Hochempfindliches synthetisches Referenzmaterial für die Entwicklung und Prozesskontrolle von Flüssigbiopsie-Assays
Der Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 ist ein umfassendes Tool, das Wissenschaftler sowohl bei der Entwicklung als auch bei der Qualitätsüberwachung klinisch relevanter Varianten für die Entwicklung von NGS-basierten Assays unterstützt. Darüber hinaus können Forscher diese Referenzstandards nutzen, um zwei wesentliche analytische Parameter zu definieren: die Nachweisgrenze (Limit of Detection, LoD) und die Leerwertgrenze (Limit of Blank, LoB) für ihre Assays. Dieses Referenzmaterial besteht aus zellfreier Wildtyp(WT)-Hintergrund-DNA (cfDNA) einer Zelllinie und synthetischen Oligos, die mutierte Allele tragen, und bietet die Präzision und Empfindlichkeit, die für die Erforschung der Entwicklung von Flüssigbiopsie-Assays erforderlich sind.
Breite Variantenabdeckung
Der Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 bietet eine umfangreiche Auswahl an zirkulierenden Tumor-DNA-Varianten (ctDNA). Diese Varianten spiegeln die Größe und Verteilung von cfDNA-Fragmenten genau wider, was sie zu einem unverzichtbaren Werkzeug für die genaue Simulation realer Szenarien machen kann. Er umfasst synthetisch gedruckte Varianten, einschließlich Einzelnukleotidvarianten (SNVs), Insertionen und Deletionen (INDELs) und Strukturvarianten (SVs).
Umfassende Variantenstellen
Mit über 400 Variantenstellen, die sich über 84 Gene erstrecken, einschließlich in der Literatur kuratierter, klinisch relevanter Varianten, fördert dieser Referenzstandard einen umfassenden Ansatz für die cfDNA-Analyse. Er befähigt Wissenschaftler, ein breites Spektrum genetischer Variationen im Zusammenhang mit Krebs zu erkennen.
Ermöglichen Sie den LoD- und LoB-Aufbau
Der Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 wurde sorgfältig entwickelt, um Sie bei der Bestimmung der analytischen Nachweisgrenze (Limit of Detection, LoD) und der Leerwertgrenze (Limit of Blank, LoB) Ihrer Assays zu unterstützen. Mit dieser wichtigen Funktion können Sie die niedrigsten nachweisbaren Mengen an Zielvarianten definieren und eine Basislinie für die Assay-Empfindlichkeit festlegen.
Niedrige Hintergrundfehlerrate
Vergleichsanalysen zeigen, dass der Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 im Vergleich zu seinem Vorgänger (v1) und anderen Konkurrenzprodukten eine deutlich geringere Fehlerrate aufweist.
Kompatibilität und Vielseitigkeit
Der Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 lässt sich nahtlos in die Target-Enrichment-Systeme und benutzerdefinierten Capture-Panels von Twist integrieren. Das Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 Set besteht aus 7 einzelnen Röhrchen mit 300 ng pro Röhrchen für jedes der 7 verschiedenen VAFs: 0 % (WT), 0,1 %, 0,25 %, 0,5 %, 1 %, 2 %, 5 %. Twist bietet jede einzelne VAF auch in einer kleineren 600-ng- und einer größeren 3-ug-Konfiguration an.
* Nur zu Forschungszwecken. Nicht geeignet für diagnostische und klinische Zwecke.
Hochempfindliches synthetisches Referenzmaterial für die Entwicklung und Prozesskontrolle von Flüssigbiopsie-Assays
Der Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 ist ein umfassendes Tool, das Wissenschaftler sowohl bei der Entwicklung als auch bei der Qualitätsüberwachung klinisch relevanter Varianten für die Entwicklung von NGS-basierten Assays unterstützt. Darüber hinaus können Forscher diese Referenzstandards nutzen, um zwei wesentliche analytische Parameter zu definieren: die Nachweisgrenze (Limit of Detection, LoD) und die Leerwertgrenze (Limit of Blank, LoB) für ihre Assays. Dieses Referenzmaterial besteht aus zellfreier Wildtyp(WT)-Hintergrund-DNA (cfDNA) einer Zelllinie und synthetischen Oligos, die mutierte Allele tragen, und bietet die Präzision und Empfindlichkeit, die für die Erforschung der Entwicklung von Flüssigbiopsie-Assays erforderlich sind.
Breite Variantenabdeckung
Der Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 bietet eine umfangreiche Auswahl an zirkulierenden Tumor-DNA-Varianten (ctDNA). Diese Varianten spiegeln die Größe und Verteilung von cfDNA-Fragmenten genau wider, was sie zu einem unverzichtbaren Werkzeug für die genaue Simulation realer Szenarien machen kann. Er umfasst synthetisch gedruckte Varianten, einschließlich Einzelnukleotidvarianten (SNVs), Insertionen und Deletionen (INDELs) und Strukturvarianten (SVs).
