Zur Bewahrung der Wildtyp-Proteinexpression:

• Wir vermeiden die Verwendung seltener Codons (solche mit einer Codonhäufigkeit von < 8 %).
• Wir stellen sicher, dass Sequenzen in den ersten 48 Basenpaaren der resultierenden Sequenzen keine starken Sekundärstrukturen (∆G <-8) aufweisen.
• Wir überprüfen beide Stränge, um sicherzustellen, dass sie nicht die Enzymschnittstellen enthalten, die wir vermeiden sollen.
• Wir vermeiden die Einführung von Promotorsequenzen innerhalb der Expressionssequenz, indem wir die Bildung starker Sigma70-Bindungsstellen vermeiden.
• Wir vermeiden Sequenzen, die starke Ribosomenbindungsstellen erzeugen (GGAGG und TAAGGAG).
• Wir vermeiden Sequenzen, die Terminatorsequenzen (TTTTT oder AAAAA) erzeugen.

So erhöhen wir die Wahrscheinlichkeit einer erfolgreichen Herstellung:

• Wir führen keine Wiederholung ein, die länger als 20 Basenpaare ist.
• Wir vermeiden Homopolymer-Durchläufe mit 10 oder mehr Basen.
• Wir vermeiden angepasste Sequenzen, die einen globalen GC-Gehalt von weniger als 25 % oder mehr als 65 % und lokale GC-Fenster (50 bp) von weniger als 35 % oder mehr als 65 % erzeugen.

Bitte beachten Sie, dass die Codonoptimierung nützlich ist, um die Chancen auf eine erfolgreiche Synthese zu verbessern, nicht die Proteinexpression.