Non ; nous pouvons uniquement synthétiser des séquences contenant les quatre bases standard A, C, G et T.  L’utilisation de bases dégénérées (R, Y, S, W, K, M, B, D, H, V, N) n’est pas autorisée. Cependant, pour disposer des quatre bases (ou d’un sous-ensemble des bases) à une position donnée dans un fragment, il est possible de concevoir des fragments distincts ayant chacun une base différente au niveau du site d’intérêt.