Umfassende Variantenstellen
Mit über 400 Variantenstellen, die sich über 84 Gene erstrecken, einschließlich in der Literatur kuratierter, klinisch relevanter Varianten, fördert dieser Referenzstandard einen umfassenden Ansatz für die cfDNA-Analyse. Er befähigt Wissenschaftler, ein breites Spektrum genetischer Variationen im Zusammenhang mit Krebs zu erkennen.
Ermöglichen Sie den LoD- und LoB-Aufbau
Der Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 wurde sorgfältig entwickelt, um Sie bei der Bestimmung der analytischen Nachweisgrenze (Limit of Detection, LoD) und der Leerwertgrenze (Limit of Blank, LoB) Ihrer Assays zu unterstützen. Mit dieser wichtigen Funktion können Sie die niedrigsten nachweisbaren Mengen an Zielvarianten definieren und eine Basislinie für die Assay-Empfindlichkeit festlegen.
Niedrige Hintergrundfehlerrate
Vergleichsanalysen zeigen, dass der Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 im Vergleich zu seinem Vorgänger (v1) und anderen Konkurrenzprodukten eine deutlich geringere Fehlerrate aufweist.
Kompatibilität und Vielseitigkeit
Der Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 lässt sich nahtlos in die Target-Enrichment-Systeme und benutzerdefinierten Capture-Panels von Twist integrieren. Das Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 Set besteht aus 7 einzelnen Röhrchen mit 300 ng pro Röhrchen für jedes der 7 verschiedenen VAFs: 0 % (WT), 0,1 %, 0,25 %, 0,5 %, 1 %, 2 %, 5 %. Twist bietet jede einzelne VAF auch in einer kleineren 600-ng- und einer größeren 3-ug-Konfiguration an.
* Nur zu Forschungszwecken. Nicht geeignet für diagnostische und klinische Zwecke.
DNA-Fragmentanalyse des Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2, nativer cfDNA und Referenzstandards anderer Anbieter, angeglichen für maximale Peakhöhe. Twist-Standards weisen eine Größenverteilung auf, die nativer cfDNA nachempfunden ist, einschließlich eines markanten mononukleosomalen Peaks und dinukleosomalen Peaks.
Varianten-DNA-Moleküle liegen über dem genomischen Locus der Variante (violette gestrichelte Linie mit Stern) mit ausgedehnter Überlappung und sorgen so für eine hohe Abdeckung sowie für hohe Fragment- und Standortvielfalt der Variantenstelle relativ zu den Termini des DNA-Moleküls.
Die Analyse der Hintergrundmutationsraten ist definiert als die Rate von Nicht-Keimbahnvarianten, die in Duplex-Konsensus-Reads aus einer Target-Enrichment-WT-Probe erkannt wurden, und wurde für den Twist cfDNA v2-Standard, native cfDNA, einen DNA-Standard eines anderen Anbieters und den Twist cfDNA v1-Standard durchgeführt. Die Hintergrund-Fehlerrate von Twist Pan-Cancer v2 ist ähnlich wie bei nativer cfDNA und aufgrund eines zuverlässigen Produktionsprozesses niedriger als beim Vorgänger v1 und bei dem Konkurrenzprodukt.
Visualisierung der Insertion/Deletion-Größe der in den Referenzstandards enthaltenen INSERTIONEN/DELETIONEN über ein Histogramm der Binbreite 1, wobei negative Zahlen Deletionen und positive Zahlen Insertionen sind. SNVs werden nicht angezeigt. Die enthaltenen INSERTIONEN/DELETIONEN erfassen ein breites Größenspektrum und ermöglichen so eine umfassende Analyse der INSERTIONEN/DELETIONEN-Erkennungsleistung. INSERTIONEN/DELETIONEN umfassen Deletionen von 30 bp und Insertionen von 15 bp.
Durchschnittliche Varianten-Allel-Häufigkeit (Variant Allele Frequency, VAF), die von NGS in verschiedenen Referenzstandard-VAFs erkannt wurde (dargestellt auf einer logarithmischen Skala). Die Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standards wurden mit einem benutzerdefinierten Panel erfasst, das auf 215 in den Standards gefundene Einzelnukleotidvarianten (Single Nucleotide Variants, SNVs) abzielte, und vor der UMI-Deduplizierung auf eine 80.000-fache Rohabdeckung sequenziert. Die von NGS ermittelten mittleren VAFs spiegeln auf allen getesteten Ebenen nahezu die beabsichtigte VAF wider und erleichtern so ein einfaches Assay-Benchmarking.
