Panels Alliance

Gene fusions often act as oncogenic driver mutations in various cancer types. Leur détection rapide et précise permet d’éclairer les actions cliniques et d’orienter les décisions thérapeutiques. Le panel de fusion d’ARN Twist Alliance CeGaT est un panel d’enrichissement basé sur l’ARN qui propose une approche plus ciblée et sensible que les méthodes conventionnelles pour étudier les fusions de gènes.

This panel includes 160 fusion genes associated with approximately 30 cancer types. CeGaT, a leading genetic diagnostic and sequencing company located in Europe, selected the fusion genes. The design not only detects known gene fusions but is also used to identify novel gene fusions.

The panel is optimized and validated for use with the Twist RNA Library Prep Kit for a complete end-to-end workflow with exceptional performance. L’efficacité élevée de la capture grâce à l’enrichissement basé sur l’ARN augmente la sensibilité de la détection. Ce panel est idéal pour le dépistage d’échantillons oncologiques afin d’informer sur les options de traitement ou de découvrir de nouvelles fusions pour la classification des tumeurs.*

Enrichir en toute confiance les fusions de gènes ARN

• Expert content design through collaboration
with CeGaT
• Optimized workflow with Twist RNA Library
Prep kit
• La technologie Twist d’enrichissement du noyau optimise l’efficacité de la capture

Conception du panel

• 160 fusion-associated genes with 66 genes in the breakpoint design
• 7,394 Probes
• Couvre une grande variété de types de cancer

UGS du produit fusion d’ARN

106067 Twist Alliance CeGaT RNA Fusion Panel – 3 MB, 2 Rxn Kit

106101 Twist Alliance CeGaT RNA Fusion Panel – 3 MB, 12 Rxn Kit

106100 Twist Alliance CeGaT RNA Fusion Panel – 3 MB, 96 Rxn Kit

Enables sequencing of genes that are difficult or impossible to fully sequence with short-read technology. 

• Cible 389 gènes (20 Mb)

• Les principales cibles sont GBA, SMN1/2

Mise en phase de l'ensemble du gène et absence de vide de couverture dans le gène GBA

Informations relatives aux commandes

106747 Twist Alliance Dark Genes Panel, 2 Reaction Kit

106748 Twist Alliance Dark Genes Panel, 12 Reaction Kit

106914 Twist Alliance Dark Genes Panel, 96 Reaction Kit

Concentrez-vous sur les gènes importants de la pharmacogénomique qui sont essentiels au métabolisme des médicaments et à la réponse thérapeutique des patients.

• Cible 49 gènes (2 Mb)
• Les principales cibles sont CYP2D6, HLA-A, HLA-B

Identification précise de l'allèle au CYP2D6

Informations relatives aux commandes

106749 Twist Alliance Long-Read PGx Panel, 2 Reaction Kit

106750 Twist Alliance Long-Read PGx Panel, 12 Reaction Kit

106915 Twist Alliance Long-Read PGx Panel, 96 Reaction Kit

L’analyse de méthylation par séquençage est un outil sensible visant à détecter et retracer l’origine des cellules cancéreuses. Mais comme tout projet de séquençage, il inclut un compromis entre l’étendue et la profondeur de la couverture. Si vous souhaitez vous concentrer sur les schémas de méthylation spécifiques au cancer, ce panel est fait pour vous. Experts at AnchorDx partnered with Twist to create a custom target enrichment panel focused on methylation targets relevant to 31 different cancers.

The Twist Alliance Pan-cancer Methylation Panel - 1.5 MB provides deep coverage of clinically focused targets that allow for the study of methylation patterns that may be relevant to early cancer detection and diagnosis from tumor and liquid biopsy samples. Designed in collaboration with experts at AnchorDx and constructed using Twist’s world-class oligonucleotide synthesis platform, this panel provides a high on-target rate, high uniformity, and has been validated with the Twist Methylation workflow using liquid biopsy samples of breast cancer, colorectal cancer, and non-small cell lung cancer.

