Kit 2.0 de préparation de banque de fragmentation enzymatique (FE)

Pour un séquençage en toute sécurité

Une fragmentation enzymatique plus efficace

Le Kit 2.0 de préparation de banque de fragmentation enzymatique a été conçu pour vous aider à mettre en place un programme de séquençage plus efficace et à obtenir des résultats de NGS plus précis. Ce kit mis à jour présente de nombreux avantages par rapport au kit 1.0 EF de préparation de banques Twist. Outre les nouveaux modules de fragmentation et de ligature, le kit mis à jour comprend désormais le Equinox Library Prep Amp Mix. Cette formulation enzymatique à démarrage à chaud présente un taux d’erreur inférieur* et une efficacité élevée pour de faibles volumes d’entrée, ce qui la rend idéale pour les échantillons tels que FFPE, pour lesquels une efficacité et un rendement élevés sont nécessaires.

Le flux de travail rationalisé du kit associe les étapes de préparation de banque dans une réaction à un seul tube, ce qui se traduit, avec un faible taux de chimères et le flux de travail d’enrichissement ciblé très uniforme de Twist, par une préparation de banque et un résultat de séquençage de meilleure qualité.

*Relatif à la fragmentation enzymatique Twist 1.0

Flux de travail de la préparation de banque

Le kit 2.0 EF de préparation de banque Twist comprend les réactifs nécessaires à la réparation des extrémités, au dA-tailing, à la ligature des adaptateurs et à l’amplification de la banque. Ce kit comprend également les enzymes nécessaires à la fragmentation des échantillons d’ADNg et permet de définir la taille des inserts. Après avoir constitué la banque de base, vous pouvez utiliser des adaptateurs universels ou de pleine longueur pour répondre aux besoins de votre application.

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AVANTAGES CLÉS

Rationalisez votre flux de travail

Entrée modulable des échantillons d’ADN de 1 ng à 500 ng

Transformez les échantillons d’ADN en banques amplifiées et fiables en trois heures

Préparation de banques en un seul tube pour une efficacité accrue et des résultats cohérents

Amplification performante à haut rendement

Formulation enzymatique à démarrage à chaud garantissant une efficacité maximale pour de faibles volumes d’entrée

Haute tolérance de la teneur en GC (20 à 80 %) pendant la préparation de banque

Taux d’erreur amélioré par rapport à une polymérase fréquemment utilisée

Uniformité élevée et taux de chimères plus faible

S’associe au flux de travail d’enrichissement ciblé de Twist pour garantir une amplification hautement uniforme

Plus grande confiance dans la détection de véritables chimères

Le rendement uniforme des banques à haute complexité est synonyme de sensibilité et de spécificité

Nouvelle identification de l’échantillon humain

Assurez la précision du séquençage de l’exome entier en suivant les échantillons de sang entier. L’identification des échantillons humains Twist utilise la banque Twist et la PCR multiplexée pour identifier et suivre les échantillons afin d’éviter les mélanges d’échantillons et les données erronées.

En savoir plus

Pour obtenir d’excellentes données de NGS, même à partir des échantillons les plus difficiles, il faut utiliser les meilleurs réactifs tout au long du cycle de séquençage.

Lisez notre blog et découvrez le concept du kit de fragmentation enzymatique pour la préparation de la banque Twist 2.0, qui garantit une qualité exceptionnelle des banques pour des données NGS exceptionnelles.

Kit 2.0 de préparation de banque de fragmentation enzymatique

La fragmentation mécanique peut-elle être une solution ?

Lorsque vous travaillez avec des échantillons difficiles et dégradés, tels que les FFPE, la fragmentation mécanique peut être une option viable. Et, comme pour la fragmentation enzymatique, des réactifs de qualité sont essentiels pour obtenir des résultats de qualité. En savoir plus sur notre kit de fragmentation mécanique pour la préparation de la banque.

Rester conforme à l’objectif

Le taux conforme à l’objectif du kit EF 2.0 de préparation de banques Twist est équivalent à celui obtenu avec le kit EF 1.0 de préparation de banques Twist. L’illustration montre une comparaison de la part des appels conformes à l’objectif dans différentes conditions d’hybridation.

