Publicaciones
The Journal of Liquid Biopsynov de 2023 |
1
100032
DOI:
10.1016/j.jlb.2023.100032

High Sensitivity Detection of Specific Ultra Low-Frequency Somatic Mutations for Minimal Residual Disease (MRD) Monitoring

Han, T.; Liu, T.; Bocek, M.; Cherry, P.; Gorda, S.; Challacombe, J.; Pezeshkian, N.; Tung, P.; Murphy, D.; Toro, E.
Product Used
Genes
Abstract
Introduction: Minimal residual disease (MRD) monitoring tracks the abundance of any malignant cells remaining in the body after therapeutic intervention. Currently, circulating tumor DNA (ctDNA) is a promising biomarker for MRD diagnosis. Due to low abundance of ctDNA and unique somatic variants developed from each individual, MRD diagnosis requires personalized NGS assays with high sensitivity and specificity. Métodos: Para responder a esta necesidad y favorecer las evaluaciones precisas de la MRD, Twist Bioscience ha desarrollado los paneles MRD Rapid 500. Este producto permite a los clientes diseñar, fabricar y enviar paneles MRD totalmente personalizados (hasta 500 objetivos) en tan solo seis días. To demonstrate the detection sensitivity of Twist Rapid 500 MRD panels, we designed five custom MRD panels which specifically target somatic variants found in Breast, Lung, Colorectal Cancer, Melanoma and Renal Cell Carcinoma. Cada uno de estos paneles MRD se ha diseñado para incluir 197 objetivos, con entre 3 y 5 variantes por tejido de origen y una selección de mutaciones pasajeras. Probe sequences of each panel were designed to incorporate the variant allele in the test sample set. To create the sample set, we blended synthetic variant sequences with fragmented cell line gDNA (NA12878) to form a contrived specimen which approximates the profile of cell-free and circulating tumor DNA. Se han creado cinco niveles de frecuencia con frecuencias alélicas variantes (FAV) medias del 0 % (WT), 0,01 %, 0,05 %, 0,1 % y 2 %. Las bibliotecas se han preparado con adaptadores de UMI y el enriquecimiento de objetivos se ha realizado utilizando los paneles MRD. They were sequenced on both Illumina NextSeq and PacBio Onso platforms. Resultados: Con una profundidad de secuenciación de 80 000x, los resultados de llamada de variantes revelaron que se pueden detectar con confianza una media de 20 objetivos de SNV en las muestras con FAV del 0,01 % para cada panel MRD, claramente distinguibles de las muestras de control WT. Además de demostrar la precisión de la llamada de variantes al tener como objetivo al alelo alternativo, mostramos la utilidad de dirigirse a un gran número de variantes para la detección de una firma MRD a niveles muy bajos (por ejemplo, FAV del 0,01 %). Conclusión: En resumen, el comportamiento de los paneles MRD Rapid 500 Twist mostró una alta sensibilidad en la detección de mutaciones somáticas de frecuencia ultrabaja.
Product Used
Genes

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