Toutes les séquences de gènes clonaux entre 300 bp et 5 000 bp qui sont évaluées comme étant de complexité « Standard » par notre système sont éligibles au service Express.

Notre système d’évaluation repose sur un modèle d’apprentissage automatique qui analyse et combine plusieurs paramètres de séquence (pourcentage global de GC, longueur maximale des homopolymères, longueur maximale des répétitions, longueur des séquences, densité des répétitions, etc.). Ce modèle a été développé à partir de nos données historiques de production et permet une estimation plus précise du succès de la production de gènes et d’anticorps.

Les problèmes de complexité sont principalement dus à des structures répétitives et à une teneur en GC extrême. Les recommandations relatives à la conception de la séquence sont disponibles en ligne et ci-dessous :

• Évitez les répétitions de ≥ 20 bp ou Tm ≥ 60C 
• La teneur totale en GC doit être entre 25 % et 65 %
• Évitez les différences extrêmes de teneur en GC au sein d’un gène (c’est-à-dire que la différence de teneur en GC entre le plus haut et le plus bas segment de 50 bp ne doit pas dépasser 52 %)
• Limitez la teneur en homopolymères
• Limitez le nombre/la longueur de petites répétitions réparties dans la séquence
• Pour les étiquettes HIS-tag, utilisez une combinaison de codons CAC et CAT, comme CACCAT

La possibilité d’acceptation d’une séquence est améliorée par des répétitions limitées et la réduction de la teneur en GC. Par exemple : un gène peut être évalué comme « non accepté » avec une teneur global en GC de 66 %, mais lorsqu’elle est réduite à 65 % ou moins, le gène peut être accepté comme séquence « complexe ». Une réduction supplémentaire de la teneur en GC à ~60 % ou moins pourrait améliorer le score de complexité à « Standard », auquel cas la séquence serait éligible pour le service Express. Il en va de même avec la suppression des répétitions, la réduction des tronçons d’homopolymères et le lissage des variations extrêmes dans les fenêtres de GC. Plus ces structures peuvent être évitées ou réduites dans un gène, plus elle sont susceptibles de devenir éligibles au service Express.

Pour en savoir plus sur notre algorithme d’évaluation et notre conception de séquence, veuillez consulter nos FAQ.