L’enrichissement ciblé a été réalisé avec le Twist Core Exome Panel et le Twist Universal Adapter System. Le séquençage a été effectué sur les plateformes NextSeq® 550 ou 2000. Les données ont été sous-échantillonnées à 150x la taille cible et analysées à l’aide de la mesure picarde. Les barres d’erreur représentent l’écart type entre les répétitions.

Diminuer les taux de chimères pour limiter les erreurs de séquençage

Pendant la préparation de la banque, le fait de minimiser la ligature ou la recombinaison inappropriée de l’ADN limite les erreurs de séquençage dérivées des chimères. La version améliorée du kit EF 2.0 de préparation de banques Twist permet de faire baisser de manière significative la proportion de lectures chimériques, comme le montre la comparaison avec le kit EF 1.0 de préparation de banques Twist. Il présente également des taux de chimères équivalents à ceux de la préparation de banques avec fragmentation mécanique.

Les banques NGS ont été créées avec le kit 1.0 de préparation de banque Twist avec fragmentation enzymatique, le kit 2.0 enzymatique Twist avec fragmentation enzymatique, ou le kit de préparation de banque Twist avec fragmentation mécanique. L’enrichissement ciblé a été réalisé avec le Twist Core Exome Panel et le Twist Universal Adapter System. Le séquençage a été effectué sur la plateforme NextSeq® 2000. Les données ont été sous-échantillonnées à 150x la taille de la cible et la mesure picarde PCT_CHIMERAS est rapportée. Les barres d’erreur représentent l’écart type entre les répétitions.

Des performances constantes d’un cycle à l’autre

Des performances régulières garantissent la confiance dans les résultats. Lorsque les conditions expérimentales restent stables, le kit EF 2.0 de préparation de banque Twist produit des fragments de banque d’ADN de taille uniforme et fiable. Cette illustration montre 8 électrophérogrammes différents de banques NGS produites avec le kit. Le chevauchement des courbes fluorescentes démontre la cohérence de la préparation de banque d’un cycle à l’autre.

Les banques NGS ont été constituées avec le kit EF 2.0 de préparation de banques Twist et le Twist Universal Adapter System. 50 ng d’ADNg de haute qualité ont été fragmentés pendant 20 minutes à 37 °C. 6 cycles de PCR ont été utilisés pour l’amplification. Les échantillons ont été analysés avec un test Agilent ADN 7500 et les résultats ont été superposés dans le logiciel Expert 2100.

Adaptez la taille des fragments à vos besoins expérimentaux

Avec le kit EF 2.0 de préparation de banques Twist, la taille des fragments de la banque d’ADN peut être adaptée à vos besoins spécifiques en ajustant simplement le temps de fragmentation. On peut observer ici quatre électrophérogrammes de banques NGS générées avec des temps de fragmentation différents.

Les banques NGS ont été constituées avec le kit EF 2.0 de préparation de banques Twist et le Twist Universal Adapter System. 50 ng d’ADNg de haute qualité ont été fragmentés à des durées diverses à 37 °C. 6 cycles de PCR ont été utilisés pour l’amplification. Les échantillons ont été analysés avec un test Agilent ADN 7500 et les résultats ont été superposés dans le logiciel Expert 2100.

Amélioration de l’amplification des banques pour minimiser les erreurs de séquençage

Les erreurs au cours de l’amplification sont inévitables, mais elles ne doivent pas être fréquentes. Le kit EF 2.0 de préparation de banques Twist amélioré comprend le mélange Equinox Master, qui contient une enzyme de démarrage à chaud haute fidélité. Par rapport à une polymérase précédemment recommandée et couramment utilisée, le mélange maître Equinox présente un taux d’erreur plus faible avec un nombre inférieur de bases mal incorporées. Cela signifie une amplification plus précise et, au final, des données de séquençage fiables.

Les erreurs d’incorporation de bases dans de nombreuses paires de bases mal appariées ont été mesurées à l’aide d’une analyse exclusive de type NGS. Les valeurs présentées représentent un taux d’erreur moyen de tous les cas de mauvaise incorporation.