Das Twist Codon Optimizer Tool weist synonyme Codons basierend auf den Codonpräferenzen des ausgewählten Organismus zufällig zu. Wir bieten folgende Optimierungsvorteile:

• Wir weisen häufiger gebräuchliche Codons häufiger zu als weniger gebräuchliche
• Wir vermeiden die Verwendung seltener Codons (solche mit einer Codonhäufigkeit von < 8 %).
• Wir stellen sicher, dass Sequenzen in den ersten 48 Basenpaaren der resultierenden Sequenzen keine starken Sekundärstrukturen (∆G <-8) aufweisen
• Wir überprüfen beide Stränge, um sicherzustellen, dass sie nicht die Enzymschnittstellen enthalten, die wir vermeiden sollen
• Wir vermeiden die Einführung von Promotorsequenzen innerhalb der Expressionssequenz, indem wir die Bildung starker Sigma70-Bindungsstellen vermeiden
• Wir vermeiden Sequenzen, die starke Ribosomenbindungsstellen erzeugen (GGAGG und TAAGGAG).
• Wir vermeiden Sequenzen, die Terminatorsequenzen (TTTTT oder AAAAA) erzeugen. Da nicht immer das am meisten bevorzugte Codon zugewiesen wird, sollte nicht erwartet werden, dass jeder Optimierungsversuch dieselbe Sequenz erzeugt (keine 1:1-Zuordnung von Codon zu Aminosäure).
• Wenn dieselbe Sequenz mehrmals optimiert wird, ist jedes Mal eine andere optimierte Sequenz zu erwarten.

Bitte beachten Sie, dass eine optimale Expression für keine Sequenz garantiert werden kann, die die Twist-Optimierung durchläuft, da viele Faktoren in die hochwertige Expression einfließen, von denen einige noch nicht ausreichend erforscht sind.

Zusätzliche Faktoren wie mRNA-Stabilität, Proteinreifung, Translationsgeschwindigkeit, Chaperonexpression, Promotor-Design, Expressionsvektor usw. beeinflussen ebenfalls die Expression.