Solutions Twist de flux de travail pour le séquençage de l’ARN

Aperçu de la préparation de banque de séquençage d’ARN

La préparation de banque d’ARN Twist offre un flux de travail optimisé pour analyser un échantillon selon la banque complète en 5 heures seulement (à gauche). Les banques de transcriptome peuvent être séquencées directement dans leur intégralité pour une analyse complète. Ces banques peuvent également être utilisées comme entrée dans le flux de travail d’enrichissement ciblé d’ARN de Twist avec nos panels d’enrichissement de cible pour l’exome d’ARN, la fusion d’ARN, ou des panels d’enrichissement d’ARN conçus sur mesure, qui concentrent la couverture NGS sur les régions codantes permettant l’analyse de l’expression génétique, la détection de fusion et l’identification des variants codants à partir d’un seul test (à droite).

Flux de travail de la préparation de banque de séquençage d’ARN

En commençant par l’ARN total en entrée, il est possible d’introduire dans le flux de travail de 1 ng jusqu’à 1 ug d’entrée, avec ou sans le module optionnel de déplétion de l’ARN ribosomique et de la globine, afin d’éliminer les espèces d’ARN non désirées. L’ARN est fragmenté puis rétrotranscrit en ADNc, avant une synthèse du second brin en une seule étape et un A-tailing, ce qui permet de gagner du temps de réduire le nombre d’étapes de la procédure. Enfin, les banques sont construites en couplant des UMI ou des adaptateurs universels (UDI) de haute qualité Twist, puis en les amplifiant.

Exome d’ARN

L’exome d’ARN Twist RNA Exome, associé à la préparation de banque d’ARN Twist RNA Library Prep et à l’enrichissement ciblé Twist Target Enrichment, constitue un outil fiable pour générer des données de séquençage du transcriptome à partir d’ARN extrait de diverses sources, y compris les FFPE. L’exome d’ARN augmente le signal tout en nécessitant moins de lectures de séquençage pour le même nombre de gènes détectés. Cela permet de détecter des cibles faiblement exprimées qui sont essentielles pour obtenir une image précise de l’état transcriptionnel de l’échantillon biologique. De plus, l’approche de conception tenant compte des exons de l’exome d’ARN permet de détecter des isoformes et des jonctions qui seraient autrement perdues avec les méthodes habituelles. Cette solution complète de séquençage peut produire des lectures de séquençage très complexes et uniformes pour l’analyse par séquençage de l’ARN des séquences codantes de protéines du transcriptome humain.

Plus de cibles, moins de lectures

L’exome d’ARN Twist RNA Exome détecte plus de cibles avec moins de lectures sur une variété de sources d’ARN avec des échantillons FFPE et de l’ARN humain universel de référence. Toutes les banques ont été préparées grâce à Twist RNA Library Prep.

Fusion d’ARN

Les fusions de gènes agissent souvent comme des mutations drivers oncogènes dans une grande variété de types de cancer. Leur détection rapide et précise permet d’éclairer les actions cliniques et d’orienter les décisions thérapeutiques. Le panel de fusion d’ARN Twist Alliance CeGaT est un panel d’enrichissement basé sur l’ARN qui propose une approche plus ciblée et sensible que les méthodes conventionnelles pour étudier les fusions de gènes.

Ce panel comprend 160 gènes de fusion associés à environ 30 types de cancer. Les gènes de fusion ont été sélectionnés par CeGaT, une société de diagnostic et séquençage génétiques de premier plan située en Europe. Ce modèle ne sert pas seulement à détecter les fusions de gènes connues, mais aussi à en identifier de nouvelles.

Le panel est optimisé et testé pour être utilisé avec le Twist RNA Library Prep Kit afin de garantir un flux de travail complet de bout en bout et des performances exceptionnelles. L’efficacité élevée de la capture grâce à l’enrichissement basé sur l’ARN augmente la sensibilité de la détection. Ce panel est idéal pour le dépistage d’échantillons oncologiques afin d’informer sur les options de traitement ou de découvrir de nouvelles fusions pour la classification des tumeurs.*

Conception du panel

• 160 gènes associés à la fusion avec 66 gènes dans la conception du point d’interruption
• 7394 sondes
• Couvre une grande variété de types de cancer

* Remarque : Le panel de fusion d’ARN Twist Alliance CeGaT RNA Fusion Panel – 3 MB est certifié ISO-13485.