Vous aimeriez savoir quels gènes sont couverts ? Contact us at [email protected]

Conception du panel

31 types de cancer, 47 entités pathologiques, d’après la base de données TCGA

13 090 sondes 

126,000 CpG sites involved

~12,000 Differentially Methylated Regions (DMRs)

9,000 of 12,000 (74%) overlapped with the CpG islands

Ressources

Fichiers ressources Panel de méthylation pan-cancéreux Twist Alliance - MB

Informations relatives aux commandes

104694 Twist Alliance Pan-cancer Methylation Panel - 1.5 MB, 2 Reactions

104695 Twist Alliance Pan-cancer Methylation Panel - 1.5 MB, 12 Reactions

104696 Twist Alliance Pan-cancer Methylation Panel - 1.5 MB, 96 Reactions

Twist Methylation Workflow:

101976 NEBNext® EM-seq™ Kit for Twist Targeted Methylation Sequencing, 96 Samples*

103557 Twist Methylation Enhancer, 12 Reactions

100578 Twist Universal Blocker, 12 Reactions

100983 Twist Binding and Purification Beads Kit, 12 Reactions

101174 Twist Fast Hybridization and Wash Kit, 12 Reactions

103496 Twist Targeted Methylation Sequencing Workflow, 96x12 Reactions

*2 reaction and 12 reaction sizes are also available for enrichment

Le panel d’ADN humain ancien a été mis au point en collaboration avec le laboratoire de David Reich à l’université Harvard pour l’étude des variations génétiques dans les échantillons d’ADN anciens, généralement extraits d’os et de dents. Le panel cible 1,35 million de SNP, comprenant le sous-ensemble des 1,23 million de sites polymorphes du génome humain qui ont été publiés à l’origine dans Fu et al. Nature 2015 : la compatibilité des nouvelles données générées à l’aide du panel d’ADN humain ancien Twist avec les données publiées sur plusieurs milliers d’individus anciens est ainsi assurée. Ce panel permet d’obtenir des données à l’échelle du génome à des coûts de séquençage considérablement réduits par rapport au séquençage aléatoire, grâce à la capacité d’enrichir fortement les fragments d’ADN humain.

This original panel was optimized using Twist’s double stranded capture probes and hybridization capture reagents resulting in high genome coverage and reduced allelic bias as seen in Rohland, Mallick et al. Genome Research 2022, PMID: 36517229.

Pour obtenir des recommandations sur la configuration des analyses, veuillez contacter le service clientèle de Twist.

Informations relatives aux commandes

Panel d’ADN humain ancien Twist Alliance

107479Twist Alliance Ancient Human DNA Panel - 13 Mb, 12 reactions

106658Twist Alliance Ancient Human DNA Panel - 13 Mb, 96 reactions

104562Twist High Concentration Mitochondrial Panel, 96 reactions

Réservé à l’utilisation dans le cadre de la recherche. Non destiné à être utilisé dans des procédures de diagnostic.

La compréhension des variations génétiques entre les races de chiens est essentielle pour comprendre la régulation génétique des caractéristiques ainsi que la base et la progression des maladies chez les chiens. Par conséquent, les panels de gènes complets tels que les exomes sont essentiels pour améliorer les diagnostics vétérinaires et la médecine clinique associée. Ces types de panels NGS accéléreront également la recherche visant à développer une compréhension plus approfondie des cancers canins et des thérapies potentielles.

L’exome canin de Twist Alliance, développé en collaboration avec le laboratoire Karlsson du Broad Institute, constitue l’outil idéal pour la recherche génomique canine. En outre, il a été constaté que la recherche génomique canine présente également des avantages pour la recherche médicale humaine en raison des similitudes génétiques trouvées entre les tumeurs humaines et canines, telles que les CNV, les expressions génétiques différentielles et les anomalies chromosomiques structurelles1.

Le panel d’exomes canins de Twist Alliance a été conçu en fonction des objectifs suivants :

• Couvrir les exons codants des gènes canins
• Permettre des études génomiques comparatives entre les génomes canins et humains
• Inclure des régions dont l’importance est connue dans les cancers humains
• Permettre un séquençage complet et rentable
• Le panel contient plus de 17 000 gènes/cibles basés sur CanFam3.1, avec une couverture supplémentaire des gènes/cibles qui sont impliqués dans le cancer canin.

The panel contains gene targets along with COSMIC mutations associated with each of these genes as detailed in McDonald et al.2- these genes were tiled 2x for higher coverage. FOXA1 et le promoteur TERT ont été mis en mosaïque à 4 fois. Toutes les autres régions ont été mises en mosaïque à 1x, conformément à nos pratiques standard.

Grâce au contenu sélectionné par les plus grands chercheurs en cancérologie canine au monde et à la performance remarquable du panel Twist, l’exome canin Twist Alliance constitue l’outil le plus approprié pour les chercheurs qui étudient les maladies canines ainsi que les maladies humaines rares.

1 Overgaard,N.H.,Fan,T.M.,Schachtschneider,K.M.,Principe,D.R.,Schook,L.B.,& Jungersen, G. (2018). Of Mice, Dogs, Pigs, and Men: Choosing the Appropriate Model for Immuno-Oncology Research. ILAR journal, 59(3), 247–262.

