Aucune exigence en matière de complexité pour les FGM. Toutefois, certaines caractéristiques risquent de conduire à des résultats insuffisants :

1. Les caractéristiques telles que les répétitions directes et les séquences conservées partagées par tous les variants peuvent entraîner une certaine recombinaison au cours de l’amplification.
2. Les homopolymères longs (> 20 pb) peuvent provoquer une certaine absence d’amplification au cours de l’amplification.
3. Des structures en épingles à cheveux risquent de conduire à une mauvaise amplification, et donc à une sous-représentation ou à une absence d’amplification de ces variants.