Vorstellung von Twist-Multiplex-Genfragmenten
Twist-Multiplex-Genfragmente sind doppelsträngige Genfragmentsequenzen mit einer Länge von bis zu 500 Basenpaaren, die als Pool statt in Form von einem Fragment pro Well-Matrix geliefert werden. Dieses gepoolte Format von Fragmenten ermöglicht Hochdurchsatz-Screening-Anwendungen wie Prime Editing, ultrakomplexes CRISPR-basiertes funktionelles Screening, Peptid- und Protein-Engineering, Ab-Discovery und massiv parallele Reporter-Assays (MPRA), bei denen die Kosten pro Fragment ein Hindernis für die gewünschte Anzahl von Varianten darstellen können.
Multiplex-Genfragmente werden aus benutzerdefinierten Sequenzen in Längen von bis zu 500 Basenpaaren pro Gen synthetisiert. Diese benutzerdefinierten Sequenzen werden zunächst in Oligo-Pools mit einer Länge von bis zu 500 Nukleotiden synthetisiert und dann in doppelsträngiger DNA amplifiziert und als Multiplex-Genfragmente geliefert, die sorgfältig analysiert wurden, um sicherzustellen, dass mindestens 90 % der Gene im Pool die richtige Länge haben. Dieses Produkt ist für schnelle Screening-Anwendungen mit hohem Durchsatz optimiert.
Erfahrungsberichte
Die Multiplex-Genfragment-Pools von Twist erreichen eine umfassende Repräsentation jeder bestellten Sequenz, um eine präzise Kontrolle der Variantenkonstruktion für ein gezielteres und rationelleres Screening zu gewährleisten.
Ein Multiplex-Genfragment-Pool mit dualen gRNA-Varianten von 500 bp zeigt eine vollständige Repräsentation der Fragmente mit minimalen Dropouts (Abb. 1) sowie einen Pool mit dreifachen gRNA-Varianten von 450 bp (Abb. 2). Schließlich zeigt ein Multiplex-Genfragment-Pool mit Varianten, die einen GC-Gehalt über einen weiten Bereich enthalten, einschließlich Fragmenten mit bis zu 80 % GC, eine hohe Repräsentation und minimale Verzerrung (Abb. 3).
Abbildung 1. Diagramm der Anzahl der Lesungen jeder der gemappten dualen gRNA-Varianten (X-Achse) für einen amplifizierten Pool von Multiplex-Genfragmenten von 500 bp.
Abbildung 2. Diagramm der Anzahl der Lesungen jeder der gemappten dreifachen gRNA-Varianten (X-Achse) für einen amplifizierten Pool von Multiplex-Genfragmenten von 450 bp.
Abbildung 3. GC-Plots eines amplifizierten Pools von Multiplex-Genfragmenten mit einer Länge von 500 bp wurden erstellt und weisen eine minimale Verzerrung in einem weiten Bereich des GC-Gehalts bis zu 80 % auf. Die X-Achse zeigt die Kategorien von 14 Gruppen von Sequenzen mit unterschiedlichem GC-Gehalt. Die Y-Achse ist die Anzahl der Lesungen.
Ausbeute
Mindestens 200 ng amplifizierte dsDNADurchlaufzeit
8–12 WerktageLieferformat
Getrocknete, gepoolte dsDNA in einem 2-ml-RöhrchenLänge
301–500 bpPool-Umfang
Kein Minimum, kein MaximumEinförmigkeit
90 % der Sequenzen liegen innerhalb des etwa Dreifachen des Mittelwerts*Qualitätskontrolle (QC)
Fragmentanalyse, um sicherzustellen, dass mehr als 90 % der Gene in einem Pool die richtige Länge haben*Fehlerrate
1:2000 nt (aus der ursprünglichen Poolsynthese, vor der Amplifikation)*Geschäftsbedingungen: Für Multiplex-Genfragmente beträgt die Standard-Bearbeitungszeit 8 bis 12 Werktage. Dies variiert je nach Länge und Komplexität der Sequenz. Die Länge eines Multiplex-Genfragments beträgt bis zu 500 Basenpaare, mit bis zu 460 bp, die der variablen Region vorbehalten sind, mit einem Minimum von 40 bp für die Primer-Region. Qualitätskontrolltests stellen sicher, dass mindestens 90 % der Gensequenzen innerhalb eines Pools die benutzerdefinierte Länge aufweisen.
Nur zu Forschungszwecken. Nicht für die Verwendung in diagnostischen Verfahren bestimmt.
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