2 McDonald, J.T., Kritharis, A., Beheshti A., Pilichowska M., 4, Burgess K., Luisel Ricks-Santi L., McNiel E., London C.B., Ravi D., 2, Andrew M Evens A.M., (2018) Comparative oncology DNA sequencing of canine T cell lymphoma via human hotspot panel. Oncotarget 9(32), 22693–22702

Informations relatives aux commandes

105305 Twist Alliance Canine Exome - 40.5 Mb, 2 Reactions, Kit

105306 Twist Alliance Canine Exome - 40.5 Mb, 12 Reactions, Kit

105307 Twist Alliance Canine Exome - 40.5 Mb, 96 Reactions, Kit

Les outils traditionnels de génotypage présentent fréquemment un problème de biais pour un petit nombre d’ethnicités, laissant des portions importantes de l’humanité sous-représentées dans les flux de travail classiques de génotypage. À titre d’exemple, les plateformes de microréseaux n’offrent qu’un contenu fixe mis à jour occasionnellement, ce qui aggrave ce défi.

Les chercheurs peuvent résoudre ces inefficacités et inégalités par le biais de processus NGS basés sur la capture de cibles avec des panels de sondes conçus pour plus de diversité et de flexibilité.

Dans le cadre du portefeuille croissant de Twist sur le GBS ciblé, le panel SNP de la diversité Twist offre aux chercheurs une nouvelle référence flexible et neutre sur le plan ethnique à utiliser pour le GBS.

Les scientifiques peuvent utiliser le panel comme panel de génotypage autonome ou comme spike-in dans le panel Twist Human Comprehensive Exome. Sa conception est également personnalisable : des sondes supplémentaires couvrant des régions d’intérêt peuvent être synthétisées sur la plateforme de synthèse d’ADN de Twist.

Le contenu du panel SNP de la diversité Twist a été élaboré en partenariat avec les responsables du Regeneron Genetics Center. Conçu pour s’intégrer aux flux de travail existants de traitement entièrement automatisé des exomes, ce panel fournit des appels de base et des variants imputés.

Genotype imputations can be calculated using open-source tools available. Veuillez contacter le service clientèle afin de recevoir une copie de notre guide d’imputation et commencer à utiliser les outils d’analyse d’imputation.

Remarque : Le contenu du panel SNP de la diversité n’a pas été entièrement validé par le flux de travail complet de Twist. Pour obtenir des recommandations sur la configuration des analyses, veuillez contacter le service clientèle de Twist.

PROBES: 640k

• SNPs COVERED: 1.4M
• SENSITIVITY: Imputation of most variants down to MAF of 0.1% or less

Ressources

Note d’application : Génotypage des SNP basé sur les captures avec les Twist Target Enrichment Panels

Webinaire : Séquençage de centaines de milliers d’êtres humains : Enseignements, défis et espoirs - Gonçalo Abecasis, Regeneron Genetics Center

Informations relatives aux commandes

104374 Twist Diversity SNP Panel, 2 Reactions

104375 Twist Diversity SNP Panel, 12 Reactions

104376 Twist Diversity SNP Panel, 96 Reactions

104393 Twist Diversity SNP Panel, 16 samples complete kit with Standard Hyb

104394 Twist Diversity SNP Panel, 96 samples complete kit with Standard Hyb

Lorsque les tests de routine ne permettent pas de poser un diagnostic, les médecins se tournent souvent vers les panels de séquençage de l’ADN pour obtenir des réponses, surtout en cas de suspicion de maladie héréditaire. 

S’appuyant sur des décennies d’expérience en génomique clinique, Victorian Clinical Genetics Services (VCGS) s’est associé à Twist pour concevoir un panel de diagnostic (Twist Alliance VCGS Exome - 40,1 Mb) couvrant l’ensemble de l’exome, dont une couverture étendue aux gènes cliniquement pertinents (mendéliome). Lors de la conception de ce panel, une attention particulière a été accordée à la couverture supplémentaire des locus cliniquement pertinents qui se situent en dehors des régions codantes des gènes traditionnellement ciblées par les exomes (c.-à-d, les locus pathogènes connus dans les régions non codantes).

The Twist Alliance VCGS Exome - 40.1 MB panel is a, highly uniform panel that can help streamline the identification of heritable disease-linked alleles, be it through carrier screening or pre- and post-natal testing.

