Introduction: Minimal residual disease (MRD) monitoring tracks the abundance of any malignant cells remaining in the body after therapeutic intervention. Currently, circulating tumor DNA (ctDNA) is a promising biomarker for MRD diagnosis. Due to low abundance of ctDNA and unique somatic variants developed from each individual, MRD diagnosis requires personalized NGS assays with high sensitivity and specificity. Methoden: Um diesem Bedarf gerecht zu werden und genaue Beurteilungen von MRD zu ermöglichen, hat Twist die MRD Rapid 500 Panels entwickelt. Mit diesem Produkt können Kunden in nur sechs Tagen vollständig personalisierte MRD-Panels (bis zu 500 Ziele) entwickeln, herstellen und versenden. To demonstrate the detection sensitivity of Twist Rapid 500 MRD panels, we designed five custom MRD panels which specifically target somatic variants found in Breast, Lung, Colorectal Cancer, Melanoma and Renal Cell Carcinoma. Jedes dieser MRD-Panels war so konzipiert, dass es 197 Ziele mit 3 bis 5 Varianten pro Gewebeursprung und einer Auswahl an Passanger-Mutationen umfasste. Probe sequences of each panel were designed to incorporate the variant allele in the test sample set. To create the sample set, we blended synthetic variant sequences with fragmented cell line gDNA (NA12878) to form a contrived specimen which approximates the profile of cell-free and circulating tumor DNA. Es wurden fünf Häufigkeitsstufen mit durchschnittlichen Varianten-Allel-Häufigkeiten (VAFs) von 0 % (WT), 0,01 %, 0,05 %, 0,1 % und 2 % erstellt. Libraries wurden mit UMI-Adaptern vorbereitet und Target Enrichment wurde mithilfe der MRD-Panels durchgeführt. They were sequenced on both Illumina NextSeq and PacBio Onso platforms. Ergebnisse: Bei einer Sequenzierungstiefe von 80.000x zeigten die Varianten-Calling-Ergebnisse, dass in den 0,01 % VAF-Proben für jedes MRD-Panel durchschnittlich 20 SNV-Ziele mit Sicherheit nachgewiesen werden können und dass sie deutlich unterscheidbar von den WT-Kontrollproben sind. Wir demonstrieren nicht nur die Genauigkeit der Variantenaufrufe durch Targeting des alternativen Allels, sondern zeigen auch den Nutzen des Targetings einer großen Anzahl von Varianten für die Erkennung einer MRD-Signatur auf sehr niedrigen Niveaus (z. B. 0,01 % VAF). Schlussfolgerung: Zusammenfassend lässt sich sagen, dass die Leistung der Twist MRD Rapid 500 Panels eine hohe Nachweisempfindlichkeit für somatische Mutationen mit extrem niedriger Häufigkeit zeigte.