DNA-Fragmentanalyse des Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2, nativer cfDNA und Referenzstandards anderer Anbieter, angeglichen für maximale Peakhöhe. Twist-Standards weisen eine Größenverteilung auf, die nativer cfDNA nachempfunden ist, einschließlich eines markanten mononukleosomalen Peaks und dinukleosomalen Peaks.
Varianten-DNA-Moleküle liegen über dem genomischen Locus der Variante (violette gestrichelte Linie mit Stern) mit ausgedehnter Überlappung und sorgen so für eine hohe Abdeckung sowie für hohe Fragment- und Standortvielfalt der Variantenstelle relativ zu den Termini des DNA-Moleküls.
Die Analyse der Hintergrundmutationsraten ist definiert als die Rate von Nicht-Keimbahnvarianten, die in Duplex-Konsensus-Reads aus einer Target-Enrichment-WT-Probe erkannt wurden, und wurde für den Twist cfDNA v2-Standard, native cfDNA, einen DNA-Standard eines anderen Anbieters und den Twist cfDNA v1-Standard durchgeführt. Die Hintergrund-Fehlerrate von Twist Pan-Cancer v2 ist ähnlich wie bei nativer cfDNA und aufgrund eines zuverlässigen Produktionsprozesses niedriger als beim Vorgänger v1 und bei dem Konkurrenzprodukt.
Visualisierung der Insertion/Deletion-Größe der in den Referenzstandards enthaltenen INSERTIONEN/DELETIONEN über ein Histogramm der Binbreite 1, wobei negative Zahlen Deletionen und positive Zahlen Insertionen sind. SNVs werden nicht angezeigt. Die enthaltenen INSERTIONEN/DELETIONEN erfassen ein breites Größenspektrum und ermöglichen so eine umfassende Analyse der INSERTIONEN/DELETIONEN-Erkennungsleistung. INSERTIONEN/DELETIONEN umfassen Deletionen von 30 bp und Insertionen von 15 bp.
Durchschnittliche Varianten-Allel-Häufigkeit (Variant Allele Frequency, VAF), die von NGS in verschiedenen Referenzstandard-VAFs erkannt wurde (dargestellt auf einer logarithmischen Skala). Die Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standards wurden mit einem benutzerdefinierten Panel erfasst, das auf 215 in den Standards gefundene Einzelnukleotidvarianten (Single Nucleotide Variants, SNVs) abzielte, und vor der UMI-Deduplizierung auf eine 80.000-fache Rohabdeckung sequenziert. Die von NGS ermittelten mittleren VAFs spiegeln auf allen getesteten Ebenen nahezu die beabsichtigte VAF wider und erleichtern so ein einfaches Assay-Benchmarking.
107576
Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 Set, 300-ng-Kit107577
Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0 % (WT), 3 ug107578
Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0,1 %, 3 ug107579
Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0,25 %, 3 ug107580
Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0,5 %, 3 ug107581
Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 1 %, 3 ug107582
Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 2 %, 3 ug107583
Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 5 %, 3 ug107584
Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0 %, 600 ng107585
Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0,1 %, 600 ng107586
Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0,25 %, 600 ng107587
Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0,5 %, 600 ng107588
Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 1 %, 600 ng107589
Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 2 %, 600 ng107590
Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 5 %, 600 ng* Das Set umfasst jeweils 7 VAFs: 0 % (WT), 0,1 %, 0,25 %, 0,5 %, 1 %, 2 %, 5 % bei 300 ng pro Röhrchen
* Nur zu Forschungszwecken. Nicht geeignet für diagnostische und klinische Zwecke.
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Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 Set, 300-ng-Kit107577
Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0 % (WT), 3 ug107578
Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0,1 %, 3 ug107579
Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0,25 %, 3 ug107580
Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0,5 %, 3 ug107581
Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 1 %, 3 ug107582
Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 2 %, 3 ug107583
Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 5 %, 3 ug107584
Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0 %, 600 ng107585
Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0,1 %, 600 ng107586
Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0,25 %, 600 ng107587
Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 0,5 %, 600 ng107588
Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 1 %, 600 ng107589
Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 2 %, 600 ng107590
Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 VAF 5 %, 600 ng* Das Set umfasst jeweils 7 VAFs: 0 % (WT), 0,1 %, 0,25 %, 0,5 %, 1 %, 2 %, 5 % bei 300 ng pro Röhrchen
* Nur zu Forschungszwecken. Nicht geeignet für diagnostische und klinische Zwecke.
Produktblatt
Datendateien
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Variantenliste der Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standards V2: im VCF- und Excel-Format
Artikel
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Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 FAQ
Datendateien
Variantenliste der Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standards V2: im VCF- und Excel-Format
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Twist cfDNA Pan-Cancer Reference Standard v2 FAQ