- Total probes 425.4K

- Includes the Twist Comprehensive Exome of 394.1K probes

- and content curated by VCGS of 31.3K probes

Informations relatives aux commandes

104282 Twist Alliance VCGS Exome - 40.1 MB, 2 Reactions Kit

104283 Twist Alliance VCGS Exome - 40.1 MB, 12 Reactions Kit

104284 Twist Alliance VCGS Exome - 40.1 MB, 96 Reactions Kit

Resources: 

[Fichiers .bed] Twist Alliance VCGS Exome - 40,1 Mb

Le panel Twist Alliance Clinical Research Exome contribue à soutenir la plateforme génomique du Broad Institute et a été conçu à partir de données validées provenant d’échantillons de patients. Le panel s’appuie sur la plateforme NGS flexible de Twist pour personnaliser le contenu facilement et rapidement, ce qui permet d’obtenir une étude complète de l’exome avec un enrichissement supplémentaire des zones du génome cliniquement pertinentes liées au cancer ainsi qu’aux maladies rares et héréditaires. By leveraging the high uniformity of Twist NGS probes, the assay enables a per sample cost and throughput efficiency that Broad has already leveraged to process more than 250,000 samples, keeping it on the leading edge of exome sequencing.

La conception complète de ce panel comprend l’exome Twist Core, le génome mitochondrial ainsi que d’autres régions codantes et non codantes validées d’intérêt comme les gènes ACMG73, une couverture supplémentaire de régions provenant d’OMIM et de COSMIC, et des cibles spécifiques définies par Broad. 

Informations relatives aux commandes

104032 Twist Alliance Clinical Research Exome - 34.9 MB, 2 Reactions Kit

104033 Twist Alliance Clinical Research Exome - 34.9 MB, 12 Reactions Kit

104034 Twist Alliance Clinical Research Exome - 34.9 MB, 96 Reactions Kit

Ressources

[Fichiers .bed] Twist Alliance Clinical Research Exome

Twist Alliance CNTG Hereditary Oncology Panel comprend 72 gènes sélectionnés associés au cancer et couvre ≥ 99,5 % des régions ciblées. Le panel peut être utilisé pour identifier la prédisposition génétique aux tumeurs héréditaires, notamment le cancer du sein, les tumeurs gastro-intestinales, le syndrome de Li-Fraumeni, la NEM1, la NEM2, les paragangliomes, etc.

Informations relatives aux commandes

105493 Twist Alliance CNTG Hereditary Oncology Panel- 0.2MB, 2 Rxn Kit

105494 Twist Alliance CNTG Hereditary Oncology Panel- 0.2MB, 12 Rxn Kit

105495 Twist Alliance CNTG Hereditary Oncology Panel- 0.2MB, 96 Rxn Kit

Twist Alliance CNTG Rare Disease Panel comprend plus de 2 500 gènes pertinents associés à des maladies rares et couvre ≥ 99,5 % des régions ciblées. Les chercheurs disposent ainsi d’un outil plus léger pour capturer la couverture essentielle des maladies rares dans l’exome CNTG sans l’empreinte complète. This panel can be used to detect genes associated with but not limited to rare treatable diseases, early onset childhood disorders, cardiac disorders, neurodegenerative diseases, skeletal abnormalities, and metabolic disorders.

Twist Alliance Centogene Rare Disease Panel 78.8k probes

Informations relatives aux commandes

105466 Twist Alliance CNTG Rare Disease Panel-7.6MB, 2 Reactions

105467 Twist Alliance CNTG Rare Disease Panel-7.6MB, 12 Reactions

105468 Twist Alliance CNTG Rare Disease Panel-7.6MB, 96 Reactions

Diagnosis of rare diseases presents many challenges for physicians and can lead patients on a long diagnostic odyssey. DNA sequencing panels can provide physicians answers to these challenges and resolution for patients. As a leader in rare disease diagnostics, CENTOGENE has partnered with Twist to design a series of target enrichment capture panels, providing comprehensive tools to aid in rare disease and hereditary oncology diagnosis.

Twist Alliance CNTG Exome - 41 MB assure une couverture très uniforme de l’ensemble de l’exome ainsi qu’une couverture complète du génome mitochondrial. En combinant les connaissances de la biobanque et de la banque de données de CENTOGENE à une technologie omique exceptionnelle, Twist Alliance CNTG Exome - 41 MB augmente le rendement diagnostique par rapport au séquençage standard de l’exome entier et couvre un large spectre de pathologies comprenant plus de 7 000 maladies rares.

Informations sur le panel

• Nombre total de sondes 483 K
• Twist Human Comprehensive Exome 396,1 K
• Twist Mitochondrial Panel 139
• Twist Alliance Centogene Rare Disease Panel 78.8k
• Centogene Spike-In 7.8k 

Informations relatives aux commandes

105459 Twist Alliance CNTG Exome - 41 MB, 2 Reactions

105461 Twist Alliance CNTG Exome - 41 MB, 12 Reactions

105462 Twist Alliance CNTG Exome - 41 MB, 96 Reactions