Le Twist Codon Optimizer Tool affecte des codons synonymes de façon aléatoire en fonction des préférences de l’organisme sélectionné en matière de codons. Voici la liste des points à prendre en considération lors de l’optimisation :

• Nous affectons des codons très courants plus fréquemment que des codons peu courants
• Nous évitons d’utiliser des codons rares (ceux dont la fréquence est < 8 %)
• Nous nous assurons que les séquences ne comportent pas de structures en épingle à cheveux (∆G < -8) dans les 48 premières paires de bases des séquences résultantes
• Nous vérifions les deux brins pour nous assurer qu’ils ne contiennent pas de site de restriction enzymatique que vous nous avez demandé d’éviter de créer
• Nous évitons d’introduire des séquences de promoteurs internes dans les séquences d’expression en évitant de créer des sites de liaison sigma70 forts
• Nous évitons les séquences qui créent des sites de liaison de ribosome forts (GGAGG et TAAGGAG)
• Nous évitons les séquences qui créent des séquences de terminaison (TTTTT ou AAAAA). Étant donné que le codon de prédilection n’est pas toujours attribué, vous ne devez pas vous attendre à voir le même résultat après chaque tentative d’optimisation (pas d’attribution 1:1 de codon à un acide aminé).
• Vous devez vous attendre à voir une séquence optimisée différente si vous optimisez la même séquence à plusieurs reprises.

Veuillez noter que nous ne pouvons pas garantir une expression optimale pour une séquence soumise au processus d’optimisation de Twist, car de nombreux facteurs (dont certains sont mal compris) influencent la qualité de l’expression.

D’autres facteurs, comme la stabilité de l’ARNm, la maturation des protéines, la vitesse de translation, l’expression des chaperons, la conception du promoteur, le vecteur d’expression et autres ont également un impact sur l’expression.