Les problèmes de synthèse sont principalement dus à des structures répétitives et à une teneur en GC extrême. Les règles suivantes peuvent guider votre conception. Veuillez cependant noter que vous pouvez augmenter la probabilité de réussite en limitant les répétitions et en lissant la teneur en GC.

Si, par exemple, votre gène a une teneur en GC globale de 66 %, vous devrez au moins ramener cette teneur à 65 % pour que le gène puisse être synthétisé. Cependant, si vous parvenez à réduire plus encore cette teneur pour la ramener à environ 60 %, le gène sera plus susceptible de réussir. Il en va de même avec la suppression des répétitions, la réduction des tronçons d’homopolymères et le lissage des variations extrêmes dans les fenêtres de GC. Plus vous parvenez à éviter ou à réduire ces structures dans votre gène, plus la synthèse du gène a de chances de réussir.

RÈGLES

• Évitez les répétitions ≥ 20 bp ou Tm ≥ 60 C. La teneur globale en GC doit être comprise entre 25 % et 65 %
• Évitez les différences extrêmes de teneur en GC au sein d’un gène (c’est-à-dire que la différence de teneur en GC entre le plus haut et le plus bas segment de 50 bp ne doit pas dépasser 52 %)
• Minimisez les homopolymères Minimisez le nombre/la longueur de petites répétitions réparties dans la séquence
• Pour les étiquettes poly-histidine (His-tag), utilisez une combinaison de codons CAC et CAT, comme CACCAT