Solutions Twist de flux de travail pour le séquençage de l’ARN

RNA-Seq Library Preparation Overview

Twist RNA library preparation offers workflow which was optimized to take a sample through to completed library in as little as 5 hours (left). The whole transcriptome libraries can be sequenced directly for comprehensive analysis. They may also be used as input into Twist RNA target enrichment workflow with our Target Enrichment panels for RNA Exome, RNA Fusion, or custom designed RNA enrichment panels which focus NGS coverage on coding regions enabling gene expression analysis, fusion detection, and identification of coding variants from a single assay (right).

RNA-Seq Library Preparation Workflow

Starting with total RNA as input from 1 ng up to 1 ug of input can be introduced into the workflow with or without the optional ribosomal RNA and Globin depletion module to remove unwanted RNA species. The RNA is fragmented and then reverse transcribed into cDNA followed by a single-step 2nd strand synthesis and A-tailing that saves time and procedure steps. Finally, libraries are constructed by ligating Twist high quality UMIs or Universal Adaptors (UDIs) followed by amplification.

Exome d’ARN

L’exome d’ARN Twist RNA Exome, associé à la préparation de banque d’ARN Twist RNA Library Prep et à l’enrichissement ciblé Twist Target Enrichment, constitue un outil fiable pour générer des données de séquençage du transcriptome à partir d’ARN extrait de diverses sources, y compris les FFPE. L’exome d’ARN augmente le signal tout en nécessitant moins de lectures de séquençage pour le même nombre de gènes détectés. Cela permet de détecter des cibles faiblement exprimées qui sont essentielles pour obtenir une image précise de l’état transcriptionnel de l’échantillon biologique. De plus, l’approche de conception tenant compte des exons de l’exome d’ARN permet de détecter des isoformes et des jonctions qui seraient autrement perdues avec les méthodes habituelles. Cette solution complète de séquençage peut produire des lectures de séquençage très complexes et uniformes pour l’analyse par séquençage de l’ARN des séquences codantes de protéines du transcriptome humain.

Plus de cibles, moins de lectures

L’exome d’ARN Twist RNA Exome détecte plus de cibles avec moins de lectures sur une variété de sources d’ARN avec des échantillons FFPE et de l’ARN humain universel de référence. Toutes les banques ont été préparées grâce à Twist RNA Library Prep.

Fusion d’ARN

Les fusions de gènes agissent souvent comme des mutations drivers oncogènes dans une grande variété de types de cancer. Leur détection rapide et précise permet d’éclairer les actions cliniques et d’orienter les décisions thérapeutiques. Le panel de fusion d’ARN Twist Alliance CeGaT est un panel d’enrichissement basé sur l’ARN qui propose une approche plus ciblée et sensible que les méthodes conventionnelles pour étudier les fusions de gènes.

Ce panel comprend 160 gènes de fusion associés à environ 30 types de cancer. Les gènes de fusion ont été sélectionnés par CeGaT, une société de diagnostic et séquençage génétiques de premier plan située en Europe. Ce modèle ne sert pas seulement à détecter les fusions de gènes connues, mais aussi à en identifier de nouvelles.

Le panel est optimisé et testé pour être utilisé avec le Twist RNA Library Prep Kit afin de garantir un flux de travail complet de bout en bout et des performances exceptionnelles. L’efficacité élevée de la capture grâce à l’enrichissement basé sur l’ARN augmente la sensibilité de la détection. Ce panel est idéal pour le dépistage d’échantillons oncologiques afin d’informer sur les options de traitement ou de découvrir de nouvelles fusions pour la classification des tumeurs.*

Conception du panel

• 160 gènes associés à la fusion avec 66 gènes dans la conception du point d’interruption
• 7394 sondes
• Couvre une grande variété de types de cancer

* Remarque : Le panel de fusion d’ARN Twist Alliance CeGaT RNA Fusion Panel – 3 MB est certifié ISO-13485.