Todas las secuencias de Clonal Genes entre 300 bp y 5000 bp que nuestro examinador califique como de complejidad “Estándar” son elegibles para el servicio Exprés.

Nuestro sistema de puntuación adopta un modelo de aprendizaje automático que analiza y combina múltiples parámetros de secuencia (es decir, porcentaje global de GC, longitud máxima de homopolímero, longitud máxima de repetición, longitud de secuencia, densidad de repetición, etc.). Este modelo se ha entrenado utilizando nuestros datos históricos de fabricación y proporciona una estimación más precisa del resultado satisfactorio de la producción de genes y anticuerpos.

Los problemas de complejidad se deben principalmente a estructuras repetitivas y contenido de GC en el extremo. Las pautas para el diseño de secuencias se encuentran disponibles en línea y a continuación:

• Evitar repeticiones de ≥20 bp o Tm ≥60 C 
• El contenido de GC global debe ser entre 25 % y 65 %
• Evite las diferencias extremas en el contenido de GC dentro de un gen (es decir, la diferencia en el contenido de GC entre el tramo de 50 pb más alto y el más bajo no debe ser superior al 52 %)
• Minimizar los homopolímeros
• Minimizar el número/la longitud de pequeñas repeticiones dispersas a lo largo de la secuencia
• Para las etiquetas HIS, utilice una combinación de codones CAC y CAT, es decir, CACCAT

la posibilidad de aceptación de la secuencia mejora al limitar las repeticiones y reducir el contenido de GC. Por ejemplo: Un gen puede recibir la calificación de “No aceptado” con un 66 % general de contenido de GC, pero cuando se reduce a un 65 % o menos, puede aceptarse como una secuencia “Compleja”. Seguir reduciendo el contenido de GC a ~60 % o menos puede mejorar la calificación de complejidad a “Estándar”, punto en el que la secuencia sería elegible para el servicio Exprés. Lo mismo ocurre con la eliminación de repeticiones, la reducción de los estiramientos de homopolímeros y la uniformidad de variaciones extremas en las ventanas de GC. Cuantas más estructuras de este tipo puedan evitarse o reducirse en un gen, más probabilidades tendrá de calificar para el servicio Exprés.

Para obtener más información sobre nuestro algoritmo de calificación y nuestro diseño de secuencias, consulte nuestras preguntas frecuentes.