Comprehensive Viral Research Panel

Nous avons extrait des séquences de référence des bases de données RefSeq, FluDB et VIPR pour concevoir les 1 052 421 sondes uniques qui composent le Twist Comprehensive Viral Research Panel. 

Ce panel couvre largement toutes les familles de virus contenant au moins un virus dont on sait qu’il peut affecter l’homme, notamment les adénovirus, les coronavirus, les flavivirus, les norovirus et les virus de la grippe. 

Le panel couvre non seulement les virus qui affectent l’homme, mais également les virus animaux (par exemple, les coronavirus des chauves-souris). Cela permet de découvrir de nouvelles espèces virales, quelle que soit leur origine.

Grâce à son étendue, le Twist Comprehensive Viral Research Panel peut détecter des souches virales nouvelles et évoluées, y compris celles liées à une épidémie de grippe H1N1 chez les porcs en juin 2020.

La sélection naturelle des glycoprotéines spike du coronavirus et de l’hémagglutinine de la grippe (HA) chez les animaux a facilité la transmission du SARS-CoV-2 et de la grippe H1N1 à l’homme (zoonose). 

Nous montrons ici que le Twist Comprehensive Viral Research Panel peut permettre de détecter avec succès ces séquences difficiles à capturer, notamment la région spike d’un coronavirus récemment découvert (RoBat-CoV GCCDC1 Singapour) et un segment HA isolé d’une épidémie de grippe H1N1 survenue en juin 2020 chez des employés de l’industrie porcine. 

Notre panel a permis une couverture de plus de 99,8 % de chaque séquence à une profondeur d’au moins 1 fois.
 

Nous avons défini la sensibilité au désappariement du Twist Comprehensive Viral Research Panel en générant une série de segments HA contenant des niveaux définis de variation de séquence allant de 5 % à 30 % par rapport à un segment HA de type sauvage.

La capture totale a été atteinte à une couverture de 1x dans des échantillons présentant une variation de séquence allant jusqu’à 10 %. Ensemble, ces données démontrent que le Twist Comprehensive Viral Research Panel peut capturer des séquences virales hautement évoluées. 

La détection multiplex de virus est possible avec le Twist Comprehensive Viral Research Panel, ce qui permet des applications métagénomiques dans divers types d’échantillons. 

Dans une analyse de co-infection, le panel a réussi à capturer quatre types de virus différents (Astrovirus - ARNss, virus BK - ADNds, Bocavirus - ADNss et Picobirnavirus - ARNds) introduits dans l’ARN humain avec seulement 1,2 M de lectures.   
 

Le Twist Comprehensive Viral Research Panel comprend l’accès à l’outil d’analyse web One Codex. En outre, cet outil basé sur le cloud permet aux utilisateurs de documenter leurs travaux de recherche de nouveaux virus à l’aide de rapports imprimables et de graphiques prêts à être publiés. 

One Codex simplifie l’analyse des données de séquence obtenues à l’aide du Twist Comprehensive Viral Research Panel. Après avoir téléchargé les données de séquence à l’aide d’une interface simple de type glisser-déposer, les utilisateurs peuvent générer un rapport détaillant les résultats de la recherche de nouveaux virus en quelques minutes. Les utilisateurs peuvent également personnaliser le procédé bioinformatique avec leurs propres seuils de détection et interprétations. 

L’achat du Twist Comprehensive Viral Research Panel est accompagné de tout ce qui est nécessaire pour commencer à analyser vos résultats avec One Codex, y compris un code d’activation et des instructions détaillées. Pour en savoir plus sur cette plateforme d’analyse microbienne simplifiée, rendez-vous sur onecodex.com.