquí puede ver un ejemplo de CVL representativo de dicha calidad. Se generaron variantes en siete posiciones de aminoácidos secuenciales y todas presentaron las variantes esperadas en las posiciones mostradas, casi todas en la relación deseada:
En las posiciones 1 y 6, se solicitó el aminoácido de tipo salvaje al 40 % (posición 1) y al 30 % (posición 7). Se solicitó que los 18 aminoácidos restantes fueran de tan solo 3,3 %.
Se solicitaron los residuos de aminoácidos en la posición 3-5 y se observaron al 5,3 %.
Bibliotecas de CDR definidas por el usuario
Nuestras bibliotecas de variantes definidas por el usuario le permiten seleccionar qué secuencias de CDR (regiones de definición complementarias) exclusivas desea incorporar en la selección de estructuras.
Pueden optimizarse los codones de todas las CDR para evitar la creación de sitios de restricción no deseados. El aprendizaje automático se ha convertido en una parte integral de la investigación científica y se ha utilizado como una herramienta para analizar las bibliotecas de anticuerpos e identificar combinaciones de CDR exclusivas que podrían proporcionar, por ejemplo, una mayor afinidad y especificidad.
Combinadas con la plataforma de síntesis basada en el silicio de Twist, las combinaciones explícitas de bibliotecas generadas a partir del análisis pueden sintetizarse e incorporarse sin problemas en una biblioteca completamente sintética para refinar la exploración del espacio de las variantes.
Control de calidad de bibliotecas con la secuenciación de última generación (NGS)
Todas las bibliotecas se verifican con la secuenciación de última generación (NGS), de modo que pueden utilizarse los datos negativos para identificar las mutaciones que no proporcionan funciones mejoradas y las que pueden eliminarse en la siguiente iteración del diseño de la biblioteca.
La tabla muestra la frecuencia de aminoácidos (%) en siete sitios de una región mutagenizada sintetizada. Se generaron variantes en siete posiciones de aminoácidos secuenciales con 19 residuos de aminoácidos (se omitió la cisteína) en los primeros siete sitios. Datos de frecuencia tabulados obtenidos mediante la secuenciación de última generación (NGS), con sombra verde que indica la desviación con respecto al valor esperado. Se encontraron todas las variantes esperadas en todas las posiciones y su frecuencia observada estuvo dentro del 25 % del valor esperado (especificación) al 5,3 %.
